Synthesis of peptides for SARS-COV-2 as drug and vaccine candidates and development of DNA Topo II inhibitors for cancer therapy
SARS-COV-2 ilacı ve aşısı için aday peptitlerin sentezi ve kanser tedavisi İçin DNA Topo II inhibitörlerin geliştirilmesi
- Tez No: 693207
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEM BÜLENT ÜSTÜNDAĞ, DR. ÖZGÜR YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 139
Özet
Covid-19 salgını Ocak 2020'den bu yana dünyada milyonlarca insanın hayatını kaybetmesine neden olmuştur. Peptitler, Covid-19 için ilaç ve aşı geliştirme çalışmalarında önemli ajanlardan biridir. Bir antijenin 20-30 amino asitten oluşan epitopu, immünojenik peptit molekülünü oluşturarak aşı geliştirme çalışmalarında kullanılmaktadır. Sentetik peptit aşıları klasik aşılarla karşılaştırıldığında canlı virüs içermemesi, toksik olmamaları, ucuz ve daha basit teknolojik bir yöntemle hazırlanabilmeleri açısından avantajlıdır. Peptit ilaçlar da seçici, iyi yanıt vermeleri ve yan etkilerinin fazla olmaması sebebiyle tercih edilmektedir. SARS-COV-2 virüs proteinlerini inhibe edebilecek peptitlerin Covid-19 sırasında patolojik sürecin gelişmesini engelleyebileceği düşünülmektedir. SARS-COV-2'nin genomik sekansı, SARS-COV'un genomik sekansı ile benzerlik göstermiştir. SARS-COV ve MERS-COV ile ilgili yapılan çalışmalarda virüsün Spike proteininin ilaç ve aşı geliştirme çalışmaları için ideal hedef olduğu bildirilmiştir. Bu tez kapsamında ilk kez kenetlenme analizi ile tasarlanan GDEVRQGDEVRQ, YAWNRKRISN, ve NLDSKV S-B epitop peptitleri Covid-19'a yönelik aşı geliştirmede kullanılmak üzere; S-ACE2 hedefli WRWA, KRTW, KYLW, WQRQ, YREW, KCWW, YYTW, FKRN, VYRW, FRRQ ve FHHR peptitleri Covid-19'a yönelik ilaç geliştirmede kullanılmak üzere sentezlenmiştir. Tasarlanan peptitlerin sentezinde Katı Fazlı Peptid Sentezi (SPPS) yöntemi kullanılmıştır. Sentezlenen peptitler, Ters Fazlı Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (RP-HPLC) ile saflaştırılmış ve Sıvı Kromatografi-Yüksek Çözünürlüklü Kütle Spektrometresi (LC-HRMS/MS) ile karakterize edilmiştir. Tüm peptitler başarıyla sentezlenmiştir ve karakterize edilmiştir. Genetik değişimin yol açtığı kanser, dünya çapında ölüm oranı en fazla olan ikinci hastalıktır. Kinonlar, özellikle 1,4-naftokinonlar, doğadaki en önemli ve yaygın fitokimyasal gruplardan biridir. 1,4-Naftokinonların sentetik türevinden olan 2-[(2,4-dichlorophenyl)amino]naphtho[2,3-d[1,3]thiazole-4,9-dione (A1) ve 2-[(4-metilfenil)amino]nafto[2,3-d][1,3]tiazol-4,9-dion (B1) bileşikleri tez kapsamında sentezlenmiştir, ve kayda değer sitotoksik aktiviteye sahip olduğu bulunmuştur. Sentezlenen bileşiklerin karakterize edilmesinde proton nükleer manyetik rezonans (1H-NMR) spektroskopisi, karbon-13 nükleer manyetik rezonans (13C-NMR) spektroskopisi ve Fourier dönüşümlü kızılötesi (FT-IR) spektroskopisi kullanılmıştır. Sentezlenen bileşiklerin in vitro sitotoksik aktivitesi, MKN-45, MDA-MB-231 ve HeLa hücre hatlarına karşı MTT testi kullanılarak değerlendirilmiştir.
