Geri Dön

Kumarin-hidrazon temelli bir schıff bazı ile pepsin/hsa arasındaki bağlanma özelliklerinin spektroskopik ve moleküler kenetlenme metotları ile incelenmesi

Investigation of binding properties between a schiff base based on coumarin-hydrazone and pepsin/hsa by spectroscopic and molecular docking methods

PDF İndir

  1. Tez No: 689205
  2. Yazar: ESRA ÖZGENÇ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ELMAS GÖKOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 79

Özet

Tez çalışması kapsamında kumarin-hidrazon temelli yeni bir schiff bazı sentezlenmiş (HZC) ve yapısı spektroskopik yöntemlerler karakterize edilmiştir. HZC ile protein (pepsin ve HSA) etkileşimleri spektroskopik (absorpsiyon, floresans) ve moleküler kenetlenme yöntemleri ile incelenmiştir. HZC-pepsin etkileşimleri pH 2.0 ve HZC-HSA etkileşimleri pH 7.4 tampon ortamlarında, farklı sıcaklıklarda çalışılmıştır. Florimetrik deneylerden elde edilen floresans sönüm sabitleri (Ksv), bağlanma sabitleri (K), bağlanma kısım sayıları (n) verilerinin işaret ettiği statik sönüm mekanizmasına göre HZC ve proteinler arasında kompleks yapı oluştuğu sonucuna varılmıştır. Ayrıca hesaplanan termodinamik parametrelere (G, H, S) göre bağlanma türleri açıklanmıştır. Negatif H ve pozitif S parametreleri, HZC'nin her iki proteinle bağlanmasında, hidrofobik kuvvetlerin yanında elektrostatik etkileşimlerin de rolü olduğu sonucunu göstermiştir. HZC'nin tezde önerilen florimetrik yöntemde, pepsin/HSA içeren deneysel ortamlardan nicel tayini için gözlenebilme sınırı (LOD) ve tayin sınırı (LOQ) değerleri hesaplanmıştır. Buna göre HZC için, LOD değeri pepsin ortamında 3.52x10-6 M ve HSA ortamında 3.81x10-7 M; LOQ değeri ise pepsin ortamında 1.17x10-5 M ve HSA ortamında 1.27x10-6 M olarak bulunmuştur. Förster teorisine göre, FRET yöntemi kullanılarak donör-akseptör molekülleri arasındaki uzaklık (r), HZC-pepsin için 3.67 nm ve HZC-HSA için 2.19 nm olarak hesaplanmıştır. Bu sonuçlar, türev-protein molekül çiftleri arasında ışımasız enerji aktarımının etkin olduğunu göstermiştir. Elde edilen deneysel veriler, moleküler kenetlenme sonuçları ile desteklenmiştir ve doğrulanmıştır. Gerek spektral ve gerekse hesaplamalı sonuçlar, HZC türevinin diğer benzer schiff bazı bileşikleri için iyi bir model olabileceğini ve ilaç tasarımı için de önemli moleküler türler olarak sınıflandırılabileceğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

In this thesis, a new schiff base based on coumarin-hydrazon was synthesized (HZC) and its structure were characterized by spectroscopic methods. HZC and protein (pepsin and HSA) interactions were investigated by spectroscopic (absorption, fluorescence) and molecular docking methods. HZC-pepsin and HZC-HSA interactions were studied in pH 2.0 and pH 7.4 buffer environments at different temperatures, respectively. The fluorescence quenching constants (Ksv), binding constants (K), binding part numbers (n) were obtained from fluorimetric experiments and besides, according to static quenching mechanism indicated that it was concluded a complex structure was formed between HZC and proteins. Also, bonding types were explained according to the calculated thermodynamic parameters (G, H, S). The negative H and positive S parameters showed that electrostatic interactions as well as hydrophobic forces play a role in the binding of HZC with both proteins. In the fluorimetric method proposed in the thesis, limits of detection (LOD) and limits of quantification (LOQ) values were calculated for the quantitative determination of HZC under the experimental conditions containing pepsin/ HSA. Accordingly, for HZC, the LOD and LOQ values were found as 3.52x10-6 M and 1.17x10-5 M, respectively, in the presence of pepsin; at the same time LOD and LOQ values were found 3.81x10-7 M and 1.27x10-6 M, respectively, in the presence of HSA. According to Förster's theory, using the FRET method, the distance (r) between donor-acceptor molecules was calculated as 3.67 nm for HZC-pepsin and 2.19 nm for HZC HSA. These results showed that non-radiative energy transfer between derivative-protein molecule pairs is effective. The obtained experimental data were supported and validated by molecular docking results. Both spectral and computational results show that the HZC derivative can be a good model for other similar schiff compounds and can be classified as critical molecular species for drug design.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    644639

    Yeni kumarin temelli floresan açil hidrazonların sentezi ve çeşitli anyonlara ve katyonlara karşı duyarlılığının incelenmesi

    Synthesis of coumarin-based new fluorescence acyl hydrazones and investigation of their sensitivity to various anions and cations

    ONUR TURHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    KimyaEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜJGAN ÖZKÜTÜK

  2. Tez No

    689101

    Kumarin içeren floresan hidrazon bileşiklerinin sentezi ve çeşitli anyonlarla etkileşimlerinin spektroskopik yöntemlerle belirlenmesi

    Synthesis of fluorescent hydrazone compounds containing coumarin and determination of their interactions with various anions by spectroscopic methods

    WIEM BOUALI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    KimyaEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜJGAN ÖZKÜTÜK

  3. Tez No

    431080

    Kumarin-triazol hibrit bileşiklerinin mikrodalga destekli sentezi ve bazı biyolojik özelliklerinin incelenmesi

    Microwave-assisted synthesis of coumarin-triazol hybrid molecules and evaluation of their some biological activities

    FATİH YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Eczacılık ve FarmakolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMRE MENTEŞE

    PROF. DR. BAHİTTİN KAHVECİ

  4. Tez No

    125796

    Heterosiklik içeren yeni dispers azo boyarmaddelerinin sentezi ve absorpsiyon spektrumlarının incelenmesi

    The Synthesis of new disperse azo dyes heterocylic component and their investigation of their absorption spectra

    FİKRET KARCI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    KimyaGazi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NERMİN ERTAN

  5. Tez No

    60963

    Kumarinil keton tiyosemikarbazonlar ve kumarinil tiyazolon hidrazonlar üzerinde çalışmalar

    Başlık çevirisi yok

    NİLGÜN OLGUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1987

    Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. AYSEL GÜRSOY

Geri Dön