Geri Dön

Hayvansal orijinli escherichia coli izolatlarının filogruplarının belirlenmesi ve virulens genlerinin analizi

Determination of phylogroups of escherichia coli isolates of animal origin and analysis of virulence genes

PDF İndir

  1. Tez No: 687281
  2. Yazar: EMRE KARAKAYA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FUAT AYDIN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Dışkı, Escherichia coli, filogrup, identifikasyon, virülens genleri, Identification, Escherichia coli, faeces, phylogroup, virulence genes
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 103

Özet

Bu çalışmada at, kedi, köpek, koyun, sığır ve tavuk dışkı örneklerinden elde edilen Escherichia coli izolatlarının filogruplarının belirlenmesi ve bazı önemli virülens genlerinin araştırılması amaçlandı. Bu amaçla, 100'er adet at, kedi, köpek, koyun, sığır ve tavuk dışkı örneği olmak üzere, toplam 600 adet dışkı örneği materyal olarak kullanıldı. E. coli'nin izolasyonu amacıyla, dışkı örneklerinden MacConkey agarlara direkt ekim yapıldı. Elde edilen izolatların identifikasyonu, fenotipik testler ve moleküler yöntem (tür spesifik multipleks Polymerase Chain Reaction (mPCR)) ile gerçekleştirildi. Hayvan dışkılarından elde edilen E. coli izolatlarının filogrupları, kuadrupleks PCR, filogrup C ve E spesifik mPCR ile belirlendi. Ayrıca izolatların 6 farklı virülens geninin (bfpA, eaeA, LT, ST, Stx1 ve Stx2) araştırılması amacıyla, altı farklı primer çiftinin kullanıldığı mPCR yönteminden yararlanıldı. Çalışmada elde edilen toplam 600 E. coli izolatının 120 (% 20)'si filogrup A, 269 (%44.8)'u filogrup B1, 58 (% 9.7)'i filogrup B2, 19 (% 3.2)'u filogrup C, 35 (% 5.8)'i filogrup D, 56 (% 9.3)'sı filogrup E, 31 (% 5.2)'i filogrup F ve 12 (% 2)'si ise Escherichia clades olarak tanımlandı. E. coli izolatlarında en çok saptanan filogrup B1 (%44.8) iken, en az saptanan filogrup ise Escherichia clades (% 2) oldu. Bununla birlikte, mPCR ile gerçekleştirilen virülens gen analizi sonucunda, 149 (% 24.8) E. coli izolatında virülens geni saptanmasına rağmen, 451 (%75.1) izolatta hiçbir virülens geni saptanmadı. Analiz sonuçlarına göre, en çok belirlenen virülens geni Stx1 iken, en az belirlenen virülens geni ise LT oldu. Sonuç olarak, bu çalışmada, hem hayvan türü hem de incelenen E. coli izolat sayısına bakıldığı zaman, elde edilen veriler epidemiyolojik açıdan büyük önem taşımaktadır. Çalışmamızda, kommensal özellikteki filogrup A, B1 ve C izolatlarında virülens genlerinin % 13.5 oranında tespit edilmesi, bu izolatların gerek hayvan gerekse halk sağlığı açısından potansiyel bir tehlike oluşturabileceğini düşündürmektedir.

Özet (Çeviri)

In this study, it was aimed to determine the phylogroups of Escherichia coli isolates recovered from horse, cat, dog, sheep, cattle and chicken faeces samples and to investigate some important virulence genes. For this purpose, a total of 600 faeces samples, 100 from each of the horse, cat, dog, sheep, cattle and chicken, were used as material. For the isolation of E. coli, faeces samples were directly inoculated onto MacConkey agar. The identification of the recovered isolates was performed by phenotypic tests and molecular method (species-specific multiplex Polymerase Chain Reaction (mPCR)). Phylogroups of E. coli isolates obtained from animal feces were determined by quadruplex PCR, phylogroup C and E specific mPCR. In addition, mPCR method, including six different primer pairs, was used to investigate 6 different virulence genes (bfpA, eaeA, LT, ST, Stx1 and Stx2) of the isolates. Of the total 600 E. coli isolates recovered in the study, 120 (20%), 269 (44.8%), 58 (9.7%), 19 (3.2%), 35 (5.8%), 56 (9.3%), 31 (5.2%) and 12 (2%) were identified as phylogroup A, B1, B2, C, D, E, F and Escherichia clades respectively. The most common phylogroup detected in E. coli isolates was B1 (44.8%), while the least phylogroup detected was Escherichia clade (2%). However, as a result of the virulence gene analysis performed by mPCR, although the virulence gene was detected in 149 (24.8%) E. coli isolates, no virulence gene was detected in 451 (75.1%) isolates. According to the analysis results, the most virulence gene determined was Stx1, while the least determined virulence gene was LT. In conclusion, in this study, when both the animal species and the number of E. coli isolates examined are considered, the data obtained are of great importance in epidemiological terms. In our study, the detection of virulence genes in 13.5% among phylogroup A, B1 and C isolates with commensal characteristics suggests that these isolates may pose a potential danger in terms of both animal and public health.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    487119

    Hayvansal kaynaklı esherichia coli izolatlarında bazı virulens genlerinin PCR ile saptanması

    PCR detection of some virulence genes in escherichia coli isolates obtained from animal sources

    MOHAMMED KHIDER ABD ALRAHIM AHMED

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiUludağ Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA BÜYÜKCANGAZ

  2. Tez No

    225407

    Kanatlı orijinli escherichia coli suşlarının virülens özelliklerinin fenotipik ve moleküler metotlarla belirlenmesi

    Detection of virulence properties escherichia coli orginated from poultry by phenotipic and molecular methods

    ZAFER CANTEKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜJGAN İZGÜR

  3. Tez No

    202213

    Diyarbakır'da satışa sunulan taze çökelek peynirlerinin mikrobiyolojik kalitesi üzerine bir araştırma

    Microbiological quality of Çökelek cheeses as a fresh consuming in Diyarbakır

    AYŞE NİLAY ÖNGANER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEVDA KIRBAĞ

  4. Tez No

    753482

    Hayvansal orijinli salmonella typhimurium ve salmonella kentucky serotiplerinde antibiyotik direncinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle saptanması

    Determination of antibiotic resistance in salmonella typhimurium and salmonella kentucky serotypes of animal origin using conventional and molecular methods

    ZEYNEP ŞIK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET AKAN

  5. Tez No

    111558

    Hayvansal ve bitkisel orijinli hazır kuru çorbaların ICMSF (International Commision on Microbiological Specification for Foods) ve TSE'nün mikrobiyolojik standartlarına uygunluğunun sınanması

    Başlık çevirisi yok

    İSA ŞEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1992

    Halk Sağlığıİstanbul Üniversitesi

    Halk Sağlığı Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ÖVAT GÜRAY

Geri Dön