Geri Dön

Comparison of methylation patterns in ancient hunter-gatherers and farmers

Antik dönem avcı-toplayıcı ve çiftçilerde metilasyon yolaklarının karşılaştırılması

  1. Tez No: 694562
  2. Yazar: SEVİM SEDA ODACIOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SOMEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 79

Özet

Neolitik geçişin insalığın yaşam tarzını ve diyetini önemli ölçüde değiştirmesiyle neolitik öncesi ve sonrası toplumlar arasında epigenetik değişikliklerin olması beklenebilir (Childe, 1940). Bu çalışmada Neolitik öncesi ve Neolitik bireyler arasındaki metilasyon profili farklılıklarını bulmaya çalışmaktayız. aDNA verilerinden CpG pozisyonu başına bir metilasyon skoru (MS) hesaplayan epiPALEOMIX gibi programları kullanarak aDNA örneklerinin metilasyon modellerini çıkarmak günümüzde mümkün hale gelmiştir (Hanghoj vd., 2016). Bu yaklaşım, urasil-DNA glikosilaz (UDG) uygulanan antik DNA kütüphanelerinde CpG başına bir MS atamak için deaminasyon yolaklarını kullanır. Burada, UDG kullanılarak, shotgun dizilimi veya 1240K SNP yakalama yoluyla, kemik ya da diş kalıntılarından üretilen yayınlanmış avcı-toplayıcı ve neolitik çiftçi genomlarını derledik. Genom başına MS değerlerini tahmin ettikten sonra, geçim türleri, avcı-toplayıcılar ve neolitik çiftçiler arasındaki metilasyon modeli farklılıklarını bulmak için istatistiksel analizler uyguladık. Tarih öncesi avcı-toplayıcılar ve neolitik çiftçiler arasında önemli ölçüde farklı MS değerleri gösteren 1147 gen bulduk. Geçim türü etkisinin, cinsiyet veya dokudan daha fazla geni etkilediğini gördük. Şaşırtıcı bir şekilde, antik örneğimizde tanımladığımız avcı-toplayıcı ve neolitik çiftçi metilasyon farklılıkları ile Afrika popülasyonlarında tanımlanan günümüz avcı-toplayıcı ve günümüz çiftçilerinin genom çapında metilasyon farklılıkları arasında önemli bir korelasyon gözlemledik. Bu sonuç, Neolitik geçişe eşlik etmiş olabilecek evrensel metilasyon yolaklarının mevcudiyeti olasılığını ortaya çıkarmaktadır.

Özet (Çeviri)

As the Neolithic transition dramatically changed human lifestyle and diet, one may expect epigenetic differences between pre-Neolithic Hunter-Gatherers (HGs) and Neolithic farmers (NFs) (Childe, 1940). In this study, we investigate methylation profile differences between the Pre-Neolithic and Neolithic individuals. It is today possible to infer methylation patterns of ancient DNA samples using programs such as epiPALEOMIX, which calculates a methylation score (MS) per CpG position from aDNA data (Hanghoj et al., 2016). This approach uses deamination patterns to assign a MS per CpG position in ancient DNA libraries treated by uracil-DNA glycosylase (UDG). Here we compiled published HG and NF genomes produced using UDG, either by shotgun sequencing or by 1240K SNP capture, from bone or tooth remains. After estimating MS values per genome, we applied statistical analyses to find methylation pattern differences between the subsistence types, HGs and NFs. We found 1147 genes showing significantly different MS values between prehistoric HGs and NFs. The subsistence type effect influenced more genes than sex or tissue. Intriguingly, we also observed a significant correlation between HG vs. NF methylation differences we identified in our ancient sample, and modern-day hunter-gatherer (MHG) vs. modern-day farmer (MF) genome-wide methylation differences identified in African populations. This result raises the possibility of the existence of universal methylation patterns that may have accompanied the Neolithic transition.

Benzer Tezler

  1. Meme kanserinde epigenetik değişim gösteren genlerde metilasyon paternlerinin bisülfid sekanslama yöntemiyle belirlemesi

    Investigation of methylation patterns in epigenetically effected genes in breast cancer

    SHOHREH ALİZADEH SHARGH

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL SAKIZLİ

  2. Meme kanserlerinde epigenetik değişim gösteren genlerde metilasyon paternlerinin bisülfid sekanslama yöntemiyle belirlenmesi

    Investigation of methylation patterns in epigenetically effected genes in breast cancers by

    SHOHREH ALİZADEHSHARGH

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL SAKIZLI

  3. Nöroblastom hücre hatlarında epigenetik değişiklikleri düzenleyen genlerin ifade örüntüsünün araştırılması

    Expression profiles of the genes that are regulating epigenetic mechanisms in neuroblastoma cell lines

    BURCU ÖZÇİMEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OĞUZ ALTUNGÖZ

  4. Over kanseri tespiti için dolaşımdaki tümör DNA'sı ile metilasyon panelinin geliştirilmesi

    Development of methylation panel with circulating tumor DNA for ovarian cancer detection

    TUĞÇE ŞENTÜRK KIRMIZITAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUBA GÜNEL

  5. Meme kanseri olgularında ilişkili tümör süpresör genlerin metilasyon ve ekspresyon durumlarının karşılaştırılması

    Benchmarking of methylation and expression status of relevant tumor suppressor genes in breast cancer

    YALIN KILIÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL SAKIZLI