Geri Dön

Karbapenem dirençli izolatlarda (Klebsiella SPP., Escherichia coli) hızlı karbapenemaz tespit yöntemi (The rapid carbapenemase detection method, rCDM) ile karbapenemaz üretiminin fenotipik olarak saptanması

Phenotypical detection of carbapenemase production by the rapid carbapenemase detection method (rCDM) in carbapenem resistant isolates (klebsiella SPP., escherichia coli)

PDF İndir

  1. Tez No: 711061
  2. Yazar: ŞEYMA ÇALIK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEBAHAT AKSARAY, UZMAN NİLGÜN KANSAK
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: İstanbul Haydarpaşa Numune Eğt. ve Arş. Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 76

Özet

AMAÇ Çoklu ilaç dirençli bakterilerle gelişen enfeksiyonların tedavisinde karbapenem grubu antibiyotikler sıklıkla kullanılmaktadır. Bunun bir sonucu olarak karbapenemlere karşı direnç gelişimi giderek artan oranda bildirilmektedir. Direncin önemli bir sebebi olan karbapenemaz üretimini moleküler yöntemlerle göstermek pahalı ve zaman alıcıdır. Rutin çalışmalarda hızlı ve basit bir yöntemle karbapenemaz üreten suşların tespit edilebilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada yeni geliştirilen hızlı karbapenemaz tespit yönteminin (rCDM), altın standart moleküler yönteme göre duyarlılığının araştırılmasının yanı sıra Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI, M100) ve Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri Komitesi (EUCAST) tarafından önerilen diğer bir fenotipik yöntem olan modifiye karbapenem inaktivasyon yöntemi (mCIM) ile uyumunun değerlendirilmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM Çalışmamıza 12.12.2020-01.08.2021 tarihlerinde SBÜ Haydarpaşa Numune SUAM Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş 50'si kontrol olmak üzere toplam 152 gram negatif (Klebsiella spp., Escherichia coli) bakteri dahil edilmiştir. Suşların tanımlamaları VITEK®MS (bioMérieux, Marcy-I'Étoile, Fransa); karbapenem duyarlılıkları VITEK® 2 (bioMérieux, Marcy-I'Étoile, Fransa) ile yapılmıştır. Karbapenem dirençli izolatların karbapenem direnç genleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonu [Karbapenem ve Kolistin Direnci qPCR kiti (Bioeksen, Türkiye)] ile moleküler olarak saptanmıştır. Çalışmaya dahil edilen tüm izolatlara fenotipik olarak karbapenemaz saptanması için kullanılan rCDM ve mCIM testleri uygulanmıştır. Moleküler yöntem altın standart kabul edilerek rCDM testinin duyarlılığı hesaplanmıştır. Her iki fenotipik test (rCDM ve mCIM) arasındaki farkı incelemek için McNemar testi; uyumluluk derecelerini belirlemek için ise Cohen kappa analizi uygulanmıştır. BULGULAR Karbapenem dirençli 102 izolatın 92'sinde qPCR kiti panelinde yer alan direnç genlerinden (blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaOXA-51, blaOXA23/58, blaOXA-48) en az biri tespit edilmiş olup, en sık blaOXA-48 (%90,2) mevcuttur. Hızlı karbapenemaz tespit yönteminin duyarlılığı %100 olarak saptanmıştır. İki fenotipik yöntemin sonuçları karşılaştırıldığında aralarında istatiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. (PMcNemar:1, Kappa katsayısı:1.00) SONUÇ Hızlı karbapenemaz tespit yönteminin duyarlılığının yüksek saptanması, özellikle ülkemizde sık görülen karbapenemaz tiplerinin tespitinde iyi bir performans sergilemesi, mCIM ile yüksek derecede uyum göstermesi, kolay uygulanabilir ve hızlı bir yöntem olması nedeniyle rutin laboratuvarlarda kullanımının uygun olduğu kanaatine varılmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Enterobacteriaceae, Hızlı karbapenemaz tespit metodu, karbapenem direnci, karbapenemaz

Özet (Çeviri)

