Meme kanserinde hsa_circ_0001546 ve hsa_circ_0025244'ün ekspresyon analizi ve circrna/mirna/gen aksislerinin in silico yöntemler ile araştırılması
Expression analysis of hsa_circ_0001546 and hsa_circ_0025244 in breast cancer and investigation of circrna/mirna/gene axes via in silico methods
- Tez No: 911487
- Danışmanlar: PROF. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK, DOÇ. DR. İLKNUR SUER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Meme Kanseri, circRNA, miRNA, hsa_circ_0001546, hsa_circ_0025244
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Meme kanseri oldukça heterojen bir hastalık olduğundan tanıda, prognoz takibinde ve tedavide alternatif biyobelirteçlerin tespiti oldukça önemlidir. Genetiğin yanı sıra epigenetik mekanizmalar da patogenezde rol oynadığından, potansiyel hedef genlerinin 3'-UTR bölgelerine bağlanarak gen ekspresyonunu baskılayabilen mikroRNA (miRNA) ve hedef miRNA miktarının azalmasını sağlayarak potansiyel hedef genlerinin 3'-UTR bölgelerinin serbest kalmasına yol açan sirküler RNA (circRNA) gibi kodlamayan RNA'ların da tanıda ve tedavide biyobelirteç olarak kullanılma potansiyelleri bulunmaktadır. Bu çalışmada, laboratuvarımızda yürütülen ADEP Projesi (Proje No: 39483) kapsamında elde edilen circRNA sekans (circRNA-seq) verilerinin yeniden analiz edilmesi sonucunda, meme kanseri tümör dokusunda bitişik normal doku örneklerine kıyasla ekspresyon düzeyinin istatistiksel olarak anlamlı düzeyde değiştiği tespit edilen iki circRNA'nın ifadesinin qPZR tekniğiyle validasyonu ve bunların potansiyel sünger miRNA'ları ile potansiyel hedef genlerinin araştırılması amaçlandı. Bu amaçla, İstanbul Üniversitesi (İÜ), İstanbul Tıp Fakültesi (İTF), Genel Cerrahi Anabilim Dalı, Meme Cerrahisi Bölümü'nden invaziv meme kanseri tanısı almış hastalardan toplanan meme kanseri tümör doku ve bitişik (adjacent) normal doku örneklerinde hsa_circ_0001546'nın ve hsa_circ_0025244'ün ifade düzeyleri qPZR tekniğiyle araştırıldı. Literatür taraması ve in silico araçlar kullanılarak bu iki circRNA'nın potansiyel sünger miRNA'ları ile miRNA'ların potansiyel hedef genleri belirlendi. Sonuç olarak, circRNA-seq analizinde tümörde ifadesi arttığı tespit edilen hsa_circ_0001546 ile tümörde ifadesi azaldığı tespit edilen hsa_circ_0025244'ün her ikisinin de tümör örneklerinde azalmış ifade düzeyine sahip oldukları qPZR analiziyle tespit edildi. Bu sonuç, yeni nesil dizileme (YND) ile elde edilen ekspresyon verisinin örneklem sayısı genişletilerek valide edilmesinin önemini göstermektedir. Literatür bilgisi ile in silico analiz verileri hsa_circ_0001546/hsa-miR-532-5p/ZFHX3 ve hsa_circ_0025244/hsa-miR-210-5p/BTG2 aksislerinin meme kanserinde araştırılmaya değer biyobelirteçler olabileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Breast cancer is a highly heterogeneous disease, so detection of alternative biomarkers in diagnosis, prognosis follow-up, and treatment is crucial. Since epigenetics, as well as genetics, play a role in pathogenesis, non-coding RNAs, like, miRNAs (microRNAs), can suppress gene expression by binding to the 3'-UTR regions of their potential target genes and circRNAs (circular RNAs), reduce the amount of relevant miRNAs in the environment, thus freeing the 3'-UTR regions of their potential target genes, also have the potential to be used as biomarkers. In this study, as a result of the reanalysis of circRNA sequence (circRNA-seq) data within the scope of the ADEP Project (Project No: 39483) carried out in our laboratory, it was aimed to validate the expression levels of two circRNAs, whose expression levels were found to change at a statistically significant level in breast cancer tumor tissue compared to adjacent normal tissue samples, with the qPCR technique and to investigate their potential sponge miRNAs and potential target genes. For this purpose, the expression levels of hsa_circ_0001546 and hsa_circ_0025244 in breast cancer tumor tissue and adjacent normal tissue samples collected from patients diagnosed with invasive breast cancer in the Istanbul University, Istanbul Faculty of Medicine, Department of General Surgery, Department of Breast Surgery were determined by qPCR technique. Using literature review and in silico tools, potential sponge miRNAs of these two circRNAs and potential target genes of miRNAs were identified. As a result, up-regulated hsa_circ_0001546 and down-regulated hsa_circ_0025244 according to circRNA-seq, were both found to have decreased expression levels in the tumor samples. This result shows the importance of confirming the next-generation sequencing (NGS) expression data in a larger sample. Based on literature and in silico analysis data, we think that hsa_circ_0001546/hsa-miR-532-5p/ZFHX3 and hsa_circ_0025244/hsa-miR-210-5p/BTG2 axes may be biomarkers worth investigating in breast cancer
Benzer Tezler
- Kurkuminin CDR1as/mir-7-5p/hedef genleri aracılığıyla meme kanseri hücrelerine etkisinin araştırılması
Investigation of curcumin effect on breast cancer cells through CDR1as/mir-7-5p/target genes
ASMAA M.H. ABUAISHA
Doktora
Türkçe
2024
Genel Cerrahiİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK
DR. MURAT KAYA
- Identification and investigation of metastasis specific miRNAs in breast cancer cells for miRNA replacement therapy
Meme kanser hücrelerınde miRNA replasman tedavisinde kullanılabilecek metastaik spesifik miRNA'ların belirlenmesi ve araştırılması
EMİLİA EKENEL
Doktora
İngilizce
2019
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL ERGENE
DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- hsa-miR-497 as a modulator of the expression in the presence or absence of CHRNA5 in breast cancer
mir-497 meme kanserinde, CHRNA5 ile alakalı, önemli bir regülatör mü?
BAŞAK ÖZGÜRSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Investigation of microRNA's on genomic instability regions in breast cancer
Meme kanserinde genomik instabilite bölgelerindeki mikroRNA?ların araştırılması
ŞADAN DUYGU SELÇUKLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. CENGİZ YAKICIER
Y.DOÇ.DR. AYŞE ELİF ERSON
- Effects of cholinergic receptor nicotinic alpha 5 (CHRNA5) RNAi on apoptosis, DNA damage response, drug sensitivity, and hsa-miR-495-3p overexpression in breast cancer
Kolinerjik reseptör nikotinik alfa 5 (CHRNA5) RNAi uygulamasının, meme kanserinde apoptoz, DNA hasarı yanıtı, ilaç duyarlılığı ve hsa-miR-495-3p'nin yüksek ifadesine etkisi
ŞAHİKA CINGIR KÖKER
Doktora
İngilizce
2018
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI