Identification of oncostatin M target genes by RNA-seq in mouse primary myotube cells
Fare birincil miyotüp hücrelerinde RNA-seq ile oncostatin M hedef genlerinin tanımlanması
- Tez No: 703424
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN KIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Biology, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
Kanser kaşeksisi , iltihap ve yağ ile iskelet kası dokularının kaybıyla belirtiliran bir zayıflatıcı yıkım sendromudur. Kanser ölümlerinin yaklaşık %20'si kaşeksiden kaynaklanırken, mevcut etkili tedaviler yoktur ve kanser kaşeksisinin altında yatan moleküler mekanizmalar belirsizliğini korumaktadır.Gp130/IL6 sitokin ailesine ait olan onkostatin M, temel olarak makrofajlar, monositler ve T hücreleri tarafından salınır ve hücre farklılaşması, proliferasyonu ve inflamatuar ağda pleiotropik aktiviteler uygular. Çeşitli hücre ve kanser türlerinde, OSM'nin paradoksal olarak inflamasyonu hem desteklediği hem de inhibe ettiği bildirildi. Sitokin IL-6'nın kas atrofisi ile ilişkili olduğu bilinmesine rağmen, sitokin OSM'nin iskelet kası hücrelerindeki fonksiyonel önemi yeterince bilinmemektedir.Yüksek verimli sıralama teknolojilerinin ortaya çıkışı, RNA yı incelemek için benzeri görülmemiş bir yaklaşım sundu.Bu nedenle, hücre transkriptlerini karakterize etmek ve ölçmek için birincil seçim haline geldi. Burada, yüksek verimli RNA dizileme (RNA-seq) teknolojisini kullanarak iskelet kası hücrelerinde sitokin Oncostatin M hedef genlerini tanımlayarak kas dokusuna tümör sinyalini araştırmayı amaçlıyoruz.“ Özelleştirilmiş Boru Hattı”kullanarak IL6 ailesi sitokinlerini, özellikle OSM, IL6 ve LIF'yi analiz ettik.Fare birincil miyotüp hücrelerini bu sitokinlerle tedavi ettik ve önemli ölçüde yukarı ve aşağı regüle olan ve kas atrofisi ile ilişki gösteren farklı şekilde eksprese edilen genleri deşifre ettik. RNA dizilimi, sitokin ile muamele edilmiş numunelerde kontrol numunelerine kıyasla yaygın değişiklikler gösterdi, diğer koşullara kıyasla OSM ile muamele edilmiş numunelerde en büyük farklılıklar. OSM, Ampd3, Sln, Murf-1, Atrogin-1 ve Serpina3n gibi kas atrofisi ile ilgili genleri önemli ölçüde indükledi. Bununla tutarlı olarak, bu imza genleri qRT-PCR kullanılarak onaylandı.GSEA analizi en yaygın olarak zenginleştirilmiş yolların hipoksi, inflamatuar yanıt yolu, glikoliz ve IL6-JAK-STAT3 yollarını içerdiğini ortaya koydu. Bu sonuçlar, sitokine özgü yanıt modelleriyle fare birincil miyotüp hücrelerinde OSM, IL6 ve LIF ekspresyon yanıtlarının küresel bir görünümünü sağlar. Sonuçlarımız, bu sitokinlerin fare birincil miyotüp hücrelerinde benzer sinyal mekanizmalarını kullanabileceğini gösteriyor. IL6 ve LIF ile karşılaştırıldığında, OSM, 6 kültürlenmiş miyotüplerde hücresel atrofiyi güçlü bir şekilde teşvik eder. Sitokin kaynaklı mekanizmaların aydınlatılması kaşektik sendromun tedavisi için potansiyel terapötik hedefler oluşturabilir. Bulgularımız, hücresel kas atrofisinde OSM'nin önemli bir rolünü desteklemektedir ve OSM'nin kanser veya diğer kronik hastalıklarla ilişkili kaşeksi ile mücadelede yeni bir faktör olarak hedeflenebileceğini düşündürmektedir
Özet (Çeviri)
Cancer cachexia is a debilitating wasting syndrome marked by inflammation and loss of adipose and skeletal muscle tissues. While about 20% of cancer deaths are caused by cachexia, there are no effective treatments available, and molecular mechanisms underlying cancer cachexia remain elusive. Oncostatin M, belonging to the gp130/IL6 cytokine family, is mainly released by macrophages, monocytes, and T-cells and exert pleiotropic activities in cell differentiation, proliferation, and inflammatory network. In various cell and cancer types, OSM was paradoxically