Bağlantı dengesizliği katsayısının örnekleme dağılımı üzerine bir simülasyon çalışması
A simulation study on the sampling distribution of the linkage disequilibrium
- Tez No: 708670
- Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN KAVUNCU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Ziraat, Biostatistics, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kastamonu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 36
Özet
Bu çalışmanın amacı çeşitli bağlantı dengesizliği katsayılarına ve iki lokusta iki veya daha fazla allel sayılarına sahip sanal popülasyonlardan simülasyon yöntemiyle çekilen farklı genişlikteki örneklerden hesaplanan bağlantı dengesizliğiyle ilgili kuadratik istatistiklerinin nasıl bir dağılım göstereceğinin belirlenmesidir. Bağlantı dengesinde olan popülasyonlardan çekilen örneklerden hesaplanan bağlantı dengesizliği katsayısının (D) ortalamasının sıfır olduğu (µD=0) ve kuadratik bir form olarak metinde 1.2 numara ile gösterilen istatistiğin bir Khi-Kare dağılımı gösterdiği bilinmektedir. μD=0 ve μD=0,15 bağlantı dengesizliği katsayılarına, iki lokus iki allel sayılarına sahip popülasyonlardan simülasyon yöntemiyle çekilen n=10, 20, 50 genişlikteki örneklerden hesaplanan birisi 1.2 numaralı kuadratik bir form olan istatistik olmak üzere üç ayrı kuadratik istatistiğin dağılımı çalışılmıştır. Sonuçta bağlantı dengesizliği katsayısının 0,15 olduğu popülasyondan çekilen örneklerden hesaplanan 1.2 numaralı kuadratik formun 3 s.d.'li (noncentral) merkezi olmayan Khi-Kare dağılımı gösterdiği bulunmuştur. Paydaki D'nin, ortalamadan sapmasının karesi olarak hesaplanan kuadratik form metinde 3.1 numara ile gösterilen istatistik ise beklendiği gibi bağlantı dengesizliği katsayısı μD=0,15 olduğu zaman da 1 s.d.'li Khi-Kare dağılımı göstermektedir. Klasik bir Khi-Kare formülü olan ve metinde 3.2 numara ile verilen istatistik de bağlantı dengesizliği katsayısı μD =0,15 olduğu zaman da yine beklendiği gibi 3 s.d.'li Khi-Kare dağılımı göstermektedir. μD=0 ve μD≠0 bağlantı dengesizliği katsayılarına, iki lokus birinde iki allel diğerinde üç allel sayılarına sahip popülasyonlardan simülasyon yöntemiyle çekilen n=100 genişlikteki örneklerden hesaplanan birisi metinde 3.8 numaralı kuadratik bir form olan istatistik olmak üzere üç ayrı kuadratik istatistiğin dağılımı çalışılmıştır. Sonuçta bağlantı dengesizliği katsayısının sıfır olduğu popülasyondan çekilen örneklerden hesaplanan bu (3.8 numaralı istatistik) kuadratik formun 2 s.d.'li (central) merkezi Khi-Kare dağılımı gösterdiği bulunmuştur. Dengede olmayan popülasyonlardan çekilen örneklerden hesaplanan istatistikler için denenenler arasında uygun bir dağılım bulunamamış olup başka dağılımlara uygunluğunun test edilmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study is to determine the distribution of the quadratic forms related to the linkage disequilibrium coefficients calculated from the samples drawn from populations with non-zero linkage disequilibrium coefficient. It is known that the average of coefficient of linkage disequilibrium (D) calculated from samples drawn from populations in linkage equilibrium is zero (µD = 0) and statistic with equation number 1.2 in the text, which is a quadratic form, shows a chi-square distribution. It is studied the distribution of three different quadratic statistics one is 1.2 calculated from samples of size n = 10, 20, 50 generated through simulation from populations with linkage disequilibrium coefficients of μD = 0 and μD = 0,15 for a model of two alleles, two loci. The results show that the first quadratic form (statistic number 1.2) which is much known statistics in literature, has found to be fitted noncentral chi square distribution with 3 df in the samples drawn from the populations of μD = 0,15. The second quadratic form (equation number 3.1) in the methods was stable in being fitted to the central chi square distributions of 1 df in the existence of linkage disequilibrium. The third quadratic form (equation number 3. 2) has a distribution fitted to chi square with 3 df. The distribution of three different quadratic statistics , one of which is a quadratic form numbered 3.8 in the text, calculated from samples of size n=100 generated through simulation from populations with linkage disequilibrium coefficients of μD=0 and μD≠0 and two alleles in one locus and three alleles in the other were studied. As a result, it was found that this (3.8 statistic number) quadratic form, calculated from the samples drawn from the population with a linkage disequilibrium coefficient of zero, showed a central Chi-Square distribution with 2 df (central). For the statistics calculated from samples drawn from non-equilibrium populations, a suitable distribution could not be found among those tried, some other distributions should be tested.
Benzer Tezler
- Rüzgar hız ve enerji verilerinin tahmini için kaotik yaklaşımla birlikte destek vektör regresyonunun kullanımı
The use of support vector regression in conjunction with the chaotic approach for the forecasting of wind speed and energy data
ELİF BEYZA ÇATALBAŞ ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. KASIM KOÇAK
- Yeni Cami'nin akustik açıdan performans değerlendirmesi
Evaluation of the acoustical performance of the New Mosque
EVREN YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVTAP YILMAZ DEMİRKALE
- Triatlon sporcularında interlökin-6 geninin 3' kodlama yapmayan bölgesindeki sekans varyantlarının frekanslarının ve bağlantı dengesizliği kalıplarının araştırılması
Investigation of frequencies and linkage disequilibrium blocks of sequence variants located in the 3' untranslated region of the interleukin-6 gene in triathletes
HASAN FARUK NİŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikBursa Uludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK PİRİM
- Genome Wide Association Studies (GWAS) metodu aracılığı ile kültür (Cicer arietinum L.) ve yabani nohut (C. reticulatum) populasyonlarında danede P, Cu, K, Mo, Se elementleri ile ilişkili DNA markörlerinin saptanması
Identification of DNA markers associated with P, Cu, K, Mo, Se elements in seeds through Genome Wide Association Studies (GWAS) in cultivated (Cicer arietinum L.) and wild (C. reticulatum L.) chickpea
ESİN ÖZKURU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Japon bıldırcınlarında (Coturnix coturnix japonica) bağlantı dengesizliğinin döl verimine ait genetik variyans unsurlarına etkisinin tahmini
Estimation of the effect of link age disequilibrium on the genetic variance components of the measure traits of reproductiveness in Japanese wuails (Coturnix coturnix Japonica)
ENSAR BAŞPINAR