Geri Dön

Olası bir RNA bağlayıcı protein olan coiled-coil domain containing protein 124 (CCDC 124)'ün etkileştiği RNA hedeflerinin belirlenmesi ve insan kanser doku örneklerinde ifade seviyelerinin incelenmesi

Identifying the RNA targets of coiled-coil domain contaning protein 124 (CCDC 124) and it's expression level in human cancer tissues

PDF İndir

  1. Tez No: 691537
  2. Yazar: ÖZGE ARSLAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Patoloji, Biology, Pathology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 145

Özet

CCDC124 (Coiled-coil-Domain-Containing protein124) geni DNA dizisi verilerinin analizine dayalı yapılmış olan daha önceki biyoinformatik çalışmalar bu proteinin RNA bağlayan bir protein olabileceğini göstermiştir. Yapılmış olan bu tez çalışmasıyla ise Ccdc124'in RNA bağlayan bir protein olduğu immunopresipitasyon ve sekanslama yöntemleri kullanılarak deneysel olarak gösterilmiş ve ilk defa olası RNA hedefleri listelenmiştir. Bu hedefler arasından seçilen HERC2 ve GCN1 RNA' ları ise Q-PCR yöntemi kullanılarak doğrulanmıştır. Ccdc124 proteininin bağlandığı olası RNA hedeflerinin belirlenmesinin ardından, proteinin yoğun RNA içeriğine sahip hücre altı yapılarda konumlanıyor olabileceği düşünülerek nükleer benekler ve stres granülleri incelenmiştir. İncelemeler için immunofloresan yöntemi kullanılmış, SC35 ile işaretlenmiş nükleer beneklerle Ccdc124 proteininin ortak konumlanma gösterdiği belirlenmiştir. CRISPR/Cas9 sistemi kullanılarak Ccdc124'ün hedeflendiği hücrelerde ise böyle bir konumlanmaya rastlanmadığı tespit edilmiştir. Stres granülü oluşumuyla Ccdc124 proteini arasındaki ilişkinin tespiti için ise stres granülü işaretleyicisi olarak G3BP1, TIA-1, HNRNPA1, PABPC1 kullanılmış ve sıcaklık stresi (42°C ve 46°C) ile oksidatif stres (sodyum arsenit ile tetiklenmiş) durumları çalışılmıştır. Bu deneyler sonucunda Ccdc124 proteini bazı stres granülü işaretleyicileriyle ortak konumlanma göstermesine rağmen, tüm stres granüllerinde benzer konumlanmadığı tespit edilmiştir. Bu nedenle Ccdc124'ün genel olarak tüm stres granüllerinde bulunan bir protein olmadığını ancak bazı hücrelere ve bazı özel koşullara bağlı olarak stres granüllerinde konumlandığını düşünülmektedir. Kanser dokularına ait örneklerle normal doku örnekleri kullanılarak Ccdc124'ün mRNA ifade seviyeleri karşılaştırılmıştır ve mesane, özofagus, tiroid bezi, adrenal bez, over, endometriyum kanserlerinde artış gösterdiği tespit edilmiştir. Daha sonra bu dokular arasından seçilen mesane, over ve endometriyum dokuları immunohistokimyasal yöntemler kullanılarak analiz edilmiş, endometriyum ve over dokularında Ccdc124 protein ifade artışının olduğu belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Bioinformatics studies based on analysis of CCDC124 (Coiled-coil-Domain-Containing protein124) gene DNA sequence indicated that this protein has RNA binding potential. This thesis aimed to show that Ccdc124 is a RNA-binding protein by using immunoprecipitation and sequencing methods, and possible RNA targets were listed for the first time. HERC2 and GCN1 RNAs, presented in the target list, were validated through the Q-PCR method. After determining the possible RNA targets of Ccdc124 protein, nuclear speckles and stress granules were examined considering the protein's potential localization of subcellular structures with dense RNA content. With immunofluorescence method, it was determined that Ccdc124 protein was colocalization with nuclear speckles marked with SC35. However, such positioning was not detected when Ccdc124 targeted the CRISPR/Cas9 system was used. Moreover, to determine the relationship between stress granule formation and Ccdc124 protein, G3BP1, TIA-1, HNRNPA1, PABPC1 were used as markers of stress granule. Heat stress (42°C and 46°C) and oxidative stress (triggered by sodium arsenite) conditions were examined. The results indicated that although Ccdc124 protein colocalized with some stress granule markers, it was not observed for all stress granules. Therefore, it was thought that Ccdc124 is not a protein found in all stress granules in general; yet, it located in stress granules depending on the cell types and special conditions. Also, the results showed that Ccdc124 mRNA expression levels remarkably increased in bladder, esophagus, thyroid gland, adrenal gland, ovarium and endometrium cancers in comparison between cancer tissue samples and normal tissue samples. Furthermore, immunohistochemical methods were used in the selected tissues (endometrium, ovary, and urinary bladder), and Ccdc124 protein expression was identified as high in endometrium and ovarian cancer tissues as compared to normal tissue samples.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    829145

    Investigation of novel genes and functional roles in MEFV negative FMF patients through next-generation sequencing

    MEFV negatif ailesel Akdeniz ateşi hastalarında yeni nesil dizileme yöntemiyle özgün genlerin ve işlevlerinin araştırılması

    MERVE ÖZKILINÇ ÖNEN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  2. Tez No

    577219

    Age related alterations of adult neurogenesis and astrocytes in zebrafish (Danio rerio)

    Zebrabalığı (Danıo rerio) modelinde yetişkin nörogenezi ve astositlerin yaşlanmaya bağlı değişimleri

    NARİN ILGIM ARDIÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Nörolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MICHELLE MARIE ADAMS

  3. Tez No

    266753

    Tümör progresyonunun önlenmesi için prostat kanseri hücrelerinde, PKC? ve PKC?'nun CDME tarafından kontrolü

    The regulation of PKC? and PKC? By CDME in prostate cancer cells for prevention of tumor progression

    NİLGÜN GÜRBÜZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyokimyaAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASLI BAYKAL

    PROF. DR. SURESH C. SIKKA

  4. Tez No

    560908

    miR96 and miR182-driven regulation of cytoskeleton in glioblastomas

    Glioblastomalarda hücre iskeletinin miR96 ve miR182 aracılı regülasyonu

    ENES YAĞIZ AKDAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ

  5. Tez No

    867050

    Assessment of the effects of melatonin on the funtional deficits induced by cellular stress in obese donor derived mesenchymal STEM cells

    Melatonin'in obez donor mezenkimal kök hücrelerinde hücresel strese bağlı olarak oluşan fonksiyon bozuklukları üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi

    ECE GİZEM POLAT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATİMA SUSANNA FAUSTINA AERTS KAYA

Geri Dön