reported to both promote and inhibit inflammation. Even though cytokine IL-6 is known to be associated with muscle atrophy, the functional significance of cytokine OSM in skeletal muscle cells is poorly understood. The advent of high-throughput sequencing technologies presented an unprecedented approach to study RNA. Therefore, it has become the prime choice to characterize and quantify cell transcripts. Here, we aim to investigate tumor signaling to muscle tissue by identifying cytokine Oncostatin M target genes in skeletal muscle cells using high- throughput RNA sequencing (RNA-seq) technology. Using“Tailored Pipeline,”we have analyzed IL6 family cytokines, specifically OSM, IL6 and, LIF. We treated mouse primary myotube cells with these cytokines and deciphered the differentially expressed genes that were significantly up-and down-regulated and show association with muscle atrophy. RNA sequencing showed widespread alterations in cytokine treated samples compared to control samples, with the largest differences in OSM treated samples compared to other conditions. OSM significantly induced muscle atrophy-related genes such as Ampd3, Sln, Murf-1, Atrogin-1, and Serpina3n. Consistent with this, these signature genes were validated using qRT-PCR. GSEA analysis revealed that top commonly enriched pathways include hypoxia, inflammatory response pathway, glycolysis, and IL6-JAK-STAT3 pathways. These results provide a global view of OSM, IL6, and LIF expression responses in mouse primary myotube cells with cytokine-specific response patterns. Our results suggest these cytokines may use similar signaling mechanisms in mouse primary myotube cells. Compared to IL6 and LIF, OSM potently promotes cellular atrophy in cultured myotubes. Elucidating cytokine-induced mechanisms may establish potential therapeutic targets for the treatment of the cachectic syndrome. Our findings support an important role for OSM in cellular muscle atrophy and suggest that OSM could be targeted as a novel factor in fighting cachexia associated with cancer or other chronic diseases.
Benzer Tezler
- Identification of by products in hydrogen producing bacteria Rhodobascter sphaeradies OU 001 grown in waste water of a sugar refinery
Şeker fabrikası atık suyundan hidrojen üretebilen Rhadobacter sphaeradies OU 001'in yan ürünlerinin karakterizasyonu
DENİZ ÖZGÜR YİĞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Lactococcus cinsine ait suşlarda faj dirençlilik sistemlerinin tanımlanması
Identification of phage resistance in genus: Lactococcus
PINAR ŞANLIBABA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Türkiye'de izole edilen lactococcus lactis subsp. lactis suşlarında laktoz fermentasyon yeteneğinin genetik determinantlarının, konjugal aktarımının ve stabilitesinin tanımlanması
Identification of genetic determinants, conjugal transfer and stability of lactose fermentation ability in lactococcus lactis subsp. lactis strains isolated from Turkey
ÇAĞLA TÜKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Identification of the role of p33ING1 protein in the cellular activities of p53 tumor suppressor protein
p33ING1 proteininin p53 tümör baskılıyıcı proteininin hücresel aktiviteleri üzerindeki etkisinin belirlenmesi
N.C. TOLGA EMRE
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN-ATALAY
- Hatay bölgesinde zeytin ağaçlarında görülen bazı virüs hastalıklarının serolojik ve biyolojik yöntemlerle saptanması
Identification of virus diseases of olive trees by using serological and biological methods in Hatay province
GÜLCAN TARLA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
ZiraatMustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF.DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN