Molecular mechanisms of amygdalin as multifunctional anti-cancer drug: computational assessment
Çok fonksiyonel anti-kanser ilaç olarak amigdalinin moleküler mekanizmaları: bilgisayarlı değerlendirme
- Tez No: 681194
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 156
Özet
'Kanser' bir biyolojik hastalıklar grubudur. Kanser hücresi apoptoz sinyalini kapatır, kontrolsüz bir şekilde çoğalır, antikanser tedavilere direnir ve uzak organlara yayılır. Bu nedenle, anahtar proteinleri hedefleyerek bu üç ana özelliği kontrol etmek, antikanser olarak umut verici bir strateji sağlayabilir. Çift kenetlenme, moleküler dinamik (MD) simülasyonu, temel bileşen analizi (PCA), serbest enerji manzarası (FEL) ve bağlanma serbest enerji tahmini (MM/PBSA), amigdalinin biyolojik aktivitelerinin moleküler temelini keşfetmek için uygulanmaktadır. Apoptoz indükleyicisi olarak amigdalin: kenetlenme, amigdalinin Bcl-2/BAX kompleksinin arayüzüne bağlandığını açıklığa kavuşturur. MD simülasyonu, amigdalinin Bcl-2 / BAX arasında bozulmaya neden olduğunu gösterdi. Ayrıca FEL ve PCA, Bcl-2 / amigdalinin Bcl-2/BAX'tan daha stabil olduğunu ortaya çıkardı. Kaspaz-3 durumunda, mesele, amigdalinin kaspaz-3'ün dinamiklerini artırarak kaspaz-3'ü aktive ettiği durumda farklıdır. PARP-1 için, amigdalin PARP-1 bağlanma cebini bloke etti. Amigdalin ile hücre döngüsü bölünmesi için hedefler olarak CDK1 / Siklin B, CDK 2 / Siklin A ve CDK 4 / Siklin D1 inhibisyonu. Elde edilen sonuçlar, amigdalinin CDK1 / Cyclin B, CDK 2 / Cyclin A'yı etkili bir şekilde inhibe ettiğini gösterdi. Metastazı hedefleyen elde edilen sonuçlar, amigdalinin AKT1, FAK1 ve ILK proteinlerine karşı inhibe edici metastaz aktivitesi gösterdiğini ortaya çıkarmıştır. Amygdalin, Amygdalin'in deneysel eylemlerinin gizemini açıkladı.
Özet (Çeviri)
The 'cancer' is a group of biological diseases. Cancer cell switches off the apoptosis signaling, proliferate uncontrollably, resist to anticancer therapies and spread into distant organs. Therefore, controlling these three main properties by targeting key proteins can give promising strategy as anticancer. Double docking, molecular dynamics (MD) simulation, principal component analysis (PCA), free energy landscape (FEL) and binding free energy estimations (MM/PBSA) are implemented to explore the molecular basis of the biological activities of amygdalin. Amygdalin as apoptosis inducer: the docking clarifies that amygdalin binds to the interface of Bcl-2/BAX complex. The MD simulation exhibited that amygdalin causes disruption between Bcl-2/BAX. Further, FEL and PCA revealed that the Bcl-2/amygdalin is more stable than Bcl-2/BAX. In the case of caspase-3 the matter is different where amygdalin activates caspase-3 through increasing the dynamics of caspase-3. For PARP-1, amygdalin blocked PARP-1 binding pocket. Inhibition of CDK1/Cyclin B, CDK 2/Cyclin A and CDK 4/Cyclin D1 as targets for cell cycle division by amygdalin. The obtained results showed that amygdalin inhibits CDK1/Cyclin B, CDK 2/Cyclin A effectively. Targeting the metastasis, the obtained results revealed that amygdalin shows an inhibitory-metastasis activity against AKT1, FAK1 and ILK proteins. Amygdalin disclosed a clarification of the mystery amygdalin's experimental actions.
Benzer Tezler
- Genç ve yaşlı sıçanlarda bellek oluşumu ve depolanmasının, zaman bağımlı olarak beynin farklı bölgelerinde DNA metilasyonu yönünden incelenmesi
Investigation of time-dependent DNA methylation in different regions of the brain in related with memory formation and storage in young and aged rats
ÇİĞDEM YAZICI MUTLU
Doktora
Türkçe
2018
Moleküler TıpAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Sinir Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EYÜP SABRİ AKARSU
- Hypericum uniglandulosum Hausskn. ex Bornm. Achillea pseudoaleppıca Hub.-Mor. ve Nepeta nuda subsp. Nuda L. uçucu yağlarının merkezi sinir sistemi üzerine etkilerinin in vivo ve in silico modellerle incelenmesi
Investigation of the effects of Hypericum uniglandulosum Hausskn. ex Bornm. Achillea pseudoaleppica Hub.-Mor. and Nepeta nuda subsp. nuda L. essential oils on the central nervous system with in vivo and in silico models
EMEL AKBABA
- Molecular mechanisms of adhesion of planktonic and biofilm-dispersed Escherichia coli cells to silicon nitride investigated by atomic force microscope
Planktonik ve biyofilmden dağilmiş Escherichia coli hücrelerinin silikon nitrata olan adezyonlarinin moleküler mekanizmalarinin atomik kuvvet mikroskobu ile incelenmesi
AYŞE ÖRDEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyofizikİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA PINAR GÖRDESLİ DUATEPE
- Uzun QT sendromu'nun (UQTS) moleküler mekanizmaları
Molecular mechanisms of long QT syndrome (UQTS)
BURCU TÜRKGENÇ
Doktora
Türkçe
2016
GenetikMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SIDIKA AYŞE ÖZER
PROF. DR. MUSTAFA CENGİZ YAKICIER