Comparative metabolome and transcriptome analysis of anthocyanin biosynthesis in fig (Ficus carica L.)
İncir (Ficus carica L.)'de antosiyanin biyosentezinin karşılaştırmalı metabolom ve transkriptom analizi
- Tez No: 790952
- Danışmanlar: PROF. DR. YILDIZ KAÇAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Antosiyaninler, Fenolik bileşikler, Ficus carica, HPLC, Metabolomikler, PCR, RNA, Transkriptomlar, Anthocyanins, Phenolic compounds, Ficus carica, Metabolomics, RNA, Transcriptomics
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İncir (Ficus carica L.), antosiyaninler gibi sağlığa faydalı bileşiklere sahip olan bir meyve olup, Akdeniz diyetinde büyük önem taşımaktadır. Türkiye dünyanın önde gelen incir üreticisidir ve bu meyvenin Türk mutfağında çok önemli bir yeri vardır. Genetik çeşitliliklerine ve zengin tıbbi değerlerine rağmen, yerel incir genotipleri göz ardı edilmektedir. Besin kaliteleri ile ilişkili biyokimyasal parmakizleri açısından ve incir antosiyanin biyosentezi ile renklenmesinin moleküler mekanizmaları hakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle bu çalışma sekiz incir genotipinin kabuklarında ve meyve etindeki toplam fenolik bileşimleri, şekerleri ve antioksidan kapasitelerini analiz etmek ve antosiyaninden sorumlu genlerin transcriptom analizlerini ortaya koymak için tasarlanmıştır. Kütle Spektrometresi (HPLC-MS/MS) yöntemiyle Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi kullanılarak otuz bir fenolik bileşik tespit edilmiştir. Kabuk ve meyve eti arasında renkli ve renksiz fenolik bileşiklerin ortalama değeri en yüksek '01-1N-58' (koyu mor) genotipinde bulunmuştur. Ayrıca incir antosiyanin mekanizmasında yer alan diferansiyel olarak eksprese edilen genler değerlendirilmiştir. Bunun için Illumina NovaSeq 6000™ dizileme cihazı kullanılarak koyu mor '01-1N-58' genotipi ve 'Sarılop' çeşidinin kabuklarında RNA-Seq analizi yapılmıştır. Elde edilen genlerle gen ontolojisi (GO) analizi yapılmış; toplam 21102 diferansiyel olarak eksprese edilmiş gen tespit edilmiştir. İki incir genotipinin genetik kütüphanelerinde 3542 up-regüle ve 3164 down-regüle gen tanımlanmıştır. Ayrıca, RNA-Seq analizleri sonucunda elde edilen genlerin ekspresyonunu doğrulamak için qRT-PCR analizleri yapılmıştır. Transkriptom analizleri sonucunda antosiyanin ile ilişkili genlerin belirlenmesine yönelik önemli bilgiler elde edilmiş olup, bu verilerin antosiyanin metabolizmasında etkili genlerin tanımlanması ve fonksiyonel analizleri için gelecekteki çalışmalara ışık tutacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Fig (Ficus carica L.), which has vital health-benefiting properties such as anthocyanins, is of paramount importance in the Mediterranean diet. Turkiye is the world's leading producer of figs and recognizes this fruit as a key part of its cuisine. However, despite their diversity and rich medicinal value, local figs are overlooked and poorly examined for the biochemical fingerprints associated with their nutritional quality, and little information is available on their molecular structure beyond fig anthocyanin biosynthesis and coloration. This study was therefore first designed to analyze the peels and pulps of eight Turkish figs for their total phenolic composition, sugars, and antioxidant capacity. Thirty-one phenolic compounds were detected using High-Performance Liquid Chromatography coupled with Mass Spectrometry (HPLC-MS/MS) method. Among the peels and pulps, the highest mean value of colored and colorless phenolic compounds was found in the '01-1N-58' (dark violet-purple) genotype. Furthermore, differentially expressed genes involved in the fig anthocyanin mechanism were assessed. For this, RNA-Seq analysis was performed on the peels of the dark-purple '01-1N-58' genotype and greenish-yellowish 'Sarilop' cultivar using Illumina NovaSeq 6000™. Based on these genes, gene ontology (GO) analysis was performed. A total of 21102 differentially expressed genes were observed, and 3542 up-regulated and 3164 down-regulated genes in the libraries of two fig samples were identified. Additionally, qRT-PCR analyses were also conducted to validate the results of the expression of genes in RNA-Seq. In conclusion; our study showed that the diversity of bioactive compounds in the peels of eight fig cultivars and genotypes is high. It has been demonstrated once again that dark-colored fruits are important for health, and it has been emphasized that the evaluation of fig genetic resources in this context may be important for more effective use.As a result of transcriptome analyzes, important information has been obtained for the determination of anthocyanin-related genes, and it is thought that these data will shed light on future studies for the identification and functional analysis of genes effective in anthocyanin metabolism.
Benzer Tezler
- Sivas-Kangal yöresinde kırsal gelişme ve pazara açılma sürecindeki farklılaşmalar (bir örnek olay incelemesi)
Başlık çevirisi yok
FAHRİ ERCEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
SosyolojiCumhuriyet ÜniversitesiSosyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. VAHAP SAĞ
- Sivas'ta kadınların işgücüne katılım farklılıkları
Başlık çevirisi yok
BİNNUR ERCEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
SosyolojiCumhuriyet ÜniversitesiKurumlar Sosyolojisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FARUK KOCACIK
- Havadaki kükürt dioksit tayin metotlarının uygulanabilirlik ve hassasiyetlerinin karşılaştırılmalı incelenmesi
A Comparative study of the methods used for the determination ot sulphur dioxide in air in terms of applicability and precision
MURAT İLİM
- Etude contrastive des systemes verbaux du turc et du Français
Başlık çevirisi yok
YUSUF KURTOĞLU
Yüksek Lisans
Fransızca
1986
DilbilimGazi ÜniversitesiFransız Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. HAMİT SUNEL
- Ruminant yemlerinin sindirilebilirliklerini saptamada uygulanan çeşitli in vitro yöntemlerinin karşılaştırılması üzerinde bir araştırma
A comparative study on different in vitro methods used to determine the digestibility of the ruminant feeds
NİHAT YAZCIOĞLU