Nükleotid trifosfat moleküllerinin yoğunluk fonksiyon teorisi (DFT) kullanılarak analizi
Analysis of nucleotide triphosphate molecules using density function theory (DFT)
- Tez No: 666689
- Danışmanlar: PROF. DR. HAMDİ ŞÜKÜR KILIÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışmasında, Adenozin trifosfat (ATP) molekülünün; konformasyonel analizi, geometri optimizasyonu, uyarılmış durumları, soğurma ve floresans (salma) spektrumları, moleküler orbitalleri, HOMO-LUMO enerji aralığı, doğal bağ orbitali (NBO), moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) analizi, kimyasal sertlik, elektronik kimyasal potansiyel, elektronegatiflik, elektrofilisiti indeksi ve termodinamik özellikleri incelenmiştir. İlk aşamada, Yoğunluk fonksiyonel teori (DFT) yöntemi kullanılarak Pyridine molekülünün geometrik yapı optimizasyonu ve elektron paramanyetik rezonans (EPR) özellikleri farklı çözücü etkilerine bağlı olarak hesaplanmıştır. Bu kapsamda, optimizasyon hesaplamaları için B3LYP baz seti ve EPR parametreleri hesaplamaları için ise TZVP baz seti kullanılmıştır. Daha sonra, ATP molekülünün konformasyon analizi, Merck Moleküler Kuvvet Alanı (MMFF) yöntemi kullanılarak, diğer özellikleri ise DFT ve zamana bağımlı fonksiyonel teori (TD-DFT) yöntemi ve 6-311 ++ G (d, p) /6-31 + G (d, p) baz setleri ve B3LYP fonksiyonelleri kullanılarak incelenmiştir. Protonlanmış ATP molekülü için tüm hesaplamalar hem gaz fazında hem de sulu çözeltide yapılmıştır. Molekülün çözücü etkileri Polarize Edilebilir Süreklilik Modeli (PCM) kullanılarak modellenmiştir. Bu tez kapsamında DFT/TD-DFT PCM yöntemleri kullanılarak, ilk defa, hidrojen atomları ile stabilize edilmiş ATP molekülünün teorik olarak incelenmesi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar biyoteknoloji, kanser araştırmaları, biyosensör geliştirme ve ATP protein etkileşme süreçlerin daha iyi anlaşılması ve yorumlanmasına katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the Adenosine triphosphate (ATP) molecule were theoretically investigated due to conformational analysis, geometry optimization, excited states, absorption and fluorescence (emission) spectra, molecular orbitals, HOMO-LUMO energy gap, natural bond orbital (NBO), molecular electrostatic potential (MEP) analysis, chemical hardness, electronic chemical potential, electronegativity, electrophilicity index and thermodynamic properties. Firstly, the pyridine molecule was investigated due to conformational analysis, the geometric structure optimization and electron paramagnetic resonance (EPR) properties in different solvents using density functional theory (DFT) method. In these calculations, the B3LYP base set and TZVP base set were used for the optimization and EPR parameters calculations, respectively. Then, the Merck Molecular Force Field (MMFF) method was used to calculate the conformational analysis. Other features were investigated using DFT and time independent density functional theory (TD-DFT) method and 6-311 ++ G (d, p) / 6-31 + G (d, p) base sets and B3LYP functionalities. All calculations for the protonated ATP molecule were made in both gas phase and aqueous solution. The solvent effects of the molecule were investigated using the Polarizable Continuity Model (PCM). In this thesis, theoretical investigation of ATP molecule stabilized with hydrogen atoms has been carried out using DFT / TD-DFT PCM methods for the first time. The results obtained will contribute to better understanding and interpretation of biotechnology, cancer research, biosensor development and ATP protein interaction processes.
Benzer Tezler
- Development of novel inhibitors targeting DRP1-MID49/51 interaction at mitochondrial fission
Mitokondriyal fizyon mekanizmasındaki DRP1-MID49/51 etkileşimini hedef alan inhibitör geliştirilmesi
BEHNAZ GHADERKALANKESH
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Target-based inhibitor discovery: Computational strategies and analog inhibitors against KRAS mutants
Hedefe yönelik inhibitör keşfi: Mutant KRAS'lara yönelik hesaplamalı stratejiler ve analog inhibitörler
ECEM TURHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SALİHA ECE ACUNER ZORLUUYSAL
- Sitidin 5' trifosfat'ın ürogenital, gastrointestinal solunum sistem düz kasları üzerindeki etkileri
Effects of cytidine 5'triphosphate on urogenital, gastrointestinal, respiratory system smooth muscles
ÖZGE GÜLDALİ DUTLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KANSU BÜYÜKAFŞAR
- İnflamatuvar bağırsak hastalıklarının patogenezinde mitokondriyal DNA (MT DNA )nikotinamid adenin dinükleotid dehidrojenaz 5 (nd-5) gen dizi değişikliklerinin araştırılması
Investi̇gati̇on of mitochondrial dna ( MTDNA ) 5 ni̇coti̇nami̇de adeni̇ne di̇nucleoti̇de dehydrogenase (ND - 5) gene changes in pathogenesi̇s of inflammatory bowel di̇sease
ÇİNARE SEFEROVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
GastroenterolojiMarmara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN AKIN
- Anoxybacillus gonensis G2T CTP sentetaz geninin klonlanması, ekspresyonu, saflaştırılması ve amonyak-bağımlı CTP sentetaz aktivitesinin karakterizasyonu
Cloning, expression, purification of ctp synthetase from Anoxybacillus gonensis G2T and characterization of NH3-dependent activity of CTP synthetase
AYŞEGÜL SARAL