Hasta örneklerinde medulloblastom alt gruplarının gen ekspresyon paternlerinin qPCR ile belirlenmesi ve sonuçların metilasyon analizi ile karşılaştırılması
Determination of gene expression patterns of medulloblastoma subgroups in patient samples by qPCR and comparison with methylation analysis
- Tez No: 983213
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FATMAGÜL KUŞKU ÇABUK, DOÇ. DR. İBRAHİM KULAÇ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Patoloji, Moleküler Tıp, Pathology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: İstanbul Başakşehir Çam ve Sakura Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Medulloblastom, çocukluk çağının en sık görülen primer malign beyin tümörüdür ve günümüzde moleküler alt tip sınıflandırması tanı ve tedavi planlamasının ayrılmaz bir parçasıdır. Ancak moleküler sınıflamada altın standart yöntem olan DNA metilasyon analizi, yüksek maliyeti ve sınırlı erişilebilirliği nedeniyle gelişmekte olan ülkelerde rutin kullanıma uygun değildir. Bu çalışma, küçük gen panellerine dayalı qRT-PCR analizinin, medulloblastom alt gruplarının belirlenmesinde hızlı, düşük maliyetli ve klinik olarak uygulanabilir bir alternatif olup olmadığını araştırmayı amaçlamıştır. Gereç ve Yöntem: Başakşehir Çam ve Sakura Şehir Hastanesi Patoloji Laboratuvarı arşivinden seçilen 24 medulloblastom olgusuna ait FFPE doku örneklerinden RNA izole edilmiştir. 9 genin ekspresyon düzeyleri qRT-PCR ile analiz edilmiştir. Elde edilen veriler hiyerarşik kümeleme, RadViz ve t-SNE yöntemleriyle değerlendirilmiştir. Denetimli sınıflandırma modelleri olarak Random Forest, Decision Tree ve SVM algoritmaları kullanılmış, model doğrulaması LOOCV yöntemiyle yapılmıştır. 4 adet örneğin alt grubu metilasyon analizi ile doğrulanmıştır. Bulgular: Denetimsiz analizler, olguların büyük oranda kendi moleküler alt grupları içinde kümelendiğini göstermiştir. Random Forest modeli, dört alt grubun ayrımında (AUC=0,935; CA=0,875) ve Grup 3–Grup 4 ayrımında (AUC=0,977; CA=0,920) en yüksek doğruluğu sağlamıştır. Sonuç: Bu çalışma, FFPE dokulardan elde edilen RNA ile qRT-PCR tabanlı küçük gen panellerinin, medulloblastom alt gruplarını yüksek doğrulukla sınıflandırabileceğini göstermektedir. Metilasyon analizine erişimin kısıtlı olduğu merkezlerde uygulanabilecek pratik ve düşük maliyetli bir alternatif sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Aim: Medulloblastoma is the most common malignant brain tumor in children, and molecular subgrouping has become essential for diagnosis and therapy. While DNA methylation profiling is the gold standard for molecular classification, its high cost and limited accessibility restrict routine use in many countries. This study aimed to develop and evaluate a rapid, cost-effective, and clinically feasible alternative based on qRT-PCR analysis of a minimal gene panel. Materials and Methods: Twenty-four medulloblastoma cases were analyzed using RNA isolated from FFPE tissues. Expression levels of nine genes, selected from the NanoString 22-gene panel, were quantified via qRT-PCR using the 2–ΔCt method. Molecular subgroup prediction was performed through unsupervised (hierarchical clustering, RadViz, t-SNE) and supervised (Random Forest, Decision Tree, SVM) machine learning approaches, validated by LOOCV. Methylation profiling was conducted for confirmation on 4 samples. Results: Unsupervised analyses showed that cases clustered consistently according to their molecular subgroups (WNT, SHH, Group 3, Group 4). Among supervised models, Random Forest achieved the highest performance (AUC=0.935, CA=0.875), effectively distinguishing all four subgroups and particularly separating Group 3 and Group 4 (AUC=0.977, CA=0.920). Conclusion: This study demonstrates that a small, qRT-PCR-based gene panel can reproduce molecular subgrouping of medulloblastomas using FFPE-derived RNA with high accuracy. Despite limited sample size, results support the feasibility of this approach as a low-cost, accessible alternative to methylation profiling, especially for settings lacking advanced molecular infrastructure.
Benzer Tezler
- Iraklı hasta örneklerinde çölyak hastalığına yönelik moleküler ve immünolojik çalışma
Molecular and immunological study for celiac disease in samples of Iraqi patients
SARDAR KHUDHUR ASWAD HASAK
- Yoğun bakım ünitelerinden alınan hasta ve ortam örneklerinde Vankomisin Dirençli Enterekok (VRE) varlığının saptanmasında Smart-Cycle I-Core yönteminin güvenilirliği ve maliyet etkinlik analizi
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA UĞUZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiMersin ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLDEN ERSÖZ
- Sağlık yapılarında renk olgusunun özel dal hastaneleri hasta yatak odası örneklerinde araştırılması
Research of colour in healthcare buildings within the private branch hospitals patient rooms
EBRU GÜLLER
- Kistik fibrozis hastalığında belirlenen aday miRNA'ların hasta nazal ve serum örneklerinde analizi
Analysis of candidate miRNAs detected in cystic fibrosis disease in patient nasal and serum samples
RÜVEYDA ÇÖKLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİDEM DAYANGAÇ ERDEN
- Hepatit c virusu (HCV) ile kronik infekte ve sirozlu hasta tam kan örneklerinde hcv ve hepatosellüler karsinoma ile ilişkili mirna'ların ekspresyon profillerinin araştırılması
Investigation of mirna expression profiles related with hepatitis c virus (HCV) and hepatocellular carcinoma in whole blood samples of patients with chronically infected HCV and cirrhosis
ZEHRA ÖKSÜZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
MikrobiyolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SAMİ SERİN