Geri Dön

Analysis of transcriptome data for the evaluation of metabolic deregulation in cancer

Kanserde metabolik deregülasyonun değerlendirilmesi için transkriptom verilerinin analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 698633
  2. Yazar: ILIR SHERAJ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SREEPARNA BANERJEE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 200

Özet

Kanser metabolizması, tümör yönetimi ve tedavisindeki büyük potansiyeli nedeniyle şu anda sıcak bir araştırma alanıdır. Karaciğer Hepatosellüler Karsinom (LIHC), akciğerden sonra en sık görülen altıncı ancak en ölümcül ikinci kanserdir. Muhtemelen organın kemoterapide kullanılan ilaçları detoksifiye etme yeteneği nedeniyle son derece agresif ve tedavisi çok zordur. LIHC'li hastaların prognozu genellikle kötüdür ve tanıdan sonra sağ kalımları çok kısadır. Bu çalışmada, tümör biyoenerjisini, katabolizmasını ve genel olarak anabolizmayı daha iyi anlamak amacıyla, merkezi hücresel metabolizmada yer alan enzimlerin ve tümör ile normal dokuları arasındaki metabolit taşıyıcılarının ekspresyonundaki değişiklikler ölçülmüştür. Daha sonra, AKR1B10'un pentoz fosfat yolu ile potansiyel bağlantısı silico olarak incelenmiştir. AKR1B10, çoğu LIHC hastasında ekspresyonu çok erken bir aşamadan artan önemli bir enzimdir ve düşük genel sağkalım ile ilişkilidir. Bununla birlikte, mekanik olarak bu genin ekspresyonunun neden kötü sağkalım ile ilişkili olduğu kesin olarak bilinmemektedir ve bu çalışmada bu ilişkiyi ve oluştuğu bağlamı belirlemeyi amaçladık. Bu çalışmada, çeşitli biyoinformatik ve hesaplama yaklaşımlarını kullanarak, AKR1B10'un PPP ve bir dizi başka detoksifiye edici enzim ile birlikte çalışarak tümör agresifliğini arttırdığını bulduk. Ayrıca, LIHC hasta sınıflandırması için iki çok gen imzalı prognostik model oluşturmak üzere makine öğrenimindeki en son araçları kullandık.

Özet (Çeviri)

The great potential of cancer metabolism in tumor development as well as treatment has been appreciated in recent years. In this study, an extensive list of enzymes relevant to central cellular metabolism and metabolite transporters were manually curated. A pan cancer differential expression of these genes between tumor and their normal counterpart was analyzed in an attempt to better understand tumor bioenergetics, catabolism and anabolism in general. Major deregulation of these genes, particularly the enzymes involved in NADPH metabolism was observed in Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC). LIHC is an extremely aggressive treatment resistant disease with poor prognosis and overall survival (OS), probably due to the ability of the organ to detoxify chemotherapy drugs. AKR1B10 is an NADPH utilizing enzyme whose expression was increased from a very early stage in most LIHC patients and was associated with low OS. However, mechanistic underpinnings of this association is unknown. To address this and the context in which it occurs we hypothesized a potential connection of AKR1B10 with the pentose phosphate pathway (PPP), a glucose metabolizing pathway that generates NADPH. Using various bioinformatics and computational approaches, we found that AKR1B10 works in concert with PPP and a number of other detoxifying enzymes to enhance tumor aggressiveness. In addition, we report the use of latest tools in machine learning to build multi-gene signature prognostic models for highly significant LIHC patient stratification.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    678192

    Integrative analysis of multi-cellular genome-scale metabolic networks with cell type specific transcriptome data predicted by deconvolution algorithms: Application to Parkinson's disease

    Dekonvolusyon algoritmalarıyla tahmin edilen hücre tipine özgü Parkinson hastalığı transkriptom verilerinin çok hücreli genom ölçekli metabolik ağa haritalanması

    KADİR KOCABAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyomühendislikGebze Teknik Üniversitesi

    Biyoinformatik Sistemler Biyolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR

  2. Tez No

    496432

    Molecular and physiological investigation of longevity in yeast

    Maya hücrelerinde uzun yaşamın moleküler ve fizyolojik yönden incelenmesi

    MEVLÜT ARSLAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  3. Tez No

    421256

    Proteome analysis of Brachypodium distachyon leaves under drought stress

    Kuraklık stresi altında Brachypodium distachyon yapraklarının proteom analizi

    ÖZGE TATLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  4. Tez No

    790952

    Comparative metabolome and transcriptome analysis of anthocyanin biosynthesis in fig (Ficus carica L.)

    İncir (Ficus carica L.)'de antosiyanin biyosentezinin karşılaştırmalı metabolom ve transkriptom analizi

    GHASSAN ZAHID

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YILDIZ KAÇAR

  5. Tez No

    855479

    Çilekte (Fragaria × ananassa) yüksek sıcaklık stresine toleransın fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler mekanizmalarının belirlenmesi

    Determination of physiological, biochemical, and molecular mechanisms of high temperature stress tolerance in strawberry (Fragaria × ananassa)

    IZHAR ULLAH

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEYLA DEMİRSOY

    DOÇ. DR. MUSA KAVAS

Geri Dön