Kangal akkaraman kuzularında büyümeye bağlı mikroRNA'ların tanımlanması
Identification of growth related microRNAs in kangal akkaraman lambs
- Tez No: 686680
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞEREF İNAL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Veteriner Hekimliği, Genetics, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Ekspresyon, Günlük Canlı Ağırlık Artışı, Kangal Akkaraman, miRNA, RNA-seq, Average daily gain, Expression, Kangal Akkaraman, miRNA, RNA-seq
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Türkiyedeki koyun varlığında önemli bir yere sahip Kangal Akkaraman koyun ırkı, Türkiye'nin yerli genetik kaynaklarındandır. MikroRNA'lar (miRNA'lar), ekspresyonlarını negatif olarak düzenlemek için hedef mRNA'larla eşleşen, küçük, kodlama yapmayan RNA'lardır. miRNA'lar, transkriptomun büyük bir bölümünü etkilemekte ve hayvan gelişimi sırasında geniş bir yelpazede biyolojik süreçleri düzenlemektedirler. Bu çalışmada Kangal Akkaraman kuzularına ait beyaz kan hücrelerinde miRNA varlığının araştırılması ve Kangal Akkaraman ırkı kuzularında günlük canlı ağırlık artışı ile ilişkili miRNA'ların tespitinin yapılması amaçlanmıştır. Günlük canlı ağırlık artışına göre düşük (DAA) (n = 17) ve yüksek (YAA) (n = 21) olarak iki grup oluşturulmuştur. Kuzulardan alınan kan örneklerinden beyaz kan hücreleri ayrılarak RNA izolasyonu yapılmıştır. DAA ve YAA gruplarına ait miRNA kütüphaneleri hazırlanmış ve Illumina Novaseq ile sekanslanmıştır. Okumalar Oar_v3.1 koyun referans genomu kullanılarak Bowtie programı ile haritalanmıştır. İki grubun diferansiyel ekspresyon analizi DESeq R paketi (1.8.3) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. YAA grubunda yaklaşık 18 milyon sekans okuma verisi ve DAA grubunda yaklaşık 21 milyon sekans okuma verisi haritalanmıştır. Toplamda 129 bilinen miRNA'nın ekspresyon seviyeleri tespit edilmiş, 134 yeni miRNA tahmin edilmiştir. Anlamlı diferansiyel eksprese olmuş miRNA tanımlanmamıştır (p0,05). Elde edilen verilerin, bu konuda yapılacak yeni çalışmalar ile birlikte, Kangal Akkaraman koyunlarında günlük canlı ağırlık artışı ile ilgili ıslah çalışmalarına katkı sağlayabileceği öngörülmektedir.
Özet (Çeviri)
The majority of sheep in Turkey is Akkaraman. Kangal is of Akkaraman sheep breed is one of Turkey's indigenous genetic resources. MicroRNAs (miRNAs) are small, non-coding RNAs that match target mRNAs to negatively regulate their expression. miRNAs affect large part of the transcriptome and regulate a wide range of biological processes during animal development. In this study, it was aimed to investigate the presence of miRNA belonging to Kangal Akkaraman lambs and to determine the miRNAs associated with average daily gain in Kangal Akkaraman lambs. Depending on the average daily gain, two groups were formed as low daily gain (LDG) and high daily gain (HDG). White blood cells were separated from blood samples taken from lambs and RNA was isolated. miRNA libraries (LDG and HDG groups) were prepared and sequenced with Illumina Novaseq. Readings were mapped with the Bowtie program using the Oar_v3.1 sheep reference genome. Differential expression analysis of the two groups was performed using the DESeq R package (1.8.3). It was mapped about 18 million sequence reads in YAA and 21 million sequence reads in DAA samples. In total, 129 known miRNAs were identified, 134 novel miRNAs were predicted. No significant differential expressed miRNA was identified (p value 0,05). It is predicted that the obtained data, would shed light on breeding studies related to average daily gain in Kangal Akkraman sheep with further studies.
Benzer Tezler
- Kangal akkaraman ırkı koyunlarda etçi tip geliştirilmesi imkânları
Opportunities for development of meat type in kangal akkaraman sheep breed
MEHMET NACİ OKTAY
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiKırıkkale ÜniversitesiZootekni, Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BORA ÖZARSLAN
- Kangal akkaraman koçlarında bazı androlojik özelliklerin belirlenmesi
Determination of some andrological characteristics in kangal akkaraman rams
OĞUZ BURAK YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiDölerme ve Suni Tohumlama Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER KOÇYİĞİT
- Akkaraman-Kangal koyunlarında erken anöstrüs döneminde resenkronizasyon uygulaması ile östrüs ve ovulasyonun uyarılması
Induction of the oestrus and ovulation out of season by means of resynchronisation i̇n Akkaraman-Kangal ewes
ABDURRAHMAN TAKCI
Doktora
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiSelçuk ÜniversitesiDoğum ve Jinekoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DURSUN ALİ DİNÇ
- Akkaraman ırkı koyunlarda flushing uygulamasının dölverimi özelliklerine etkisi
Effect of flushing application on fertility in akkaraman sheep
KAZIM DEMİRAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiZootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAAN MUHSİN İŞCAN