Comparison of methylation patterns in ancient hunter-gatherers and farmers
Antik dönem avcı-toplayıcı ve çiftçilerde metilasyon yolaklarının karşılaştırılması
- Tez No: 694562
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Neolitik geçişin insalığın yaşam tarzını ve diyetini önemli ölçüde değiştirmesiyle neolitik öncesi ve sonrası toplumlar arasında epigenetik değişikliklerin olması beklenebilir (Childe, 1940). Bu çalışmada Neolitik öncesi ve Neolitik bireyler arasındaki metilasyon profili farklılıklarını bulmaya çalışmaktayız. aDNA verilerinden CpG pozisyonu başına bir metilasyon skoru (MS) hesaplayan epiPALEOMIX gibi programları kullanarak aDNA örneklerinin metilasyon modellerini çıkarmak günümüzde mümkün hale gelmiştir (Hanghoj vd., 2016). Bu yaklaşım, urasil-DNA glikosilaz (UDG) uygulanan antik DNA kütüphanelerinde CpG başına bir MS atamak için deaminasyon yolaklarını kullanır. Burada, UDG kullanılarak, shotgun dizilimi veya 1240K SNP yakalama yoluyla, kemik ya da diş kalıntılarından üretilen yayınlanmış avcı-toplayıcı ve neolitik çiftçi genomlarını derledik. Genom başına MS değerlerini tahmin ettikten sonra, geçim türleri, avcı-toplayıcılar ve neolitik çiftçiler arasındaki metilasyon modeli farklılıklarını bulmak için istatistiksel analizler uyguladık. Tarih öncesi avcı-toplayıcılar ve neolitik çiftçiler arasında önemli ölçüde farklı MS değerleri gösteren 1147 gen bulduk. Geçim türü etkisinin, cinsiyet veya dokudan daha fazla geni etkilediğini gördük. Şaşırtıcı bir şekilde, antik örneğimizde tanımladığımız avcı-toplayıcı ve neolitik çiftçi metilasyon farklılıkları ile Afrika popülasyonlarında tanımlanan günümüz avcı-toplayıcı ve günümüz çiftçilerinin genom çapında metilasyon farklılıkları arasında önemli bir korelasyon gözlemledik. Bu sonuç, Neolitik geçişe eşlik etmiş olabilecek evrensel metilasyon yolaklarının mevcudiyeti olasılığını ortaya çıkarmaktadır.
Özet (Çeviri)
As the Neolithic transition dramatically changed human lifestyle and diet, one may expect epigenetic differences between pre-Neolithic Hunter-Gatherers (HGs) and Neolithic farmers (NFs) (Childe, 1940). In this study, we investigate methylation profile differences between the Pre-Neolithic and Neolithic individuals. It is today possible to infer methylation patterns of ancient DNA samples using programs such as epiPALEOMIX, which calculates a methylation score (MS) per CpG position from aDNA data (Hanghoj et al., 2016). This approach uses deamination patterns to assign a MS per CpG position in ancient DNA libraries treated by uracil-DNA glycosylase (UDG). Here we compiled published HG and NF genomes produced using UDG, either by shotgun sequencing or by 1240K SNP capture, from bone or tooth remains. After estimating MS values per genome, we applied statistical analyses to find methylation pattern differences between the subsistence types, HGs and NFs. We found 1147 genes showing significantly different MS values between prehistoric HGs and NFs. The subsistence type effect influenced more genes than sex or tissue. Intriguingly, we also observed a significant correlation between HG vs. NF methylation differences we identified in our ancient sample, and modern-day hunter-gatherer (MHG) vs. modern-day farmer (MF) genome-wide methylation differences identified in African populations. This result raises the possibility of the existence of universal methylation patterns that may have accompanied the Neolithic transition.
Benzer Tezler
- Ergenlerde (13-18 yaş) cinsel istismar sonrası immün sistem değişikliklerinin değerlendirilmesi
The evaluation of the immüne system changes after sexual abuse in adolescents(13-18 year old)
HAMZA AYAYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Allerji ve İmmünolojiİstanbul ÜniversitesiÇocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN ABALI
- Genç bayan ve erkeklerde göz çevresi antropometrik ölçümlerinin karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
A comparative study of measurements of the soft orbits in young women and men
MELTEM AÇAR GÜDEK
- Fuzûlî'nin Sıhhat u Maraz'ı ile Derviş Siyahî'nin Mecma'-ı Tıbb'ında Ahlât-ı Erbaanın İşlenişi
Discussing of Ahlat-ı Erbaa at Fuzuli's Sıhhat u Maraz an Derviş Siyahi's Mecma-ı Tıbb
ÖMER GÖK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Deontoloji ve Tıp TarihiKırıkkale ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHİTTİN ELİAÇIK
- Serebral palsi'li çocuklarda su içi egzersizlerin spastisite ve motor fonksiyonlar üzerine etkisi
EFFECTİVENESS OF AQUATİC EXERCİSES ON SPASTİCİTY AND MOTOR FUNCTİONS OF CHİLDREN WİTH CEREBRAL PALSY
SEVDA ADAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonAfyon Kocatepe ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMİT DÜNDAR
- Aktif gürültü giderimi algoritmalarının analizi, gerçekleştirilmesi ve karşılaştırılması
Analysis, implementation and comparison of active noise cancellation algorithms
SÜLEYMAN KEREM GÖKALP
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiAnkara ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT EFE
- Romatoid artritli hastalarda kardiyak yapı ve fonksiyonların değerlendirilmesi ve önemi
The evaluation and importance of cardiac structure and functions in patients with rheumatoid arthritis
FUNDA CERAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
RomatolojiSağlık Bakanlığıİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET YILDIZ