Investigations on the genetics of growth and linear conformation traits in akkaraman sheep
Akkaraman koyunlarında büyüme ve lineer konformasyon özelliklerinin genetiği üzerine araştırmalar
- Tez No: 737906
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ULAŞ ÇINAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Biostatistics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Zootekni Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
İklim değişikliğinin ilerleyişi 1950'lerden bu yana özellikle Türkiye ile kesişen bölgelerde artan tarımsal ve ekolojik kuraklık beklentileri ile en tahmin edilemez düzeylere ulaşmıştır. Yerli hayvan genetik kaynakları tahmin edilemez ekstrem koşullar altında sürdürülebilir üretim ve gıda güvenliğine katkıda bulunacak ve ihtiyaç duyacağımız potansiyel rezervuarları temsil etmektedir. Yetersiz besleme ile yüksek gelişim kabiliyeti ve ekstrem koşullara karşı dayanıklılığı ve yaşama kabiliyeti ile Akkaraman koyunu, değişen iklim ve çevre şartları, tekrarlı pandemiler ve diğer darboğazlara karşı geleceği beslemek için üretilen çözümlerin bir parçası olma açısından büyük potansiyel taşımaktadır. Büyüme ve doğrusal tip özellikleri karkas verimi, kalitesi, yemden yararlanma, üreme, dayanıklılık, hareketlilik, verimlilik ve hayatta kalma gibi özelliklerle olan ilişkisinden dolayı hayvansal üretim sistemlerinin karlılığı, verimliliği ve sürdürülebilirliği üzerinde doğrudan etkiye sahiptir. Bundan dolayı çalışmamız, büyüme ve doğrusal tip özelliklerinin Akkaraman koyun ırkında genetik ve fenotipik parametrelerini hesaplamayı, bu özelliklerin dağılımı ile ilişkili moleküler mekanizmaları düzenleyen QTL tespitini ve ırkın yaygın kullanılan bazı kültür ırkları ve farklı coğrafyalardan yerli koyun ırkları ile genom-boyu SNP paneller vasıtasyıla karşılaştırmalı genomik karakterizasyonunu hedeflemiştir. Genel olarak orta düzey kalıtım dereceleri ve özellikler arasında yüksek düzeyde pozitif genetik ve fenotipik korelasyon tespit edilmiştir. Buna ek olarak yapılan GWAS analizleri sonucunda, özelliklerle ilişkili 2 genom-çapında 18 kromozom-çapında SNP tespit edilmiştir. Buna göre, ZNF407, SCD5, SP1, PTGDR, PRDM2, PTPRG, KCND2, ZNF260, CPE, GRID2, SPIDR, HCN3, MYOM3, FKBP1A, TLE4, SLC44A1 ve TMEM50A genleri muhtemel QTL barındıran genler olarak tavsiye edilmiştir. Diğer taraftan, Akkaraman koyun ırkının diğer ırklarla olan genetik benzerliği ve farklılıkları ortaya konmuştur. Akkaraman ırkındaki mevcut yüksek genetik çeşitlilik, uygulanacak bir kapsamlı seleksiyon programının yakın zamanda soy-içi üreme depresyonuna sebep olacak düzeyde bir tehlike içermediğini desteklemektedir. Dolayısıyla, sonuçlarımız koyun üretim sistemleri için önemli uygulamalar taşımakta ve verimli ve başarılı bir genoma dayalı seleksiyon programı oluşturma konusunda ise pratikte kullanılacak bilgiler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
The progression of climate change since 1950s is at an unprecedented level, with increased risks of agricultural and ecological drought expectations especially for regions overlapping Türkiye. Domestic animal genetic resources represent potential reservoirs that may contribute sustainable production for food security of those unpredictable times and extreme circumstances. With its hardy nature, ability to thrive on meagre diet and resilience under extreme conditions, Akkaraman sheep appear to have a great potential as part of the solution against feeding the future under changing, recurrent pandemics and other unpredicted bottlenecks. Growth and linear type traits, as indicators of productivity and conformation appraisal, have direct influence on the profitability, efficiency and sustainability of production systems due to their interplay with carcass yield and quality, feed efficiency, reproduction, robustness, mobility, productivity, longevity and survivability traits. Therefore, our study aimed to uncover genetic and phenotypic parameters for growth and linear type traits, discover QTL underlying complex mechanisms determining the phenotypic distribution of those traits and uncover certain population genetic parameters of Akkaraman sheep in comparison with other transboundary and indigenous sheep breeds by using genome-wide dense SNP panels. Moderate genomic heritabilities and overall high and positive genetic/phenotypic correlations were observed among most of the growth and type traits. Additionally, 2 genome- and 18 chromosome-wide significant SNPs were discovered to be associated with the traits after GWA analyses. Accordingly, ZNF407, SCD5, SP1, PTGDR, PRDM2, PTPRG, KCND2, ZNF260, CPE, GRID2, SPIDR, HCN3, MYOM3, FKBP1A, TLE4, SLC44A1 and TMEM50A were proposed as the genes bearing putative QTL for growth and linear type traits. On the other hand, we have displayed genetic similarities and differences of Akkaraman sheep against various breeds. The high genetic diversity found in Akkaraman sheep validates the existence of a large genetic variance to implement a comprehensive selection on the breed, without a great danger of imposing an inbreeding depression in the near future. Therefore, our results carry important implications for sheep production systems and provide practical knowledge that will contribute to designing efficient and successful genome-based selection programmes.
Benzer Tezler
- Karbendazimin DNA metilasyonu üzerindeki etkisinin Fusarium'da araştırılması
Investigation of the effect of carbendazim on DNA methylation in Fusarium
ŞULE İNAN KENAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLRUH ALBAYRAK
- Fusarium'da fludioksonil'in mikotoksin sentezinden sorumlu özgün genlerin anlatımı üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of fludioxonil on expressions of specific genes responsible for mycotoxin synthesis in Fusarium
ESMA ÖZSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLRUH ALBAYRAK
- Denizel canlı kaynaklardan izole edilen glikozaminoglikanların insan glioblastoma U87MG hücreleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of glycosaminoglycans isolated from marine living resources on human glioblastoma U87MG cells
NEBAHAT BUŞRA AKSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT PEKMEZ
- Bitki atıklarından hazırlanan ekstraktın kitosan nanopartikülleriyle enkapsülasyonu ve in vitro incelenmesi
Encapsulation of extract prepared from plant wastes with chitosan nanoparticles and in vitro investigation
HATİCE SERİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikSakarya ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLNUR ARABACI
- Vasküler endotel büyüme faktörü (VEGF)'nün rekombinant olarak üretilmesi, saflaştırılması ve biyolojik özelliklerinin araştırılması
Production of recombinant VEGF (vascular endothelial growth factor), purification and investigation of biological proporties
HÜLYA KUDUĞ
Doktora
Türkçe
2017
BiyomühendislikGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSA GÖKÇE