Detection of circular rnas in hepatocellularcarcinoma treated with different therapeutic agentsusing RNA-seq data
Farklı tedavi ajanları uygunlanmış karaciğerkanserlerine ait RNA dizilerinden çembersel RNA'larıntespit edilmesi
- Tez No: 694581
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYBAR CAN ACAR, YRD. DOÇ. DR. CAN ÖZEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoteknoloji, Biostatistics, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Karaciğer kanserinde tedavi ajanlarının keşfedilmesi bir çok zorluk içermektedir, çünkü karaciğer kanseri moleküler fenotipler açısından fazla heterojenlik içerir. Karaciğer kanseri tedavisinde çembersel RNA'ların rolünü anlamak çok önemlidir. Çembersel RNA'lar küçük, kodlanmayan endojenik, tek sarmalı, kovalent bağlı RNA yapılarıdır. Yüksek stabiliteleri sayesinde çembersel RNA'ların önemi ortaya çıkmıştır. Bu zamana kadar çembersel RNA'ların belirlenmesi çembersel RNA isoformu kullanılarak özgül deneylerle yapılıyordu. Ancak RNA-seq verisi kullanılarak ters uç birleştirme yerleri üzerinden çembersel RNA'ları belirlemek mümkündür. Bu tezin amacı bahsedilen ham ve haritanlamamış veriler ile olası ek birleşme yerleri hesaba katılarak çembersel RNA'lar bulmak ve çembersel RNA'ların farklı koşullardaki (farklı tedavi uygulanmış-tedavi uygulanmamış) transkript seviyelerini analiz etmektir. Mahlavu ve HUH-7 kanser hücre hatlarına ait 12 adet RNA-seq verisi kullanmıştır. Kullanılan RNA-seq verileri; mahlavu ve HUH-7 kanser hücre hatlarının sorafenib, PI3K-α, PI3K- β inhibitörü, ve bu ilaçların kombinasyonları olarak sorafenib ve PI3K-α inhibitörü ve sorafenib ve PI3K-α, PI3K- β inhibitörü ile muamele edilmiş verileridir. Bir çok farklı tespit yöntemlerini; CIRI, CircExplorer2, DCC, findcirc ve circRNAfinder, aynı anda çalıştırılmasına olanak sağladığı için çembersel RNA'ların tespitinde ve kantitatif analizinde CirComPara programı kullanılmıştır. HUH-7 hücre hattında toplam 136 tane çembersel RNA tespit edilirken, Mahlavu hücre hattında ise 122 tane çembersel RNA tespit edilmiştir. İki hücre hattında herhangi bir tedavi ajan ile muamele edilmemiş iki hücre hattında ortak 12 tane çembersel RNA tespit edilmiştir; tedavi ajanlarıyla muamele edilmiş hücre hatlarında ortak bir çembersel RNA tespit edilememiştir.
Özet (Çeviri)
Discovering therapeutic agents for hepatocellular carcinoma (HCC) pose challenges as HCC contains high heterogeneity in terms of molecular phenotypes. It is thus crucial to understand the role of circular RNAs in the treatment of HCC. Circular RNAs are small and non-coding endogenous RNAs that have single stranded and covalently bound structures. The clinical importance of circular RNAs is due to their high stability in the serum and tissue. Up to now, the detection of circular RNAs was done through specific experiments that were pre-enriched for circular isoforms. However, it is also possible to detect circular RNAs from regular RNA-Seq data using unmapped back-splice junction information. The aim of this thesis is to detect circular RNAs from the raw RNA-Seq data and to analyze their transcript level differential expression across conditions like treatment and non-treatment cell lines. The qualitative and quantitative circular RNA expression differences between the Mahlavu and HUH-7 HCC cell lines treated with sorafenib, PI3K-α, PI3K-β inhibitors and their combinations (i.e. sorafenib and PI3K-α inhibitor; and sorafenib and PI3K- β inhibitor) will be accomplished. This was be achieved by using 12 raw RNA-seq read sets. CirComPara was selected as detection and quantification method as it allows of working simultaneously with different detection methods such as CIRI, CircExplorer2, DCC, findcirc, circRNAfinder. In total 136 and 122 reliable circular RNAs were detected in HUH-7 and Mahlavu, respectively. When HUH-7 and Mahlavu cell line were not under any treatment, 12 common circular RNAs could be detected in both cell lines. Otherwise, no common circular RNAs were detected.
Benzer Tezler
- Baş-boyun kanser hücrelerinde biyobelirteç olarak circRNA'ların tanımlanması ve radyoterapi'nin bu biyobelirteçler üzerindeki etkilerinin araştırılması
Identification of circular RNAs as biomarkers in head and neck cancer cells and investigation of the effects of radiotherapy on these biomarkers
SIRRI CAN MÜFTÜOĞLU
- Meme kanserinde hsa_circ_0001546 ve hsa_circ_0025244'ün ekspresyon analizi ve circrna/mirna/gen aksislerinin in silico yöntemler ile araştırılması
Expression analysis of hsa_circ_0001546 and hsa_circ_0025244 in breast cancer and investigation of circrna/mirna/gene axes via in silico methods
FAHRÜNNİSA ABANOZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK
DOÇ. DR. İLKNUR SUER
- Mitokondriyal genomun ileri değişken HVRI ve HVRII bölgelerinde görülen varyasyonların Türkiye toplumunda analizleri
Analysis of the variations in the advanced variable HVRI and HVRII regions of the mitochondrial genome in Turkish population
DİLAN BAŞTUĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Adli TıpAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NACİYE LALE TUFAN
- Prediction of circRNA-disease associations using deep learning models
Dairesel RNA-hastalık ilişkilerinin derin öğrenme metodlarıyla tahmini
HACER TURGUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMarmara ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BETÜL BOZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ BESTE TURANLI
- Raylı sistemlerde tekerlek düzleşmesinin tespiti
Detection of wheel flattening in rail systems
ABDURRAHİM ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Makine Mühendisliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YENER TAŞKIN