Comparative transcriptomics of Bacillus subtilis bacilysin-negative genotype with particular reference to bacilysin formation
Bacillus subtilis basilisin-negatif genotipinin basilisin üretimine yönelik karşılaştırmalı transkriptomik analizi
- Tez No: 665085
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 211
Özet
Gram pozitif bakteriler için model organizma olan Bacillus subtilis, farmakolojik ve antimikrobiyal aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitler üreten ve patojenik olmayan bir organizmadır. Bilinen en küçük dipeptid olan basilisin ise L-alanine ve L-anticapsin'den oluşmakta olan bir antibiyotik olup B. subtilis tarafından sentezlenen birçok ikincil metabolitten sadece bir tanesidir. Grubumuz tarafından daha önce gösterildiği üzere, basilisin sentezi çoğunluğu algılama (quorum sensing) ve sporülasyon yolaklarına bağlı olarak bacA operonu tarafından gerçekleştirilmektedir. Basilisinin pleiotropik bir molekül olarak davrandığı ve üretici organizmanın hücresel fizyolojisini etkilediği yine grubumuzca daha önce rapor edilmiştir. Bu çalışmada ise basilisin üretemeyen mutant OGU1 suşu ve ana suş PY79'un transkriptom profilleri RNA dizileme (RNA-Seq) ile incelenmiş ve gerçek zamanlı kantitatif PCR (RT-qPCR) yöntemi ile doğrulanmıştır. RNA dizileme sonucunda farklı ifade edilen 2369 gen belirlenmiştir. 223 genin ifadesi mutant suşta artarken 2146 genin ifadesinin azaldığı gözlemlenmiştir. Grubumuz tarafından daha önce gerçekleştirilmiş olan karşılaştırmalı proteom analizlerinden elde edilen bulgular ile RNA dizileme verileri entegre edilmiş, hücresel fonksiyonlarına göre gruplandırılmış ve detaylı bir şekilde tartışılmıştır. Bu çalışma grubumuzun önceki bulgularını doğrulamış ve basilisin yokluğundan kaynaklanan pleiotropik değişikliklerin üretici organizma üzerindeki etkilerini yeni bir bakış açısıyla gözlemleme imkânı tanımıştır.
Özet (Çeviri)
The Gram-positive model prokaryote Bacillus subtilis is a non-pathogenic organism that is known for producing a wide variety of secondary metabolites with pharmacological and antimicrobial activities. The smallest dipeptide antibiotic bacilysin is among the many secondary metabolites that are produced by B. subtilis, and it is composed of L-alanine and L-anticapsin. As shown earlier by our research group, the synthesis of bacilysin is regulated by bacA operon under the control of quorum sensing and sporulation pathways. Additionally, our findings suggested that bacilysin acts as a pleiotropic molecule and alters the cellular physiology of B. subtilis. In the present study, the transcriptomic profiles of mutant OGU1 and its parental strain PY79 were investigated by RNA-Seq and validated with RT-qPCR analyses. While a total of 2369 significantly differentially expressed transcripts were identified by RNA-Seq, only 223 differentially expressed genes (DEGs) were overexpressed in mutant OGU1. The results of previous comparative proteomics studies were integrated with the current transcriptomic (RNA-Seq) analysis, and the results are compared and discussed with respect to their cellular functions. Overall, this study confirms and expands our earlier studies with a fresh perspective on the pleiotropic changes that emerge from the loss of bacilysin biosynthetic function.
Benzer Tezler
- Development of a shiny application for comparative transcriptomics and differential gene expression
Karşılaştırmalı transkriptomik ve diferansiyel gen ekspresyonu için bir shiny uygulamasının geliştirilmesi
RONALDO LEKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- ETS gene regulation in neuronal differentiation: Transcriptomic analysis and evolutionary aspects
Transkriptomik ve evrimsel yaklaşımla nöronal faklılaşmada ETS gen düzenlenmesi
YİĞİT KORAY BABAL
Doktora
İngilizce
2023
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIL KURNAZ
- Identification of preclinical implications for novel indole-benzimidazoles and phenothiazines using in vitro cancer cell line and in vivo zebrafish models
İn vitro kanser hücre hatları ve in vivo zebrabalığı modelleri kullanılarak yeni indol-benzimidazoller ve fenotiyazinler için preklinik etkilerin tanımlanması
MURAT YAMAN
Doktora
Türkçe
2020
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Development of novel tools for cancer diagnosis, prognosis and treatment using intra- or inter-species transcriptome meta-analysis
Tür içi ve türler arası transkriptom meta-analizi kullanılarak kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için yeni araçların geliştirilmesi
HUMA SHEHWANA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Seçilmiş yerel buğday çeşitlerinin karşılaştırmalı transkriptomik analizi ve çinko uygulamasının bazı enzim genlerinin ifade düzeyine olan etkisi
Comparative transcriptome analysis of selected local wheat varieties and effects of zinc treatment on expression levels of some enzyme genes
AYŞEGÜL BİLGE UĞUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REMZİYE YILMAZ
DR. AYTEN SALANTUR