Identification of transcriptional networks controlling themesenchymal-epithelial transition
Mezenkimal-epitelyal dönüşümünü (MET) kontrol eden transkripsiyonel ağların belirlenmesi
- Tez No: 649361
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HANİ ALOTAİBİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: MET, Transkripsiyonel Ağlar, EMT, Elf3, Grhl3, Ovol2, MET, Transcriptional Networks, EMT, Elf3, Grhl3, Ovol2
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Gen düzenleyici ağlar kapsamındaki moleküller arası değişimler ve hücresel plastisite arasındaki dinamik geçişler hücrelerin genotiplerini değiştirmeden farklı fenotipler arasında geçiş yaptığı korunmuş ve kompleks mekanizmalar tarafından kullanılırlar. E-kaderin (E- cad)'in ayırt edici özellik olduğu epitelyal-mezenkimal dönüşüm (EMT) ve mezenkimal- epitelyal dönüşüm (MET) hücresel programları fenotipik plastisite ile donatılmıştır. Literatürde EMT'in düzenlenmesi konusunda birçok çalışma bulunurken, MET'in düzenlenmesinin altında yatan mekanizmalara değinen yayınlara hala daha az rastlanmaktadır. Bu tez çalışması, dinamik MET sürecini literatürdeki benzerlerinden farklı bir bakış açısıyla araştırmaktadır; çünkü MET sürecinin başlatılmasında önemli rol oynayan ve hücrelerin epitel durumdaki stabilitesini kontrol eden temel bir transkripsiyonel ağ varlığını belirlemeyi hedeflemiştir. Bu amaçla literatürden ve biyoinformatik veritabanlarından yararlanılarak olası ağ üyelerinin belirlenmesi ve birbirleri ile ilişkilerinin doğrulanması amacıyla in-vitro deneyler gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, MET sürecini kontrol eden Elf3, Grhl3, Ovol2, Ahr ve Nfya gibi transkripsiyon faktörleri saptanmıştır. Grhl3 ve Elf3'ün ağ merkezinde bulunduğu bazı transkripsiyonel ağ odakları tanımlanmıştır. Grhl3 ve Ovol2 transkripsiyonel faktörlerinin gelişim süreci dışında EMT gibi önemli biyolojik süreçlerin transkripsiyonel düzenlenmesi gibi konularda ortak çalışma potansiyelinde oldukları gösterilmiştir. Sonuç olarak, bulgularımızın MET sürecinin düzenlenmesi hakkında yeni bilgiler sunması ve epitel durumun düzenleyicisi olarak Elf3 gibi bazı transkripsiyon faktörlerini bir transkripsiyonel ağ kapsamında ortaya çıkartması oldukça önemlidir.
Özet (Çeviri)
Dynamic fluctuations through cellular plasticity and intermolecular changes within the gene regulatory networks are utilized by conserved and complex mechanisms in which cells switch between different phenotypes without altering the genotype. Epithelial-mesenchymal transition (EMT) and mesenchymal-epithelial transition (MET) cellular programs, in which E- cadherin (E-cad) is the hallmark, endow with phenotypic plasticity. While much attention is being paid to EMT regulation, little attention is paid to the mechanisms underlying MET regulation. This thesis explores the dynamic MET process from a distinct viewpoint from its counterparts in the literature. It is based on identifying a basic transcriptional network that controls cells' epithelial stability, which might play a crucial role in initiating the MET process. We carried out a comprehensive approach consisting of data mining, in silico analyses, and in- vitro experimental studies to determine the possible network members and verify their relationships. Analysis of gene expression profiles from NMuMG cells and the other datasets obtained from the literature, followed by loss of function experiments, revealed that transcription factors such as Elf3, Grhl3, Ovol2, Ahr, and Nfya are regulators of the MET process. Some transcriptional nodes were identified where Grhl3 and Elf3 are in the center of the network. It is also revealed that Grhl3 and Ovol2 transcriptional factors are most likely to collaborate in development processes and transcriptional regulation of important biological processes such as EMT. In conclusion, our findings present novel insights into the regulation of MET and reveal some transcription factors such as Elf3 as an indispensable guardian of the epithelial state within a transcriptional network.
Benzer Tezler
- Identification of key transcription factors in glucose sensing pathway in S. cerevisiae
S. cerevisiae?da glikoz algılama yolizindeki anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi
EBRU ALAZİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. BETÜL KIRDAR
- COVID-19 hastalığının derin öğrenme yöntemleri kullanılarak tespiti
Detection of COVID-19 disease using deep learning methods
HÜSEYİN YAŞAR
Doktora
Türkçe
2022
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKonya Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT CEYLAN
- Identification of transcriptional regulatory networks characterizing invasive and non-invasive bladder cancer cell lines
Kasa invazif olan ve olmayan mesane kanserihücre hatlarını karakterize eden transkripsyonel regülasyon ağlarının belirlenmesi
PERİHAN YAĞMUR GÜNERİ SÖZERİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK
DR. SERAP ERKEK ÖZHAN
- Identification of perturbation-responsive key transcription factors in transcriptional regulatory networks
Transkripsiyonel düzenleyici ağlarda genetik ve çevresel değişimlere en anlamlı yanıt veren transkripsiyon faktörlerinin saptanması
FATMA BESTE KINIKOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
PROF.DR. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN
- Identification of the genes responsible for boron uptake, transport and detoxification in black poplar
Karakavakta bor alımı taşınması ve detoksifikasyonundan sorumlu genlerin tanımlanması
SENEM UYLAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyomühendislikGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KUBİLAY YILDIRIM