Aminoasit bazlı biyomoleküller üzerine radyasyon etkisinin moleküler dinamik simülasyonla incelenmesi
Effect of the radiation on amino acid based biomolecules via molecular dynamics simulation
- Tez No: 688936
- Danışmanlar: PROF. DR. SONER ÖZGEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biyomühendislik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Bioengineering, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Fırat Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Katıhal Fiziği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 153
Özet
Canlı organizmalarının yapı taşları olan aminoasit bazlı biyomoleküller, proteinler, canlı organizmalarda birçok görev almakla birlikte birçok görevi ve etkisi hala belirlenememiştir. Bununla birlikte radyasyonun canlı organizmalar üzerine etkilerini belirlemek için moleküler düzeyde yapılan çalışmalar proteinler üzerine yoğunlaşmaktadır. Deneysel yöntemle çalışılamayan ve atomik seviyede yapılacak simülasyon çalışması ile proteinlerin termodinamik özelliklerinin ve radyasyonun proteinler üzerinde oluşturacağı yapısal değişikliklerin incelenebileceği hipotezi ile yapılan bu tez çalışmasında moleküler dinamik simülasyonu kullanılmıştır. Proteinlerin termodinamik özelliklerini, sıcaklığın ve ultraviyole radyasyonun oluşturduğu yapısal değişiklikleri inceleyerek analizler yapılmıştır. Moleküler Mekanik kuvvet alanı yöntemi ile CHARMM parametreleri kullanılarak farklı atom sayılarına sahip 25 biyomolekül için model yapı oluşturulmuş ve bu yapılar için LAMMPS moleküler Dinamik simülatörü kullanılarak simülasyonlar yapılmıştır. Yapılan simülasyonlar ile aminoasitlerden 17 tanesinin termodinamik özellikleri belirlenmiş ve elde edilen parametreler deneysel parametrelerle karşılaştırılmıştır. Simülasyon sonuçları ile deneysel parametreler arasında %2,57'lik fark olan hesaplamalar yapılmıştır. Deca-alanin ve hücreye nüfuz eden peptitlerden birinin termodinamik özellikleri ve radyasyonun oluşturduğu yapısal değişiklikler incelenmiştir. İnsan hemoglobini protein yapısı için sıcaklığa bağlı termodinamik özellikler ve radyasyonun oluşturduğu yapısal değişiklikler incelenmiştir. 2019-nCoV proteaz proteinleri için sıcaklığa bağlı termodinamik özellikler araştırılmış ve 2019-nCoV spike protein yapısı için termodinamik özellikler incelenerek spike proteine radyasyonun oluşturduğu yapısal değişiklikler incelenerek analiz edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Although amino acids, which are the building blocks of living organisms, take place in their lives and organisms, their function and effect have still not been determined. In addition, studies at the molecular level focus on proteins to determine the effects of radiation on living organisms. Molecular dynamics simulation has been used in this thesis study in order to examine the thermodynamic properties of proteins and the structural changes that radiation will create on proteins, with the simulation study to be performed at the atomic level, which cannot be studied with the experimental method. Analyzes has been made by examining the thermodynamic properties of proteins and the structural changes caused by temperature and ultraviolet radiation. Model structures were created for 25 biomolecules with different atomic numbers using CHARMM parameters with the Molecular Mechanical force field method, and simulations were made for these structures using the LAMMPS molecular dynamics simulator. The thermodynamic properties of 17 amino acids were determined by the simulations and the obtained parameters were compared with the experimental parameters. Calculations results is introduced that it is a difference of 2.57% between the simulation results and the experimental parameters. The thermodynamic properties of deca-alanine and one of the cell-penetrating peptides and the structural changes induced by radiation have been investigated. Thermodynamic properties related to temperature and structural changes caused by radiation have been investigated for the protein structure of human hemoglobin. Temperature-dependent thermodynamic properties have investigated for 2019-nCoV protease proteins and the thermodynamic properties for the 2019-nCoV spike protein structure were examined and the structural changes induced by radiation to the spike protein were analyzed.
Benzer Tezler
- Recombinant expression and purification of aquaporins as membrane proteins from halophilic, thermophilic, and cold-adapted microorganisms
Halofilik, termofilik ve soğuk adaptasyonlu mikroorganizmalardan membran proteinleri olarak aquaporinlerin rekombinant ekspresyonu ve saflaştırılması
KADİRCAN CİVELEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ
- Probing the arrangement of the conformational ensembles of DnaK
DnaK nükleotit bağlanma domeninin oluşturduğu konformasyonal popülasyonların araştırılması
MELİS KORKMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Hı̇droksı̇apatı̇t bazlı bı̇yomateryallerı̇n modı̇fı̇kasyonu ve denı̇z ortamında ağır metal gı̇derı̇mı̇ ve bı̇yofı̇lm oluşumuna yönelı̇k davranışları
Modification of hydroxyapatite from cattle bones with starch and l- cysteine to remove of heavy metal from environmental samples and limit the biofilm formation
GÜLŞEN MELTEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLI BAYSAL
DOÇ. DR. SALİHA ESİN ÇELİK
DOÇ. DR. NİL ÖZBEK
- A novel approach to selection of inorganic binding polypeptides using ultrasonication during phage display methodology
İnorganik malzemelere bağlanan polipeptitlerin taranmasında yeni bir yaklaşım: Faj gösterim teknolojisinde ultrasonikasyon uygulaması
AYŞE SENEM DONATAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. CANDAN TAMERLER
PROF.DR. MUSTAFA ÜRGEN
- Particle detection and signal analysis in nanopores
Nanogözeneklerde parçacık algılama ve sinyal analizi
DÜRDANE YILMAZ
Doktora
İngilizce
2023
Biyokimyaİstanbul Medeniyet ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ DİNLER
DOÇ. DR. KAAN KEÇECİ