Acınetobacter baumannii enolazının klonlanması ve ın silico analizi
Cloning and in silico analysis of enolase from acinetobacter baumannii
- Tez No: 689570
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK BALIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 202
Özet
Gram negatif, nozokomiyal fırsatçı bir patojen olan Acinetobacter baumannii, dünya genelinde sağlık bakım ünitelerinde ciddi enfeksiyonlara neden olmaktadır. A. baumannii'nin sebep olduğu en yaygın enfeksiyonlar ventilatör ilişkili pnömoni ile kan dolaşımı enfeksiyonlarıdır. A. baumannii'nin antibakteriyel ilaçların etkisinden etkili bir şekilde kaçmayı başaran en ciddi organizmalardan biri olduğu Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından açıklanmıştır. Bu açıklama A. baumannii'nin sebep olduğu enfeksiyonları tedavi etmek için alternatif ilaç adaylarının araştırılması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Geleneksel metotlar kullanarak yeni ilaçların geliştirilmesi; para ve iş gücü bakımından maliyetli ve yıllar süren bir prosestir. Son zamanlarda, bilgisayar destekli ilaç tasarımı, yeni ilaç keşfetme ve geliştirme alanında maliyeti ve zamanı önemli derecede düşürdüğü için büyük önem kazanmıştır. A. baumannii'nin glikolitik yolağında bulunan enolaz, Mg+2 iyonları varlığında, tersinir olarak 2-fosfogliseratın fosfoenol pirüvata dönüşümünü katalize eden önemli bir enzimdir. Bu tez çalışmasında enolaz, A. baumannii'nin enerji metabolizmasındaki bu görevinden dolayı hedef molekül olarak seçilmiştir. İleri in vitro karakterizasyon ve inhibitör test çalışmalarında kullanmak amacıyla, A. baumannii enolaz geni literatürde ilk defa klonlanmıştır, ekspresyon çalışmaları yapılmıştır ve A. baumannii enolazının açık ve kapalı konformasyonları için homoloji modelleme ve moleküler yanaştırma çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu tez çalışması sonucunda elde edilen tüm bu sonuçlar doğrultusuda; yapıya dayalı ilaç tasarımı yaklaşımına dayanarak yeni görüşler oluşturulabilecek ve enolaz, Acinetobacter baumannii'nin sebep olduğu enfeksiyonları baskılamak için aday olabilecektir.
Özet (Çeviri)
Acinetobacter baumannii brings about serious infections in hospitals across the world. Bacteremia and ventilator-associated pneumonia are the most prevalent infections which A. baumannii causes. WHO announced A. baumannii is one of the most critical organisms which can escape the effects of antibiotics. This announcement shows that alternative drug candidates should be developed in order to treat A. baumannii infections. The development of new drugs using conventional methods is costly process with regard to manpower, money and it takes many years. Computer-aided drug discovery has become important in the field of new drug discovery and development on account of decreasing time and cost considerably in the recent times. Enolase found in the glycolytic pathway of A. baumannii is a key enzyme that catalyzes the reversible conversion of 2-phosphoglycerate to phosphoenolpyruvate in the presence of Mg2+ ions. In this study, A. baumannii enolase was selected as a target molecule due to its duty in the energy metabolism of the bacteria. The gene encoding enolase from A. baumannii was cloned to be used for further in vitro characterization and inhibitor testing researches. Homology modelling methods and docking analyses were carried out for open and closed conformations of A. baumannii enolase for the first time in the literature. All these results may pave the way for new approaches related to computer-aided drug discovery studies and enolase may be a candidate molecule to struggle against A. baumannii infections in human.
Benzer Tezler
- Çok-ilaca-dirençli klebsiella pneumoniae ve acinetobacter baumannii'ye özgü bakteriyofaj izolasyonu ve bu fajların biyofilme etkisi
Specific bacteriophage isolation TO multi-DRUG-resistant klebsiella pneumoniae and acinetobacter baumannii and effect of this phages on biofilm
YELDA İŞLEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
- Molecular study of carbapenems resistant Acinetobacter baumannii isolated from clinical
Klinik kaynaklardan izole edilen karbapenemlere dayanıklı Acınetobacter baumannıı'nin moleküler çalışması
MOHAMMED ADNAN FADHIL AL-NAJJAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞİNASİ AŞKAR
- Yoğun bakım Ünitelerinde acinetobacter baumannii enfeksiyonları: Epidemiyolojik, klinik ve mortaliteyi etkileyen özelliklerinin retrospektif değerlendirilmesi
Acinetobacter baumannii infections in intensive care units: Evaluation of clinical and epidemiological charecteristics and effect on mortality retrospectively
HAYDAR ÜRÜN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıErciyes ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAYATİ DEMİRASLAN
- Hastane enfeksiyonlarından izole edilen a.baumannii suşlarının AFLP ve pfge yöntemi ile moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of a. baumannii strains isolated from nosocomial infections by AFLP and pfge methods
IŞILAY GÖKÇE BENK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Farklı klinik örneklerden izole edilen çoğul dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında tigesiklin, kolistin direncinin disk difüzyon, e-test ve otomatize sistem yöntemleri ile karşılaştırılması
Comparison of disc diffusion, e test and automated system methods for the determination of resistance to tigecyclin and colistin by multiple resistant acinetobacter baumanii isolates which isolated from different samples
NURİYE İSMİHAN ECE AKKÖK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ARAL