Geri Dön

The genetics of sporadic als: The first Turkish gwas and novel snp and cnv association

Sporadik als genetiği: İlk Türk gwas çalışması ve yeni snp ve cnv ilişkileri

PDF İndir

  1. Tez No: 325515
  2. Yazar: ÖZGÜN UYAN
  3. Danışmanlar: PROF. A. NAZLI BAŞAK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Nöroloji, Biology, Genetics, Neurology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 119

Özet

Amiyotrofik lateral skleroz (ALS), beyin korteksi, beyin sapı ve omuriliğin ön boynuzundaki üst ve alt motor nöronların selektif dejenerasyonu sonucunda oluşur. ALS, en yaygın, geç başlangıçlı motor nöron hastalığıdır ve halen tedavisi yoktur. ALS olgularının büyük çoğunluğu sporadikken yüzde onluk kısmında aile öyküsü vardır. Ailesel olgularda, bugüne kadar en az yirmibeş gen ve birkaç lokus tanımlanmıştır. Sporadik ALS olgularının yüzde onluk kısmı genetik faktörlerle açıklanabilirken, sporadik olguların büyük bir kısmının genetiği bilinmemektedir. Bu genetik faktörlerin bulunması, ALS patogenezine neden olan yeni mekanizmaların ortaya çıkmasına yardımcı olacaktır. GWAS, genetik faktörleri belli olmayan hasta olgularını, sağlıklı birey gruplarıyla kıyaslayarak hastalık fenotipine neden olabilecek aday bölgelerin tanımlanmasını sağlamaktadır. Bu tez çerçevesinde, GWAS yöntemi ve ileri biyoinformatik yöntemleri kullanılarak sporadik ALS hastalarında yeni varyantların (SNP ve CNV) ve gen bölgelerinin bulunması hedeflendi. İlk olarak daha önceden yayınlanmış iki GWAS verisi kullanılarak ailesel ALS'ye neden olan genlerdeki SNP'ler araştırıldı. Sonuç olarak, TARDBP gen bölgesinde ACA haplotipinin ALS ile ilişkili olduğu görüldü. İkinci aşamada, 116 sporadik olgu ve 109 sağlıklı birey kullanılarak Türk toplumunda ilk defa ALS-GWAS çalışması gerçekleştirildi. TMEM90B ve CPNE5 gen bölgelerinde bulunan iki SNP kümesi ALS ile ilişkilendirildi ancak Bonferroni düzeltmesi sonucunda SNP'ler anlamlarını yitirdi. Üçüncü aşamada, GWAS ham verisi kullanılarak, PennCNV programı ile, genom-çapında CNV analizi yapıldı. Genomun intergenik ve gen lokuslarında birçok yeni ve daha önce tanımlanmış CNV bulundu. Tez çerçevesinde yapılan bu ilk-aşama GWAS çalışması bilgimiz dahilinde olan ilk Türk ALS-GWAS'ıdır. Bundan ve CNV analizlerinden çıkan ön bulguların, genetiği büyük oranda çözülmemiş olan sporadik ALS'ye ışık tutması beklenmektedir; ayrıca bu bulgular ALS patogenezinde etkin yeni genlerin bulunması ve dolayısıyla ALS'nin karmaşık patogenezinin anlaşılması yönünde de umut vericidir.

Özet (Çeviri)

Selective degeneration of both lower and upper motor neurons located in the brain cortex, brainstem and ventral horn of the spinal cord result in amyotrophic lateral sclerosis (ALS). ALS is the most frequent late-onset motor neuron disorder and so far no cure or treatment for ALS has been developed. The vast majority of ALS cases are sporadic, approximately 10% of patients have a family history. At least 25 genes and several loci have been identified so far in familial cases. The genetic factors that contribute to ALS correspond to atmost 10% in sporadic cases so there is a huge genetic gap in sALS. The missing part of genetic factors needs to be revealed to fill the lacking players in the mechanisms underlying disease pathogenesis. GWAS enables large scale cohort studies between cases and controls to pinpoint new candidate genomic regions that may be associated with disease phenotype. In the framework of this thesis, we aimed to investigate sporadic ALS patients to identify novel Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Copy Number Variations (CNVs) and genes, associated with ALS, using GWAS and computational biology approaches. First, we analyzed single marker associations of SNPs in the regions of fALS-causing genes in two published datasets. The ACA haplotype in TARDBP locus was found to be associated with ALS. Next, we performed GWAS on Turkish ALS samples, which included 116 sALS patients and 109 controls. We identified two SNP clusters in TMEM90B and CPNE5 genes associated with ALS, yet all SNPs failed to keep the significance after Bonferroni correction. Third, we performed genome-wide CNV analysis using raw data of GWAS and the PennCNV tool. We identified several novel and reported CNVs in gene and intergenic regions. To the best of our knowledge, this is the first ALS-GWAS of sALS patients in Turkey. We hope that the findings of this thesis in first-stage GWAS and genome-wide CNV analyses will shed light to the unknown genetics of sALS and help to pave the ways in the identification of novel genes associated with sALS pathogenesis.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    484720

    Sporadik amyotrofik lateral skleroz (ALS) tanısı alan olgularda C9ORF72, SOD1, tardbp, fus ve ubqln2 gen mutasyonlarının araştırılması

    C9ORF72, SOD1, tardbp, fus and ubqln2 gene mutations screening in patients who diagnosed with sporadic amyotrophic lateral sclerosis(ALS)

    VİLDAN ÇİFTÇİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    GenetikAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SİBEL KARAÜZÜM

  2. Tez No

    480923

    Frontotemporal lobar dejenerasyon spektrumunda C9orf72 geni GGGGCC heksanükleotid tekrar artışları ile fenotipik çeşitliliğin karşılaştırılması

    Comparison of phenotypic variability with C9orf72 gene GGGGCC hexanucleotide repeat expansion in frontotemporal lobar degeneration spectrum

    EBRU ERZURUMLUOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    GenetikEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN

  3. Tez No

    529937

    The molecular landscape of ALS in Turkey: A multifaceted approach to the complex genetics of ALS

    Türkiye'de ALS'nin moleküler yapısı: Karmaşık ALS genetiğine çok yönlü bir yaklaşım

    CEREN TUNCA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN

    PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK

  4. Tez No

    255920

    Amyotrophic lateral sclerosis in Turkey: Studies on familial and Sporadic ALS using high-throughput genomic technologies

    Türkiye?de amiyotrofik lateral skleroz: Ailesel ve Sporadik ALS?de yüksek-ölçekli genomik yöntemlerin uygulanması

    ASLIHAN ÖZOĞUZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK

  5. Tez No

    338913

    Genetic factors contributing to ALS in Turkey: ATXN2 polyq repeat expansions and SNP/CNV associations

    Türkiye'de ALS'ye etki eden genetik faktörler: ATXN2 poliglutamin tekrar artışları ve SNP/CNV ilişkilendirme çalışmaları

    ÖZGÜR ÖMÜR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK

Geri Dön