Comparison of methylation patterns in ancient hunter-gatherers and farmers
Antik dönem avcı-toplayıcı ve çiftçilerde metilasyon yolaklarının karşılaştırılması
- Tez No: 694562
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Neolitik geçişin insalığın yaşam tarzını ve diyetini önemli ölçüde değiştirmesiyle neolitik öncesi ve sonrası toplumlar arasında epigenetik değişikliklerin olması beklenebilir (Childe, 1940). Bu çalışmada Neolitik öncesi ve Neolitik bireyler arasındaki metilasyon profili farklılıklarını bulmaya çalışmaktayız. aDNA verilerinden CpG pozisyonu başına bir metilasyon skoru (MS) hesaplayan epiPALEOMIX gibi programları kullanarak aDNA örneklerinin metilasyon modellerini çıkarmak günümüzde mümkün hale gelmiştir (Hanghoj vd., 2016). Bu yaklaşım, urasil-DNA glikosilaz (UDG) uygulanan antik DNA kütüphanelerinde CpG başına bir MS atamak için deaminasyon yolaklarını kullanır. Burada, UDG kullanılarak, shotgun dizilimi veya 1240K SNP yakalama yoluyla, kemik ya da diş kalıntılarından üretilen yayınlanmış avcı-toplayıcı ve neolitik çiftçi genomlarını derledik. Genom başına MS değerlerini tahmin ettikten sonra, geçim türleri, avcı-toplayıcılar ve neolitik çiftçiler arasındaki metilasyon modeli farklılıklarını bulmak için istatistiksel analizler uyguladık. Tarih öncesi avcı-toplayıcılar ve neolitik çiftçiler arasında önemli ölçüde farklı MS değerleri gösteren 1147 gen bulduk. Geçim türü etkisinin, cinsiyet veya dokudan daha fazla geni etkilediğini gördük. Şaşırtıcı bir şekilde, antik örneğimizde tanımladığımız avcı-toplayıcı ve neolitik çiftçi metilasyon farklılıkları ile Afrika popülasyonlarında tanımlanan günümüz avcı-toplayıcı ve günümüz çiftçilerinin genom çapında metilasyon farklılıkları arasında önemli bir korelasyon gözlemledik. Bu sonuç, Neolitik geçişe eşlik etmiş olabilecek evrensel metilasyon yolaklarının mevcudiyeti olasılığını ortaya çıkarmaktadır.
Özet (Çeviri)
As the Neolithic transition dramatically changed human lifestyle and diet, one may expect epigenetic differences between pre-Neolithic Hunter-Gatherers (HGs) and Neolithic farmers (NFs) (Childe, 1940). In this study, we investigate methylation profile differences between the Pre-Neolithic and Neolithic individuals. It is today possible to infer methylation patterns of ancient DNA samples using programs such as epiPALEOMIX, which calculates a methylation score (MS) per CpG position from aDNA data (Hanghoj et al., 2016). This approach uses deamination patterns to assign a MS per CpG position in ancient DNA libraries treated by uracil-DNA glycosylase (UDG). Here we compiled published HG and NF genomes produced using UDG, either by shotgun sequencing or by 1240K SNP capture, from bone or tooth remains. After estimating MS values per genome, we applied statistical analyses to find methylation pattern differences between the subsistence types, HGs and NFs. We found 1147 genes showing significantly different MS values between prehistoric HGs and NFs. The subsistence type effect influenced more genes than sex or tissue. Intriguingly, we also observed a significant correlation between HG vs. NF methylation differences we identified in our ancient sample, and modern-day hunter-gatherer (MHG) vs. modern-day farmer (MF) genome-wide methylation differences identified in African populations. This result raises the possibility of the existence of universal methylation patterns that may have accompanied the Neolithic transition.
Benzer Tezler
- Meme kanserinde epigenetik değişim gösteren genlerde metilasyon paternlerinin bisülfid sekanslama yöntemiyle belirlemesi
Investigation of methylation patterns in epigenetically effected genes in breast cancer
SHOHREH ALİZADEH SHARGH
Doktora
Türkçe
2012
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL SAKIZLİ
- Meme kanserlerinde epigenetik değişim gösteren genlerde metilasyon paternlerinin bisülfid sekanslama yöntemiyle belirlenmesi
Investigation of methylation patterns in epigenetically effected genes in breast cancers by
SHOHREH ALİZADEHSHARGH
Doktora
Türkçe
2012
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL SAKIZLI
- Nöroblastom hücre hatlarında epigenetik değişiklikleri düzenleyen genlerin ifade örüntüsünün araştırılması
Expression profiles of the genes that are regulating epigenetic mechanisms in neuroblastoma cell lines
BURCU ÖZÇİMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OĞUZ ALTUNGÖZ
- Over kanseri tespiti için dolaşımdaki tümör DNA'sı ile metilasyon panelinin geliştirilmesi
Development of methylation panel with circulating tumor DNA for ovarian cancer detection
TUĞÇE ŞENTÜRK KIRMIZITAŞ
Doktora
Türkçe
2024
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL
- Meme kanseri olgularında ilişkili tümör süpresör genlerin metilasyon ve ekspresyon durumlarının karşılaştırılması
Benchmarking of methylation and expression status of relevant tumor suppressor genes in breast cancer
YALIN KILIÇ
Doktora
Türkçe
2012
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL SAKIZLI