Quality assessment of metagenomic algorithms and creation of a single pipeline
Metagenomik algoritmaların nitelik değerlendirmesi ve tek bir boru hattı oluşturulması
- Tez No: 692524
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KIVANÇ BİLECEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biostatistics, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Konya Gıda ve Tarım Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
Çevre, insan ve hayvan sağlığı çalışmalarında metagenomik giderek daha önemli hale gelmektedir. Vücudumuzun içindeki ve üzerindeki bakterilerin çok önemli olduğu açıkça bilinmektedir. Bir mikrobiyal araştırmada downstream analizinin ilk adımı, örneklemdeki komünite miktarını bulmaktır. Bununla birlikte, downstream analizi birçok çözülmemiş bilgisayımsal zorluğu da içerir. Zorluklar, veri hacmi, büyük bilgi işlem kaynakları ve kodlama bilgisi gereksinimi olarak özetlenebilir. Sunulan çalışmanın temel amacı, en modern metagenomik taksonomik sınıflandırma araçları (Kraken2, Centrifuge ve Clark) için Grafiksel Kullanıcı Arayüzü ile tek bir boru hattı geliştirmek ve böylece herhangi bir alandan gelen araştırmacıların analizlerini yürütmelerine olanak tanımaktır. Çalışmamızda, gerçek hayattan örnekler analiz edildi ve sınıflandırma araçlarının resmî mini standart veritabanları ve NCBI 16S rRNA referans dizilerinden oluşturulan özel bir veritabanıyla karşılaştırıldı. Buna ek olarak, Kefir örnekleri sadece Türkiye'de yaygın olarak görülen Kefir türlerinden oluşturulan başka bir özel veri tabanı ile analiz edildi. Sonuçlara göre, 16S veritabanı sonuçları sınıflandırılmamış dizileri azaltırken, Kefir özel veritabanı 16S veritabanından daha iyi sonuçlar gösterdi.
Özet (Çeviri)
Metagenomics is increasingly important in studies of environment, human and animal health. It has become clear that bacteria in and on our bodies are very significant. Thus, there is a big boost in the number of scientists who are studying metagenomics. The first step of a downstream analysis in a microbial research is to find out about the community abundance in a sample. However, it also contains many unsolved computational challenges. The challenges can be summarized as handling data volume, large compute resources and requirement of coding knowledge. The main objective of the presented study was to develop a single pipeline with Graphical User Interface for the state-of-the-art metagenomic taxonomic classification tools (Kraken2, Centrifuge and Clark) that would allow researchers from any background to run their analysis. The real-life samples were analyzed and compared with tools' official mini standard databases and a custom database constructed from NCBI 16S rRNA reference sequences. In addition to that, Kefir samples were analyzed with another custom database that consists only Kefir species that are commonly seen in Turkey. According to the results, 16S database results decreased the unclassified sequences while the Kefir custom database showed even better results than the 16S database.
Benzer Tezler
- Quality assessment of different soil types for implement of shallow foundation
Başlık çevirisi yok
MOHAMMED ABBAS MAALA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
İnşaat MühendisliğiAltınbaş Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNCER ÇELİK
- Quality assessment of high-throughput DNA sequencing data via range analysis
Aralık analizi ile yüksek hacimli DNA sekans verilerinin kalite değerlendirilmesi
ALI FOTOUHI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Assoc. Prof. Dr. MUHAMMED OĞUZHAN KÜLEKCİ
- Buzda, streç film ve alüminyum folyo ile sarılarak 2±1°C'de depolanan çipuranın (Sparus aurota L., 1758) duyusal, kimyasal mikrobiyolojik kalitesinin değerlendirilmesi
Quality assessment of sea bream (Sparus aurata L., 1758) by sensory, chemical and microbiological methods in ice, cling film and aluminium foil at 2±1°C
ESMERAY KÜLEY
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Su ÜrünleriÇukurova ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. FATİH ÖZOĞUL
- SAR görüntülerinden üretilen interferometrik ve stereo sayısal yükseklik modellerinin kalitesinin incelenmesi
Quality assessment of DEMs generated from interferometric SAR and stereo SAR
SAYGIN ABDİKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Jeodezi ve FotogrametriYıldız Teknik ÜniversitesiJeodezi ve Fotogrametri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYHAN ALKIŞ
- Birinci basamak tanı ve tedavi rehberlerinin değerlendirilmesi
Quality assessment of primary care guidelines
AYLİN BAYDAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
Aile HekimliğiSağlık BakanlığıAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ALİ AKKUŞ