Investigation of the effects of cycloastragenol on arabidopsis thaliana by high-throughput sequencing
Sikloastagenol'ün arabidopsis thaliana üzerindeki etkilerinin yüksek verimli dizileme ile araştırılması
- Tez No: 691282
- Danışmanlar: PROF. DR. BARBAROS NALBANTOĞLU, DOÇ. ÖZGÜR ÇAKIR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Yüksek verimli dizileme, Sikloastragenol, RNA dizileme, küçük RNA dizileme, A. thaliana, High-throughput sequencing, cycloastragenol, RNA sequencing, small RNA sequencing, A. thaliana
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 172
Özet
Sikloastragenol (CAG), telomeraz aktivitesini, hücre proliferasyonunu önemli ölçüde uyardığı ve insandaki bazı hastalıkları önlediği kanıtlanmış 'Astragalus membranaceus' dan izole edilen bir moleküldür. Aynı şekilde, bitkiler fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler pertürbasyonlara yol açan ve büyümelerini ve gelişimlerini etkileyen farklı stres koşullarına dayanırlar. CAG, bitkiler için bu bozuklukları engellemek ve iyileştirmek için anahtar bir molekül olacaktır. Bu çerçevede, bitkilerde CAG'yi ilk araştıran çalışmamız, bitkilerde farklı çevresel baskıların üstesinden gelmek için, CAG potansiyel yardımını ortaya çıkarmayi, farklı sinyalleşme mekanizmaları üzerindeki CAG etkilerini belirlemeyi, yüksek verimli sıralama metodolojileri aracılığıyla genel bir transkripsiyonel ve transkripsiyon sonrası yanıt analizine sahip olmayı amaçlamaktadır. RNA dizileme ve küçük RNA dizileme stratejilerini ve transkripsiyonel profillerini belirlemek için bilinen ve bilinmeyen küçük RNA'ları değerlendirmek ve etkilenen yollardaki olası işlevlerini değerlendirmek için CAG muamelesi altında A. thaliana kökleri kalluslari kullanılmıştır. Üretilen veriler, sitokrom P450s taşıyıcıları gibi farklı genlerin ve strese duyarlı protein ailelerinin upregülasyonunu ortaya çıkarmıştır. Bununla birlikte, mir3434-5p ve hiperosmotik strese bitki tepkilerini olumlu yönde etkileyen hedef genleri gibi muamele edilen örneklerde, metabolik ve stres toleransı sinyal yolları ile ilişkili birkaç mirna ve hedeflerinin yukarı doğru düzenlendiği bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Cycloastragenol (CAG) is a compound isolated from'Astragalus membranaceus' which has been proven to significantly stimulate telomerase activity, cell proliferation and prevent some diseases in human. Similarly, plants endure different stress conditions leading to physiological, biochemical and molecular perturbations and affecting their growth and development. CAG would be for plants a potential molecule preventing and remedying these disorders. In this frame, our study, the first to investigate CAG in plants, aims to determine effects of cycloastragenol on different signaling mechanisms, to have an overview of transcriptional and post- transcriptional responses analysis through high throughput sequencing methodologies, in order to reveal CAG potential help to plants in surmounting different environmental stresses. RNA sequencing and small RNA sequencing strategies were employed in A. thaliana roots calli under CAG treatment to determine the transcriptional profiles, and to assess known and unknown small RNAs and evaluate their possible functions in the affected pathways. The generated data revealed the upregulation of different genes and stress responsive protein families such as cytochrome P450s transporters. Besides, several miRNAs and their targets associated to metabolic and stress tolerance signaling pathways were found to be up-regulated in treated sample, like miR3434-5p and its target genes which interfere positively in plant responses to hyperosmotic stresses.
Benzer Tezler
- Telomeraz aktivatör etkili sikloastragenol ve yeni türevlerinin NRF2 ve proteazom sistemlerine etkisi ile yaşlanma karşıtı ve nöroprotektif potansiyellerinin araştırılması
Investigation of anti-aging and neuroprotective potentials of telomerase activator cycloastragenol and its derivatives on NRF2 and proteasome systems
SİNEM YILMAZ
Doktora
Türkçe
2023
BiyokimyaEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PETEK BALLAR KIRMIZIBAYRAK
- Doğal ürünlerden elde edilen potansiyel sitotoksik moleküllerin NFKB (Nükleer Faktör KappaB) aktivasyonuna olan etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of potential cytotoxic molecules from natural products on NFKB (Nuclear Factor KappaB) activation
FATMA KOCABAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDAL BEDİR
- Sikloastragenol ve astragalozit IV'ün PC12 hücre hattinda 6-hidroksidopamin (6-OHDA) ile oluşturulan nörotoksisiteye karşi nöroprotektif etkisinin araştirilmasi
Investigation of neuroprotective effects of cycloastragenol and astragaloside IV against neurotoxicity induced by 6-hydroxydopamine(6-OHDA) in PC12 cell line
TUNA NESİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDAL BEDİR
- PC12 nöronal hücre hattında amiloid beta ile oluşturulan Alzheimer modelinde saponinlerin oksidatif makromolekül hasarı üzerine etkisinin incelenmesi
The effects of saponins on oxidative macromolecule damage in Alzheimer model generated by amyloid beta-induced PC12 neuronal cell line
NİDA DEMİRÇAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR AKAN
- Septofusidium berolinense'nin biyoaktif sekonder metabolit içeriğinin araştırılması ve endofitik funguslarla sikloartan grubu saponinlerin biyotransformasyonu
Research on bioactive secondary metabolite profile of Septofusidium berolinense and biotranformation of cycloartane type saponins by endophytic fungi
GÜNER EKİZ
Doktora
Türkçe
2016
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDAL BEDİR
PROF. DR. ELİF ESİN HAMEŞ