Investigation of the glycosidase activity and recombinant production of different Bacteroides species
Farklı Bacteroides türlerinin glikosidaz aktivitelerinin incelenmesi ve rekombinant olarak üretimi
- Tez No: 687846
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SERCAN KARAV
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Glikozilasyon hücrelerde en sık gözlenen translasyon sonrası modifikasyon çeşitlerinden bir tanesi olup, ökaryotik proteinlerin %50'sinden fazlası glikoprotein yapısındadır. Glikanlar, serbest oligosakkaritler veya bağlı oligosakkaritler (glikokonjugatlar) biçiminde bulunabilirler. Bağlı glikanlar temelde iki alt başlıkta sınıflandırılabilirler. N-bağlı glikanlar (N-glikanlar), çekirdek yapısında bulunan N-asetilglukozamin (GlcNAc) aracılığıyla, polipeptitlerde bulunan Asn-X-Ser/Thr dizisinin asparajin (Asn) yan zincirindeki karboksamit grubuna bağlanırlar. O-bağlı glikanlar ise polipeptitlerde bulunan serin veya treoninnin OH grubuna glikosidik bağ ile bağlıdır. Glikan türlerinin glikoproteinlerin biyolojik fonksiyonlarına ne gibi katkılarda bulunduğu henüz anlaşılamamıştır. Bunun temel nedeni ise günümüzde kullanılan glikosidazların glikanları yeteri düzeyde ve seçicilikte ayıramamalarıdır. Glikobiyoloji alanında kullanılan enzimler aktif oldukları glikan türüne göre iki çeşittir; N-glikosidazlar ve O-glikosidazlar. N-glikanlar genel olarak 3 ana gruba ve O-glikanlar ise 8 gruba ayrılmaktadır. Günümüzde ticari olarak üretilen O-glikosidazlar, sadece 2 grup O-glikan (sınıf 1 ve sınıf 2) üzerinde aktivite göstermektedir. Bacteroideslerin potansiyel glikosidaz sahibi olduğunun araştırılması için bir strateji geliştirilmiştir. Bu yaklaşımın temeli; bakteriler proteinleri sindirebilecek gerekli enzimleri içermemektedir. Bu yüzden proteinleri karbon kaynağı olarak kullanamazlar. Glikoproteinler ise, protein ve glikan ikilisinden oluşmaktadır. Glikoproteinler üzerinde gözlemlenen gelişimin karbon kaynağı bu yüzden glikanlar olacaktır. Glikanların glikoproteinlerden ayrılıp hücre içine alınabilmesi için ise bakterilerin önce glikosidazlar ile bu glikanları kesmeleri gerekmektedir. Bu bağlamda yapılan çalışmalar Bacteroides fragilis ve Bifidobakteri infantis N-glikan içeren laktoferrin, O-glikan içeren müsin ve hem N-glikan hem de O-glikan içeren fetuin glikoproteinleri üzerindeki gelişimleri gözlemlenmiştir. Bacteroides fragilis'in glikoproteinler üzerinde gösterdiği yüksek gelişimin ise genomlarında O- ve N- glikanları kesebilecek enzimlerinin olduğunu hakkında çok büyük ipucu vermektedir.
Özet (Çeviri)
Glycosylation is a type of post-translational modification observed in cells. Glycans may exist in the form of free oligosaccharides or linked oligosaccharides(glycoconjugates). N-linked glycans are linked to the carboxamide group in the asparagine side chain of the Asn-X-Ser / Thr sequence found in the polypeptides by means of N-acetylglucosamine. O-linked glycans are bound to the OH group of serine or threonine in the polypeptides by a glycosidic bond. The contribution of glycan species to the biological functions of glycoproteins is not yet understood. The main reason for this is that the glycosidases used currently are unable to release glycans at sufficient levels. The enzymes used in the field of glycobiology are two types N-glycosidases and O-glycosidases. Currently commercially produced O-glycosidases show activity on only 2 groups of O-glycans. A strategy has been developed to investigate whether Bacteroides possess potential glycosidases. The basis of this approach; bacteria do not contain the necessary enzymes to digest proteins. The carbon source of development observed on glycoproteins will, therefore, be glycans. In order for the glycans to be release from the glycoproteins and taken into the cell, bacteria must first release them with glycosidases. Studies in this context have observed the growth of B.fragilis and B.infantis on lactoferrin containing N-glycan, mucin containing O-glycan and fetuin glycoproteins containing both N-glycan and O-glycan. The high growth of Bacteroides fragilis on glycoproteins gives us a hint of the fact that there are enzymes in the genome that can interrupt O- and N- glycans.
Benzer Tezler
- Begonvil (Bougainvillea spectabilis Willd.) bitkisindeki boganin protein geninin klonlanması, bakteriyel ekspresyonu, antiviral ve antimikrobiyal aktivitesinin araştırılması
Cloning of boganin protein from Bougainvillea spectabilis Willd., bacrerial expression, investigation of antiviral and antimicrobial activities
ABDULLAH GÜLLER
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU
- Bazı Brassicaceae sebzelerinin sindirim enzimleri üzerinde in vitro inhibitör etkilerinin araştırılması
Investigation of in vitro inhibitor effects of some Brassicaceae vegetables on digestive enzymes
TUĞÇE KARABAŞ
- Probiyotik bakteri izolatının anti-diyabetik potansiyelinin araştırılması
Investigation of anti̇di̇abeti̇c potenti̇al of probi̇oti̇c bacteri̇a i̇solate
ASLI MERCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERİH KIVANÇ
DOÇ. DR. GÖZDE AYDOĞAN KILIÇ
- Kırmızı lahana (Brassica oleracea var. Capitata), kırmızı marul (Lollo rosso), kırmızı biber (Capsicum annuum L. cv. Kapya) ve kırmızı pancar (Beta vulgaris L.)'ın antioksidan, antikolinerjik, antidiyabetik özelliklerinin araştırılması ve fenolik içeriklerinin LC-HRMS kromatografisi ile belirlenmesi
The investigation of antioxidant, anticholinergic, antidiabetic properties of red cabbage (Brassica oleracea var. Capitata), red lettuce (Lollo rosso), red pepper (Capsicum annuum L.cv. Kapya) and red beet (Beta vulgaris L.) and determination of their phenolic contents by LC-HRMS chromatoghraphy
MUALLA GÜLEN
- Türkiye'de doğal yayılış gösteren Gypsophila arrostii Guss.var.nebulosa (Boiss. & Heldr.) Barkoudah. ve Gypsophila pilulifera Boiss. & Heldr. bitki türlerinin fitokimyasal açıdan incelenmesi ve biyolojik etkilerinin araştırılması
Phytochemical investigation of plant species Gypsophila arrostii Guss.var.nebulosa (Boiss. & Heldr.) Barkoudah. and Gypsophila pilulifera Boiss. & Heldr. naturally found in turkey and screening of biological properties
İDRİS ARSLAN