Quality assessment of metagenomic algorithms and creation of a single pipeline
Metagenomik algoritmaların nitelik değerlendirmesi ve tek bir boru hattı oluşturulması
- Tez No: 692524
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KIVANÇ BİLECEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Biyoistatistik, Microbiology, Biotechnology, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Konya Gıda ve Tarım Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çevre, insan ve hayvan sağlığı çalışmalarında metagenomik giderek daha önemli hale gelmektedir. Vücudumuzun içindeki ve üzerindeki bakterilerin çok önemli olduğu açıkça bilinmektedir. Bir mikrobiyal araştırmada downstream analizinin ilk adımı, örneklemdeki komünite miktarını bulmaktır. Bununla birlikte, downstream analizi birçok çözülmemiş bilgisayımsal zorluğu da içerir. Zorluklar, veri hacmi, büyük bilgi işlem kaynakları ve kodlama bilgisi gereksinimi olarak özetlenebilir. Sunulan çalışmanın temel amacı, en modern metagenomik taksonomik sınıflandırma araçları (Kraken2, Centrifuge ve Clark) için Grafiksel Kullanıcı Arayüzü ile tek bir boru hattı geliştirmek ve böylece herhangi bir alandan gelen araştırmacıların analizlerini yürütmelerine olanak tanımaktır. Çalışmamızda, gerçek hayattan örnekler analiz edildi ve sınıflandırma araçlarının resmî mini standart veritabanları ve NCBI 16S rRNA referans dizilerinden oluşturulan özel bir veritabanıyla karşılaştırıldı. Buna ek olarak, Kefir örnekleri sadece Türkiye'de yaygın olarak görülen Kefir türlerinden oluşturulan başka bir özel veri tabanı ile analiz edildi. Sonuçlara göre, 16S veritabanı sonuçları sınıflandırılmamış dizileri azaltırken, Kefir özel veritabanı 16S veritabanından daha iyi sonuçlar gösterdi.
Özet (Çeviri)
Metagenomics is increasingly important in studies of environment, human and animal health. It has become clear that bacteria in and on our bodies are very significant. Thus, there is a big boost in the number of scientists who are studying metagenomics. The first step of a downstream analysis in a microbial research is to find out about the community abundance in a sample. However, it also contains many unsolved computational challenges. The challenges can be summarized as handling data volume, large compute resources and requirement of coding knowledge. The main objective of the presented study was to develop a single pipeline with Graphical User Interface for the state-of-the-art metagenomic taxonomic classification tools (Kraken2, Centrifuge and Clark) that would allow researchers from any background to run their analysis. The real-life samples were analyzed and compared with tools' official mini standard databases and a custom database constructed from NCBI 16S rRNA reference sequences. In addition to that, Kefir samples were analyzed with another custom database that consists only Kefir species that are commonly seen in Turkey. According to the results, 16S database results decreased the unclassified sequences while the Kefir custom database showed even better results than the 16S database.
Benzer Tezler
- Cam ve plastik seraların sonbahar domates üretimi yönünden karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
ERGUN DURAN
- İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MELTEM ASLI NARTER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Yenileme yatırımları
Başlık çevirisi yok
OSMAN NURİ FİLİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
İşletmeGazi ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN OKKA
- Hızlı katılaşma ile yüksek mukavemetli malzemelerin üretilmesi ve kurşun-asit akümalatörlerine uygulanması
Başlık çevirisi yok
ÜMİT AKÇAL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİM DEMİRCİ
- Değişik derim zamanı ve önsoğutmanın Bursa siyahı incir çeşidinin meyve kalitesi ve pazarlama süresi üzerine etkileri
Effects of haruest time and precooling on fruit quality and shelf-life of the fig variety“Bursa siyahı”
FÜSUN GÜRSEL ÇELİKEL