Primer and PCR optimization for metagenomics study of aspen leaf that differs in tannin content, fertilization and damage history
Tanen içeriği, gübreleme ve zarar geçmişinde farklılaşan aspen yaprağının metagenomik çalışması için primer ve PCR optimizasyonu
- Tez No: 684006
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜLYA İLBİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yaprakla ilişkili endofitik mikobiyom, bitki savunma sisteminde önemli roller oynar. Yaprak kimyası, konukçu genotipleri ve abiyotik stresler gibi çeşitli faktörler yaprak mikobiyom çeşitliliğini değiştirmektedir. Bu tez araştırması, konukçu genotipleri, N stresi, yaprak kimyası ve bitki ile ilişkili mikroplar arasındaki karmaşık ilişkiyi ve bunların patojenlere ve böceklere karşı bitki savunmasındaki rollerini anlamak için gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmada,6 farklı İsveç kavağı, üç farklı azotlu gübre dozu (0 kg/ha-ortam N gübrelemesi, 15 kg/ha-yüksek seviyede atmosferik N birikimi ve 150 kg/ha-ticari gübre) ile muamele edilmiştir. Gübreleme uygulamaları dört tekrarlı olarak tesadüf blokları deneme desenine göre gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmanın ana hedefi, kavak yaprağındaki endofitikleri tanımlamada Illumina dizilimi için fungal amplikon kütüphanesinin hazırlanmasıdır. Bunun için, ilk aşamada ekstrakte edilen DNA'nın kalitesi ve miktarı dikkate alınarak en iyi ekstraksiyon yöntemi belirlenmiştir. Sonraki aşamada, dizileme için başarılı amplikon veren bantlar elde etmek için primerler, PCR reaksiyon karışımları ve PCR döngüleri optimize edilmiştir. Ayrıca, genotip ve nitrojen uygulamasının bitki sağlığı ile ilgili çeşitli bitki fenotipik tepkilerine etkisi ve bu özelliklerin kavak yapraklarındaki mikobiyomla ilişkisi araştırılmıştır. Azotlu gübreleme, genotip ve uygulama dozuna bağlı olarak yaprak kimyasal içeriğine ve hasar düzeyi üzerine etki göstermiştir. Bitki boyu, klorofil içeriği, Venturia hasarı ve ITS konsantrasyonu, N gübrelemesinden önemli ölçüde etkilenmiştir. Genotipik farklılıklar bitki boyunu ve yaprak tanen yoğunluğunu önemli ölçüde etkilemiştir. Genotip çevre etkileşimi de Venturia, antosiyanin içerik indeksi ve ITS konsantrasyonunu etkilemiştir. Pearson korelasyonuna göre, azot denge indeksi ile klorofil (0.92**), antosiyaninler (-0.54***) ve flavanoller (-0.73**) arasında; klorofil içeriği ile antosiyanin içerik indeksi (-0.54***) ve flavanol içerik indeksi (-0.42***) arasında; antosiyanin içeriği ile Venturia hasar semptomları 0.38***)arasında ve ayrıca ITS konsantrasyonu ile bitki boyu (0.28*) ve flavanol içerik indeksi (0.24*)arasında önemli korelasyonlar belirlenmiştir. Yoğun tanenlerin, akarların hasarı, aşırı duyarlılık tepkileri, yaprak sapı galleri ve fungus yoğunlu ile negatif korelasyon gösterdiği belirlenmiştir. Temel Bileşen Analizine göre, nitrojen dengesi indeksi, klorofil içeriği, antosiyanin içerik indeksi ve flavanol içerik indeksinin PC1'in; Venturia zararı, bitki boyu, akar yaprağı hasar indeksi ve antosiyanin PC2'nin ana bileşenleri olmuştur. Ayrıca uygulamalar ile genotipler arasında yüksek derecede benzerlik görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Leaf associated endophytic mycobiome play critical roles in pant defence system. Several factors including the leaf chemistry, host genotypes and abiotic stresses may shape the leaf mycobiome diversity. This thesis research was carried out to understand the complex relationship among host genotypes, N stress, leaf chemistry and plant associated microbes and their role in plant defence against pathogens and insects. This study used Aspen genotypes from a Swedish Aspen common garden focusing six genotypes treated with three different nitrogen fertilizer doses (0 kg/ha-ambient N fertilization, 15 kg/ha-high level of atmospheric N deposition and 150 kg/ha-industrial fertilization doses) in complete randomized block design with four replications. The central part of this study was to prepare the fungal