Kırklareli ilinden elde edilen Dobrava-Belgrade Orthohantavirus izolatının yeni nesil dizileme ile tüm genom dizilemesi ve genetik karakterizasyonu
Whole genome sequencing and genetic characterization of Dobrava-Belgrade Orhohantavirus isolate from Kırklareli province with next generation sequencing
- Tez No: 683454
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM MEHMET ALİ ÖKTEM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Ortohantavirüsler insanlara çoğunlukla, bu virüslerin taşıyıcıları da olan, küçük memeliler aracılığı ile bulaşmaktadır. Orthohantavirüsler bulundukları bölgelere göre genetik çeşitlilik gösterdikleri için, bu virüslerin tüm genom dizileme (TGD) ile genetik karakterizasyonlarının yapılması, olası enfeksiyon etkeni orthahantavirüsün tam anlamıyla belirlenmesinde büyük önem taşımaktadır. Daha önce ekibimiz tarafından İğneada, Kırklareli ilinden toplanan kemiricilerden 8 tanesinde Dobrava-Belgrade orthohantavirus (DOBV) pozitifliği belirlenmiştir. Bu pozitiflikler, kemiricilerin akciğer dokularından yapılan yapılan polimeraz zincir tepkimesi (PZT) ve sanger dizileme ile saptanmıştır. Bu çalışma kapsamında, DOBV'ün her üç segmentinin de tüm genom dizilemesinin yapılması hedeflenmiştir. Bu kapsamda, ribozomal RNA eliminasyon ve RNA kütüphane hazırlık kitleri ile kütüphane hazırlığı yapılmıştır. Oluşturulan kütüphaneler Illumina MiSeq sistemine alınarak dizileme işlemi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen dizilerin farklı izolatlar ile filogenetik analizleri yapılmıştır ve DOBV İğneada izolatının farklılıkları ortaya konmuştur. Bu çalışma sonucunda, Türkiye'den ilk defa DOBV tüm genom dizileri elde edilmiştir. Bu çalışmada elde edilen diziler direkt taşıyıcı konak dokusundan elde edilmiştir ve böylece, L segment için ilk defa hücre kültürü yapılmadan diziler elde edilmiştir. Bununla birlikte, elde edilen dizilerin filogenetik analizleri sonucunda, Türkiye'de Kırklareli ilinde bulunan DOBV izolatı Yunanistan'ın DOBV Ano-Poroia suşu ile en yakın ilişkili olarak bulunmuştur. Aynı zamanda, yapılan“SimPlot”analizleri sayesinde yerel DOBV izolatının Balkanlarda hangi izolatlar ile benzerlik gösterdiği ortaya konmuştur.
Özet (Çeviri)
Ortohantaviruses are transmitted to humans mostly through small mammals, which are also carriers of these viruses. Because orthohantaviruses show great genetic variability through regions, it is of great importance to determine of genetic characterization with whole genome sequencing. Dobrava-Belgrade orthohantavirus (DOBV) positivity has been shown in 8 rodents which were from İğneada region, Kırklareli province, with the previous work of our team. These positivity has been detected by performing PCR and Sanger sequencing from the lung tissues of the rodents. The aim of this study is the whole genome sequencing of all three segments of DOBV. Therefore, rRNA depletion kit and RNA library preparation kit were used to prepare the libraries for whole genome sequencing. After that, Illumina MiSeq system was used for sequencing of libraries. Finally, phylogenetic trees of the sequences were constructed with the sequences of different DOBV strains to determine the differences of DOBV İğneada strain. As a result, whole genome sequences of DOBV were obtained from Turkey for the very first time. The complete sequences of all three segments were obtained directly from lung tissue and thus, complete L segment sequence became the only sequence that has this unique property for DOBV on NCBI GenBank database. The phylogenetic analysis has shown that there is a close relation between DOBV Igneada strain from Kırklareli province from Turkey and DOBV Ano-Poroia strain from Greece. SimPlot analysis has shown the similarities between DOBV Igneada strain and other DOBV strains from the Balkans.
Benzer Tezler
- Kırklareli ilinden toplanan inek sütlerinin kimyasal bileşiminin ve farklı ülke standartlarına uygunluklarının belirlenmesi
The determination of chemical composition and suitability to different national standards of cow milk obtained from Kırklareli province
MECİT ŞEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiTunceli ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ÇİMEN
- An experimental investigation on the effects of relative density and grain size distribution on cyclic liquefaction of silty sands
Göreceli sıkılık ve dane çapı dağılımının sitli kumların sismik sıvılaşmasına etkisinin deneysel incelenmesi
SENA BEGÜM KENDİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA ECE BAYAT
PROF. DR. MEHMET MURAT MONKUL
- Marmara bölgesindeki entomopatojen nematod faunasının belirlenmesi
Determination of entomopathogenic nematod fauna in Marmara region
ÇİĞDEM GÜNEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UĞUR GÖZEL
- Trakya'da özel bir süt işletme tesisi tarafından değerlendirilen çiğ sütlerin somatik hücre sayısı bazı bileşenlerinin tespiti
The determination of somatic cell count and some components of raw milk which evaluated by a priva' company in Trakya
AHMET REFİK ÖNAL
- Kırklareli ilinde tarım sektörünün iş sağlığı ve güvenliği açısından değerlendirilmesi
Evaluation of agricultural sector in kirklareli̇ province in terms of occupational health and safety
İSMAİL YEŞİLBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Halk SağlığıKırklareli Üniversitesiİş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİLAL BALKAN