Özet (Çeviri)
The Covid-19 outbreak has caused millions of people to die in the world since January 2020. Peptides are one of the important agents to drug and vaccine development studies for Covid-19. The epitope of an antigen consisting of 20-30 amino acids is used in vaccine development studies by creating an immunogenic peptide molecule. Compared to conventional vaccines, synthetic peptide vaccines are advantageous in that they do not contain live viruses, are non-toxic, and can be prepared with a cheaper and simpler method. Peptide drugs are also preferred to be selective, respond well, and interpret side effects. It is thought that peptides that can inhibit SARS-COV-2 virus proteins may prevent the development of the pathological process during Covid-19. The genomic sequence of SARS-COV-2 was similar to the genomic sequence of SARS-COV. In studies on SARS-COV and MERS-COV, it has been reported that the Spike protein of the virus is the ideal target for drug and vaccine development studies. Within the scope of this thesis, GDEVRQGDEVRQ, YAWNRKRISN, and NLDSKV S-B epitope peptides designed for the first time with docking analysis to be used in vaccine development for Covid-19; S-ACE2 targeted WRWA, KRTW, KYLW, WQRQ, YREW, KCWW, YYTW, FKRN, VYRW, FRRQ, and FHHR peptides have been synthesized for use in drug development for Covid-19. The Solid Phase Peptide Synthesis (SPPS) method was used in the synthesis of the designed peptides. The synthesized peptides were purified by Reverse Phase High-Performance Liquid Chromatography (RP-HPLC) and characterized by Liquid Chromatography-High-Resolution Mass Spectrometry (LC-HRMS/MS). All peptides have been successfully synthesized and characterized. Cancer caused by genetic change is the second disease with the highest mortality rate worldwide. Quinones, especially 1,4-naphthoquinones, are one of the most common phytochemical groups in nature. 2-[(2,4-dichlorophenyl)amino]naphtho[2,3-d][1,3]thiazole-4,9-dione (A1) and 2-[(4-methylphenyl)amino]naphtho[2,3-d][1,3]thiazole-4,9-dione (B1) compounds, which are synthetic derivatives of 1,4-Naphthoquinones, were synthesized within the scope of the thesis and was found to have significant cytotoxic activity. Proton nuclear magnetic resonance (1H-NMR) spectroscopy, carbon-13 nuclear magnetic resonance (13C-NMR) spectroscopy and Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy were used to characterize the synthesized compounds. The in vitro cytotoxic activities of these compounds were evaluated using the MTT test against cell lines MKN-45, MDA-MB-231, and HeLa.
Benzer Tezler
- Development of peptides for targeting TMPRSS2 as drug candidates and targeting spike MHC-II T-cell epitopes as vaccine candidates for COVID-19
COVID-19 ilaç çalışmaları için TMPRSS2 hedefine yönelik, aşı çalışmaları için spike MHC-II T-hücre epitoplarına yönelik peptitlerin geliştirilmesi
GİZEM BEYOĞLU BOZDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ONUR ALPTÜRK
DR. ÖZGÜR YILMAZ
- İlaç taşıyıcı sistemlerde kullanılmak üzere PEtOx-ko-PEI esaslı nanojel ve Sars-CoV-2 tedavisine yönelik peptit temelli ilaç adaylarının sentez ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of PEtOx-co-PEI-based nanogel for use in drug carrier systems and peptide-based medicine candidates for SARS-CoV-2 therapy
MELİKE ERTEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Polimer Bilim ve TeknolojisiMarmara ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLHAN KAYAMAN APOHAN
DR. ÖZGÜR YILMAZ
- Synthesis of dye-conjugated PD-L1 targeted peptides for use in pet/ct in diagnosis of lung cancer
Akciğer kanseri teşhisi için PET/CT sistemlerinde kullanılacak PD-L1 proteini hedefli boya takılı peptitlerin sentezi
SAADET YEŞİLMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ONUR ALPTÜRK
DR. ÖZGÜR YILMAZ
- Canine parvovirus'e ait antijenik özellikli sentetik peptidlerin sentezi ve biyokonjugatlarının geliştirilmesi
Synthesis of antigenic synthetic peptide of Canine parvovirus and development of bioconjugates
SERAP ACAR DERMAN
Doktora
Türkçe
2012
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZEYNEP MUSTAFAEVA AKDESTE
- Hepatit B yüzey antijenleri polipeptitlerinin kimyasal yolla sentezi ve karakterizasyonu
Başlık çevirisi yok
DİLGİMEN SALMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED MUSTAFAEV