amplicon library preparation from aspen leaf material for Illumina sequencing to identify the endophytic community. We selected the best extraction kits considering the quality and amount of extracted DNA. Through the logical and chronological steps, we optimized the primers, PCR reaction mixtures and PCR set up to achieve satisfactory bands that allow for successful amplicon for sequencing. We also assessed the effect of genotype and nitrogen treatment on various plant phenotypic responses related to plant health and in order to relate these traits to the mycobiome associated with aspen leaves. Nitrogen fertilization showed impact on leaf chemical properties and damage level depending on genotype and treatment varying response variables. Plant height, chlorophyll content, Venturia damage and ITS concentration were affected significantly by N fertilization. Genotypic differences affected the plant height significantly. Genotypic differences strongly affected the leaf condensed tannins conent. Genotype environment interaction affected the Venturia, anthocyanins content index and ITS concentration. Pearson correlation and scatter plot revealed significant correlations between indexes of nitrogen balance with chlorophyll (0.92**), anthocyanins (-0.54***) and flavanols (-0.73**), chlorophyll content with anthocyanin content index (-0.54***), flavanols content index (-0.42***), anthocyanins content with Venturia damage symptoms (0.38***) as well as ITS concentration with plant height (0.28*) and flavanols content index (0.24*). Condensed tannins showed negative correlation with mites' damage, hypersensitive responses, petiole galls and fungal abundance. Principle Component Analysis suggested the nitrogen balance index, chlorophyll content, anthocyanin content index and flavanols content index were major contributors to PC1 and Venturia, height, mite leaf damage index and anthocyanin were major contributors for PC2. It also revealed a high similarity among treatments and genotypes.
Benzer Tezler
- Recombinant production and characterization of serine protease enzyme from Virgibacillus sp. AGTR strain using site directed mutagenesis
Virgibacillus sp. AGTR suşundan izole edilen serin proteaz enziminin bölgeye yönelik mutagenez yöntemi kullanılarak rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
EVRİM KAPUCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Rumenden izole edilen bakterilerden α-amilaz ve likenaz genlerinin klonlanması, genlerin ve enzimlerin moleküler karakterizasyonu
Cloning of α-amylase and lichenase genes of bacteria isolated from rumen, molecular characterization of genes and enzymes
DİLEK ÖZGÜN EKİZ
Doktora
Türkçe
2017
BiyoteknolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. ASHABİL AYGAN
- SOX2 in focus: Association of SOX2 copy number variation with TP53 mutation in TCGA pancancer cohorts and codon optimized design for de novo SOX2 synthesis using novel shiny application
SOX2 odak noktasında: SOX2 gen kopya sayısı varyosyonunun TCGA pancancer kümelerinde TP53 mutasyonu ile ilişkisi ve shiny uygulaması kullanılarak de novo SOX2 sentezi için kodon optimize tasarım
SİBER GÜNEŞ ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Optimization and application of AFLP molecular marker system on Turkish durum wheat varieties for genetic analyses
Genetik analizler için AFLP moleküler markör sisteminin tür durum buğday çeşitleri üzerinde optimizasyonu ve uygulanması
AYTÜL İNCİRLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
KimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
- Multiplex-PCR based screening and computational modeling of virulence factors and T cell mediated immunity in Helicobacter pylori infections for accurate clinical diagnosis
Helicobacter pylori enfeksiyonlarının doğru klinik tanısı için virülans faktörleri ile T hücreye bağımlı bağışıklığın çoklu-PZT ile taranması ve biyoinformatik modellemesi
SİNEM ÖKTEM OKULLU
Doktora
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