Klinik örneklerden izole edilen corynebacterium suşlarında antibiyotik dirençliliğinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of antibiotic resistance in corynebacterium strains isolated from clinical samples
- Tez No: 693656
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAN KILIÇ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
Amaç: Bu çalışmada, Karadeniz Teknik Üniversitesi, Tıp Fakültesi Farabi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına Ocak 2017- Şubat 2020 tarihlerinde değişik kliniklerden gönderilen çeşitli örneklerden klinik etken olarak izole edilmiş Corynebacterium cinsine ait 117 suşun antibiyotik dirençliliğinin moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Metod: Bakteri identifikasyonu MALDI-TOF MS ile gerçekleştirilmiştir. Antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu için tüm suşlarda EUCAST önerileri doğrultusunda KirbyBauer disk difüzyon yöntemiyle eritromisin, klindamisin, penisilin, siprofloksasin, gentamisin ile tetrasiklin, rifampisin, vankomisin ve linezolid dirençliliği fenotipik olarak gösterilmesini takiben bu antibiyotiklere dirençten sorumlu genlerin (ermB, ermX, ermA, ampC , mefA/E, gyrA, tetM, acc(3)-XI) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve kinolon direncinden sorumlu gyrA geni mutasyonları DNA dizi analizi ile saptandı. Sonuç: Şusların 46'sı (%39,3) solunum yolu örneklerinden, 38'i (%32.4) yoğun bakım ünitelerinden izole edilmiş ve 95'i (%81) C. striatum olarak tanımlanmıştır. Şusların 114'ü (%97,4) penisilin ve siprofloksasin, 112'si (%95,7) klindamisin, 105'i (%90,5) tetrasiklin 89'u (%76) gentamisin, ve 68'i (%58,1) eritromisin dirençli olup vankomisin ve linezolide duyarlılık %100 saptanmıştır. Şusların 116'sında (%99,1) ermX, 10'unda (%8,5) ermB ve 103'ünde (%88,1) acc(3)-XI gen varlığı gösterilmiş olup ermA, tetM, ampC ve mefA/E genleri saptanmamıştır. Şusların 50'sinde (%42,7) gryA genlerindeki mutasyonlar taranmış ve 17'sinde (%33,3) 87-fenilalanin ve 91-alanin mutasyonu; 22'sinde (%43,1) ise 87-fenilalanin ve 91-glisin mutasyonu tespit edilmiştir. Bir C. striatum ile beş C. aurimucosum suşunun gyrA genlerinin 99-prolin mutasyonu literatürde ilk kez bu çalışmada tespit edilmiş olup, bu mutasyonla beraber 87-izolösin mutasyonunun, tek başına 99-prolin mutasyonuna göre siprofloksasin ve moksifloksasin MİK değerini arttırdığı gözlenmiştir. Bu mutasyon 87-valin mutasyonu ile meydana geldiğinde ise tek başına 99-prolin mutasyonuna göre siprofloksasin ve moksifloksasin MİK değerini düşürdüğü saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Objective: In this study, it was aimed to perform the molecular characterization of antibiotic resistance of 117 strains of the genus Corynebacterium isolated as clinical agents from various samples sent from different clinics to Karadeniz Technical University, Faculty of Medicine, Medical Microbiology laboratory between January 2017 and February 2020. Method: Bacteria identification was performed with MALDI-TOF MS. For the molecular characterization of antibiotic resistance genes, in accordance with EUCAST recommendations, erythromycin, clindamycin, penicillin, ciprofloxacin, gentamicin and tetracycline, rifampicin, vancomycin and linezolid resistance were demonstrated phenotypically by KirbyBauer disk diffusion method and the genes responsible for resistance to these antibiotics (ermB, ermA, ermX, ampC, mefA/E, gyrA, tetM, acc(3)-XI), the presence of polymerase chain reaction (PZR) and the gyrA gene mutations responsible for quinolone resistance were determined by DNA sequence analysis. Conclusion: Forty-six (39,3%) strains were isolated from respiratory tract samples, 38 (32,4%) were isolated from intensive care units, and 95 (81%) were identified as C. striatum. Of the strains, 114 (97,4%) were penicillin and ciprofloxacin, 112 (95,7%) clindamycin, 105 (90,5%) tetracycline 89 (76%) gentamicin, and 68 (58%) strains were resistant to erythromycin, and sensitivity to vancomycin and linezolid was 100%. The presence of ermX gene in 116 (99,1%) strains, ermB gene in 10 (8,5%) and acc(3)-XI gene in 103 (88,1%) strains were found to be ermA, tetM, ampC and mefA/E genes were not detected. Mutations in gryA genes were screened in 50 (42,7%) of the strains, and 87-phenylalanine and 91-alanine mutations in 17 (33,3%) strains; In 22 (43,1%) 87-phenylalanine and 91-glycine mutations were detected. The 99-proline mutation of the gyrA genes of one C. striatum and five C. aurimucosum strains was detected for the first time in the literature in this study, and it was observed that the 87-isoleucine mutation together with this mutation increased the MIC of ciprofloxacin and moxifloxacin compared to the 99-proline mutation alone. It was determined that ciprofloxacin and moxifloxacin decreased the MIC value when this mutation occurred with the valine mutation in the 87th region.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen corynebacterium türlerinde biyofilm oluşumunun, anti-quorum sensing aktivitesinin ve antimikrobiyal direnç durumunun araştırılması
Başlık çevirisi yok
BANU HÜMEYRA KESKİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiDüzce ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İDRİS ŞAHİN
- Klinik örneklerden izole edilen difteri dışı korineform bakterilerin identifikasyonu, antibiyotik direnç paterninin ve biyofilm oluşumunun araştırılması
Identification, research of antibiotic resistance pattern and biofilm formation of non-diphtheria coryneform bacteria isolated from clinical specimens
HATİCE ER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKNUR KALELİ
- Vucut sıvılarından izole edilen corynebacterium'ların identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının değerlendirilmesi
Identification of corynebacteria isolated from body fluids and evaluation of their antibiotic susceptibilities
FAHRİYE EKŞİ
Doktora
Türkçe
2003
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İCLAL BALCI
- Corynebacterium striatum izolatlarının antimikrobiyal duyarlılıklarının, biyofilm üretimlerinin ve klonal analizlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of antimicrobial susceptibility, biofilm production and clonal analysis of corynebacterium striatum isolates
FATMA YAŞAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İPEK MUMCUOĞLU
- Yoğun bakım ünitesinden izole edilen corynebacterium cinsi bakterilerin mikrobiyolojik özellikleri, antibiyotik duyarlılığı ve moleküler özellikleri yönünden araştırılması
Investigation of microbiological characteristics, antibiotic susceptibility and molecular properties of corynebacterium species isolated from intensive care unit
MEHTAP BİÇER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKHAN AYGÜN