Leishmania infantum ile enfekte makrofajlarda circular rna gen ekspresyon değişikliklerinin değerlendirilmesi
Evaluation of circular rna gene expression changes in macrophages infected with leishmania infantum
- Tez No: 920465
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE CANER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Parazitoloji, Parasitology
- Anahtar Kelimeler: circRNA, Leishmania infantum, PBMC, THP-1 hücre, gen ekpresyon, CircRNA, Leishmania infantum, PBMC, THP-1 cell, Gene expression
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Parazitoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Amaç Leishmaniasis, dünya çapında yayılım gösteren, insanları ve hayvanları etkileyen ihmal edilmiş tropikal hastalıklardan biridir. Son yıllarda, Leishmania spp. parazitlerinin tespiti ve tanımlanması için çeşitli yöntemler ve araçlar geliştirilmiş olsa da hala önemli zorluklar vardır. Bu nedenle, yeni tanı araçları ve stratejilerinin geliştirilmesine yönelik çalışmalara ihtiyaç vardır. Diğer taraftan bu hastalığa karşı koruyucu bir aşı bulunmamakta ve tedavi mevcut ilaçlarla gerçekleştirilmektedir; ancak ilaçların etkinliği, ilaç direnci veya terapötik başarısızlık ile sınırlı kalmaktadır. Leishmaniasis'te tedavi direncinde rol oynayan genlerin ve mekanizmaların belirlenmesi, gelecekte bu hastalığın kontrolü ve tedavisi için daha etkili tedavi stratejilerinin geliştirilmesine yol açabilir. Son yıllarda büyük ilgi odağı halkasal RNA (circular RNA; circRNA)'lar birçok biyolojik işlevi ve özelliği nedeniyle çeşitli hastalıkların gelişiminde ve progresyonunda önemli rol oynamakta, vücut sıvılarında da tespit edilerek biyobelirteç olma potansiyeli taşımaktadır. CircRNA'ların leishmaniasis hastalığın fizyolojisi ve patolojisindeki rolleri hakkında çok sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu çalışmada Leishmania infantum'un gelişimi ve ilerlemesinde yer alan mekanizmalarda circRNA genlerinin rolünü ve bu genlerin potansiyel biyobelirteçler adayları olarak etkileri araştırılmıştır Yöntem: Çalışmamızda, circRNA genlerin araştırılması için iki farklı L. infantum enfeksiyon modeli oluşturulmuştur. Öncelikle THP-1 hücre hattı kullanılarak elde edilen makrofajlar ile enfeksiyon modeli oluşturulmuştur. Daha sonra sağlıklı insanların kanından elde edilen PBMC ile Leishmania enfeksiyonunun invitro modeli oluşturulmuştur. Bunun için THP-1 hücreler ve PBMC'ler den elde edilen monositlerin makrofajlara farklılaştırılması sağlanmıştır. Eş zamanlı olarak L. infantum kültürü gerçekleştirilmiş ve durağan fazdaki L. infantum promastigotları ile makrofajlar enfekte edilmiştir. Ayrıca, tedavinin etkisini incelemek için glukantim enfekte hücrelere uygulanmıştır. Enfeksiyondan ve tedaviden sonra circRNA'ların gen ekspresyonları RT-PCR tekniği ile belirlenmiştir. Analizler sonucunda diferansiyel olarak ifade edilen circRNA'lar ile ilişkili moleküler yolaklar ve miRNA'lar, biyoinformatik platformlar kullanılarak analiz edilmiştir. Bulgular: L. infantum ile enfekte THP-1 ve PBMC makrofajlarda farklı şekilde eksprese edilen circRNA'lar tespit edilmiştir. Ayrıca enfekte edilmiş hücrelerin tedavi sonrasında ve üst IV Sıvılar da bazı circRNA'ların ekspresyonu tespit edilmiştir. Bioinformatik analizler bu hücrelerde eksprese edilen circRNA'ların esas olarak THP-1 hücrelerde protein stabilitesi, RNA katabolik süreci ve P53/PTK6 sinyal mekanizmasının düzenlenmesinde rol oynadığını ortaya koymuştur. circRNA'ların PBMC kaynaklı enfekte makrofajlarda ise ağırlıklı olarak otofaji, metabolik süreç ve RAS protein sinyal mekanizmasına dahil olduğunu göstermiştir. Sonuç: Bu çalışma, özellikle tür düzeyinde tanı için potansiyel biyobelirteç adayı olabilecek Leishmania kaynaklı circRNA'lara genel bir bakış sunan ilk çalışmadır. Özellikle, Leishmania ile enfekte makrofajların süpernatantında bazı circRNA'ların ekspresyonu, bu genlerin vücut sıvılarında mevcut olduğunu, dolayısıyla özellikle tedavi takibi sırasında invazif yöntemler olmaksızın hastadan kolayca erişilebileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: Leishmaniasis is one of the neglected tropical diseases, affecting humans and animals with a worldwide distribution. In recent years, several methods and tools have been developed for the detection and identification of Leishmania spp. parasites, but there are still significant challenges. Therefore, studies are needed to develop new diagnostic tools and strategies. On the other hand, there is no preventive vaccine against this disease and treatment is carried out with existing drugs; however, the effectiveness of drugs is limited by drug resistance or therapeutic failure. Identifying the genes and mechanisms involved in treatment resistance in leishmaniasis could lead to the development of more effective therapeutic strategies for the