Genomic tools for the identification of the genetic control of wood properties in Norway Spruce (Picea abies (L.) Karst.)
Norveç Ladinde (Picea abies (L.) Karst.) Odun özelliklerinin genetik tanımlanmasında kullanılan Genomik yöntemler
- Tez No: 686079
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİRSEN ÇAKIR AYDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Belirtilmemiş.
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu araştırma projesi ile Norveç ladininde, odun özelliklerinin varyasyonu için Genom çapında ilişkilendirme (GWAS) haritalama tekniğini ve ıslah sürecini kısalmak için Bayes yöntemini kullanarak Genomik seleksiyonu (GS) hedeflemektedir. rrBLUP ve GBLUP gibi GS modelleri, yükseklik, hız, piloidi ve elastisite özellikleri için 116219 SNP belirteçleri kullanılarak SNP belirteçler geliştirilmiştir. rrBLUP tahmin gücü, GBLUP'tan biraz daha yüksek bulunmuştur. Fonksiyonel GWAS, lignin, selüloz, lif genişliği ve odun yoğunluğu özellikleri için 131131 SNP belirteçleri bireyler üzerinde statgenGWAS R paketi ile gerçekleştirilmiştir. Lignin içeriği (halka 1-20), selüloz içeriği için 27 (halka 1 ve 10) ve lif genişliği (halka 1) için 10 olmak üzere toplam 66 önemli SNP tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, karmaşık ağaç özelliklerinin genetiğinin anlaşılması ve ıslah çalışmaları için önemli SNP belirteçleriyle ilişkili aday genleri belirlenmesine yardımcı olabilir.
Özet (Çeviri)
This research project targets utilizing the Genome-wide association (GWAS) mapping technique to discover the genetic foundation for the trait variation of wood properties and Genomic selection (GS) to undertake Bayesian prediction for important traits of Norway spruce to accelerate and reduce the length of the breeding cycle. GS models such as rrBLUP and GBLUP were developed using 116219 SNP markers of full-sibs for height, velocity, pilodyn, and modulus of elasticity traits. rrBLUP prediction power was slightly higher than GBLUP for different ratios of training and testing population. Functional GWAS was performed by statgenGWAS R package on half-sib individuals operating 131131 SNP markers for lignin, cellulose, fibre width, and wood density traits. A total of 66 significant SNPs were detected for the lignin content ( rings 1-20), 27 for cellulose content (rings 1 and 10), and 10 for fibre width (ring 1). The novelty of these results is that they help us understand the genetics of complex wood traits and identify candidate genes associated with significant SNP markers for breeding activities.
Benzer Tezler
- Molecular investigation of CHEK2 variants of unknown significance (VUS) found by genetic screening of breast and colorectal cancer patients and healthy individuals in Turkish population
Türk popülasyonunda meme ve kolorektal kanser hastaları ile sağlıklı bireylerde genetik tarama ile saptanan klinik önemi bilinmeyen CHEK2 varyantlarının moleküler incelemesi
NİSAN DENİZCE CAN
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Ekzom dizileme verilerinin yeniden analizi
Reanalysis of exome sequencing data
DENİZ ESİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GenetikSelçuk ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU MARZİOĞLU ÖZDEMİR
- Parallel processing of large scale genomic data
Başlık çevirisi yok
MÜCAHİD KUTLU
Doktora
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolThe Ohıo State UnıversıtyDR. GAGAN AGRAWAL
- Machine-learning approaches for neurological disorder diagnosis from genomic and neuroimaging data
Genomik ve nörogörüntüleme verilerinden nörolojik bozukluk teşhisi için makine öğrenmesi yaklaşımları
İSMAİL BİLGEN
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEHÇET UĞUR TÖREYİN
- Ephedra major (HUM) bitkisi ve ekstraktlarının adli amaçlı genetik kimliklendirilmesi
Genetic identification of Ephedra major plant and extracts for forensic purposes
NURDAN SANDIKÇI