The Co-Occurrence of N550H, F486L and Y179C SNPs in BRCA1 Gene: An in silico investigation
BRCA1 geninde bulunan N550H, F486L ve Y179C SNP'lerinin birlikteliklerinin in silico araştırılması
- Tez No: 710272
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Meme Kanseri (BC), kadınlarda görülen en yaygın, dünya genelinde ise artan vaka oranıyla üçüncü en yaygın kanser türüdür. Genomik araştırmalar, Meme Kanseri Gen 1 (BRCA1) üzerindeki N550H, F486L ve Y179C varyantlarının birliktelik gösterebileceklerini ve BC oluşumunu etkiliyor olabileceğini ortaya çıkardı. Birliktelik gösteriyorlarsa, varyantları ayrı ayrı araştırmak yanlış yönlendirme olacaktır. Bu çalışmadaki amaç 1) Y179C, F486L ve N550H'nin aynı haplotip üzerinde olup olmadığını ve birliktelik gösterme durumunu ve 2) Y179C, F486L ve N550H'nin birlikteliğinin patojenik olup olmadığını araştırmaktır. Bu çalışma sırasında, SNP'lerin frekansları ve koruma puanları, haplotip durumu, bağlantı dengesizliği (LD), ikili ve üçlü birlikte oluşum durumları, BRCA1 transkriptleri ve olası protein değişiklikleri veri portalları ve R aracılığıyla araştırıldı. Sağlıklı veri seti (2,504), genel kanser veri seti (296) ve BC veri seti (98) karşılaştırılarak, N550H, F486L ve Y179C'nin birlikteliği ile kanser/BC oluşumu arasındaki ilişki gösterildi. İlişkilendirmeler lojistik regresyon, olasılık oranı, Fisher's Exact Testi ve Ki-Kare testi ile test edildi. Tüm sonuçlar, patojenite için varyant sınıflandırma kılavuzlarıyla çapraz kontrol edildi. Sonuç olarak, bu SNP'lerin aynı haplotip paterni ile uyumlu oldukları gösterilmiştir; ikili ve üçlü birliktelik deneyleri, bu üç SNP'nin birliktelik hipotezini destekledi ve ayrıca patojenite hipotezini güçlendirdi. Birliktelik olan bireylerde kanser (Odds Ratio (OR): 34.28, olasılık değeri (p-değeri): 0.0006) ve BC (OR: 52.15, p-değeri: 0.0041) olma ihtimalinin anlamlı olarak daha yüksek olduğu gösterilmiştir. in silico çalışmalarla elde edilen sonuçları güçlendirmek adına daha fazla in vitro araştırma yapılması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Breast Cancer (BC) is the most common cancer type seen in women and the third most common one worldwide with an increasing rate of cases. Genomic studies revealed N550H, F486L, and Y179C SNPs on Breast Cancer Gene 1 (BRCA1) may be co-occurring and affecting the BC formation. If they co-occur, investigating them individually would be misdirecting. In this research, the aim was to investigate whether 1) Y179C, F486L, and N550H are on the same haplotype and co-occur and 2) co-occurrence of Y179C, F486L, and N550H is pathogenic. During this study, frequencies and conservation scores of SNPs', haplotype status, linkage disequilibrium (LD), dual and triple co-occurrence statuses, BRCA1 transcripts, and possible protein changes are investigated through data portals and R. By the comparison of the healthy dataset (2,504), general cancer dataset (296), and BC dataset (98), association between co-occurrence of N550H, F486L, and Y179C with cancer/BC formation is done. Associations are tested with logistic regression, odds ratio, Fisher's Exact Test, and Chi-Square test. All results are cross-checked with the variant classification guidelines for pathogenicity. As a result, these SNPs coherent with the same haplotype pattern, co-occurrence experiments supported the co-occurrence of these three SNPs and also strengthen the pathogenicity hypothesis. It was shown that odds to have cancer (Odds Ratio (OR): 34.28, probability value (p-value): 0.0006) and BC (OR: 52.15, p-value: 0.0041) are significantly higher for the individuals with triple co-occurrence. More in vitro research needs to be done to strengthen the pieces of evidence obtained in silico.
Benzer Tezler
- Özgül öğrenme bozukluğu olan çocuklarda hızlı bozuk konuşmanın belirlenmesi
Determination of cluttering in children with specific learning disorders
TUĞBA KARATOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
İletişim BilimleriÜsküdar ÜniversitesiDil ve Konuşma Terapisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EVRİM GERÇEK
- Şizofreni-obsesif kompulsif bozukluk birlikteliği
The co-occurrence of schizophrenia and obsessive compulsive disorder
HANDE KARAKILIÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
PsikiyatriGazi ÜniversitesiPsikiyatri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SELÇUK CANDANSAYAR
- Üriner inkontinansı olan kadın hastalarda gaz-gaita inkontinansının incelenmesi
The evaluation of the fecale incontinance in female patinents that have urinary incontinance
AHMET ÇAMTOSUN
- Kemalizmin muhafazakar bir yorumu: Yunus Nadi
A conservative interpretation of Kemalism
PINAR AYDOĞAN
Doktora
Türkçe
2016
Siyasal BilimlerGazi ÜniversitesiKamu Yönetimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL GÖRMEZ
- Tanılar üstü model bileşenlerinin bir Türkiye örnekleminde davranışsal bağımlılıklar için incelenmesi
The investigation of transdiagnostic model components for behavioral addictions in a Turkish sample
ZEYNEP AKYÜZ
Doktora
Türkçe
2024
PsikolojiDokuz Eylül ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADVİYE ESİN YILMAZ SAMANCI