control and treatment of this disease in the future. Circular RNAs (circRNAs), which have been the focus of great interest in recent years, play an important role in the development and progression of various diseases due to their many biological functions and properties, and have the potential to be biomarkers by being detected in body fluids. There is very limited information on the role of circRNAs in the physiology and pathology of leishmaniasis. In this study, we investigated the role of circRNA genes in the mechanisms involved in the development and progression of Leishmania infantum and their effects as potential biomarker candidates. Method: In our study, two different L. infantum infection models were established to investigate circRNA genes. First, the infection model was established with macrophages obtained using THP-1 cell line. Then, an invitro model of Leishmania infection was established with PBMC obtained from healthy human blood. For this, monocytes obtained from THP-1 cells and PBMCs were differentiated into macrophages. Simultaneously, L. infantum was cultured and macrophages were infected with L. infantum promastigotes in stationary phase. In addition, glucantim was applied to infected cells to examine the effect of treatment. After infection and treatment, gene expression of circRNAs was determined by RT-PCR. Molecular pathways and miRNAs associated with differentially expressed circRNAs were analyzed using bioinformatics platforms. Results: Differentially expressed circRNAs were detected in THP-1 and PBMC macrophages infected with L. infantum. Expression of some circRNAs was also detected in the post- VI treatment and supernatants of infected cells. Bioinformatics analysis revealed that circRNAs expressed in these cells were mainly involved in the regulation of protein stability, RNA catabolic process and P53/PTK6 signaling mechanism in THP-1 cells. circRNAs were mainly involved in autophagy, metabolic process and RAS protein signaling mechanism in PBMC-derived infected macrophages. Conclusion: This is the first study to provide an overview of Leishmania-derived circRNAs, which may be potential biomarker candidates for species-level diagnosis. In particular, the expression of some circRNAs in the supernatant of Leishmania-infected macrophages suggests that these genes are present in body fluids, thus easily accessible from the patient without invasive methods, especially during treatment monitoring
Benzer Tezler
- Leıshmania infantum ile deneysel olarak enfekte edilen gerbillerde immun düzenleyici proteinlerden PD1 ve PDL1'in Leıshmanıasıs'in patogenezisindeki rolü
The role of immunoregulatory proteins PD1 and PDL1 in the pathogenesis of Leishmaniasis in gerbils experimentally infected with Leishmania infantum
MUSTAFA BURKAY DEMİR
Doktora
Türkçe
2025
Veteriner HekimliğiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiVeterinerlik Patolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAT TOPLU
- Makrofajlarda interferon stimülatör genleri (STING) sinyal yolağının indüklenmesinin Leishmania infantum'a karşı gelişen immun yanıta etkilerinin In vitro incelenmesi
Induction of interferon stimulator genes (STING) signaling pathway in macrophages In vitro examination of the effects on the immune response to Leishmania infantum
NESRİN DELİBAŞI
Doktora
Türkçe
2024
Allerji ve İmmünolojiErciyes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
DOÇ. DR. AHMET EKEN
- Neurological aspects of Leishmaniasis via immunological mechanism and evaluation of boron for neuroinflammatory-based antileishmanial therapy
İmmünolojik mekanizma yoluyla Leishmaniasis'ın nörolojik yönleri ve nöroinflamatuar bazlı antileishmanial tedavi için borun değerlendirmesi
ZEYNEP İŞLEK KÖKLÜ
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET HİKMET ÜÇIŞIK
- Leıshmanıa ınfantum'un farklı antijen kombinasyonlarını içeren poli(laktik-ko-glikolik asit) nanopartiküllerinin sentezi, karakterizasyonu ve visseral leishmaniasis'e karşı aşı adayı olarak etkinliklerinin in vitro ve in vivo incelenmesi
Synthesis, characterization and in vitro and in vivo investigation of effectiveness as vaccine candidate against visceral leishmaniasis of poly(lactic-co-glycolic acid) nanoparticles containing combination of different antigens of leishmania infantum
ÖZLEM AYŞE TOSYALI
Doktora
Türkçe
2018
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MELAHAT BAGIROVA
- Aşı geliştirilmesinde kullanılmak üzere çeşitli yöntemlerle elde edilen L. infantum antijenlerinin in vivo oluşturduğu immün yanıtın karşılaştırmalı olarak incelenmesi
Comparative investigation of in vivo immune response induced by various L. infantum antigens, obtained that are with different techniques, for vaccine development
ÖZLEM AYŞE ÖZYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MELAHAT BAĞIROVA