AIM Carbapenem group antibiotics are frequently used in the treatment of infections caused by multi-drug resistant bacteria. As a result, the development of resistance to carbapenems has been increasingly reported. Detection of carbapenemase production, which is an important cause of resistance, by molecular methods is expensive and time consuming. In routine studies, it is necessary to detect carbapenemase producing strains with a fast and simple method. In this study, it was aimed to investigate the sensitivity of the newly developed rapid carbapenemase detection method (rCDM) compared to the gold standard molecular method, as well as to evaluate its compatibility with the modified carbapenem inactivation method (mCIM), which is another phenotypic method recommended by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, M100) and European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). MATERIALS AND METHODS A total of 152 gram-negative (Klebsiella spp., Escherichia coli) bacteria, 50 of which were control, isolated from various clinical samples sent to University of Health Sciences Haydarpaşa Numune Health Practice and Research Center Medical Microbiology Laboratory between 12.12.2020-01.08.2021 were included in our study. Identification of strains were determined with VITEK®MS (bioMérieux, Marcy-I'Étoile, France); carbapenem sensitivities were determined with VITEK® 2 (bioMérieux, Marcy-I'Étoile, France). Carbapenem resistance genes of carbapenem resistant isolates were determined molecularly by Multiplex polimerase chain reaction [Carbapenem and Colistin Resistance qPCR kit (Bioeksen, Turkey)]. The rCDM and mCIM tests, which are used to detect carbapenemases phenotypically, were applied to all isolates included in the study. The sensitivity of the rCDM test was calculated by accepting the molecular method as the gold standard. McNemar test was applied to examine the difference between both phenotypic tests (rCDM and mCIM), while Cohen kappa analysis was used to determine the degree of agreement. RESULTS At least one of the resistance genes included in the qPCR kit panel (blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaOXA-51, blaOXA23/58, blaOXA-48) was detected in 92 of 102 carbapenem-resistant isolates, with blaOXA-48 (90.2%) being the most frequently observed. The sensitivity of rCDM test was found to be 100%. When the results of the two phenotypic methods were compared, there was no statistically significant difference between them. (PMcNemar:1, Kappa coefficient:1.00) CONCLUSION It has been concluded that rCDM is highly sensitive, has a good performance in detecting the carbapenemase types that are common in our country, has a high degree of compatibility with mCIM, and is an easy-to-apply and fast method, so it is suitable for use in routine laboratories. KEYWORDS: Enterobacteriaceae, Rapid carbapenemase detection method, carbapenem resistance, carbapenemase

Benzer Tezler

  1. Tez No

    656983

    Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten escherichia coli ve klebsiella SPP. izolatlarının ertapenem, meropenem, imipenem, kolistin, fosfomisin ve temosilin'e fenotipik duyarlılığının belirlenmesi ve direnç genlerinin in house PCR yöntemiyle araştırılması

    Determination of phenotypic susceptibility to ertapenem, meropenem, imipenem, colistin, fosfomycin and temocillin in which producing extended spectrum beta-lactamase isolates of eschericha coli and klebsiella spp. and investigation of resistance genes by in house pcr method

    ARZU TANRIVERDİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiAdıyaman Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLNUR TARHAN

  2. Tez No

    566478

    Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezinde 2015-2017 yıllarında izole edilen karbapenem dirençli escherıchıa coli ve klebsiella pneumonıae izolatlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of carbapenem-resistant e. coli and klebsiellapneumoniae isolates isolated at Zonguldak Bülent Ecevit University Health application and research center between 2015 and 2017,

    GÜLHAN AVCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiZonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FÜSUN CÖMERT

  3. Tez No

    361584

    Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin varlığının araştırılması

    Investigation of carbapenem resistance in enterobacteriaceae species and the presence of the enzymes responsible from resistance

    ASLI BULUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÜLŞAH AŞIK

  4. Tez No

    236375

    Escherichia coli ve Klebsiella spp. klinik izolatlarında plazmid aracılı AmpC beta-laktamaz tespiti

    Detection of plasmid mediated AmpC beta-lactamase in clinical isolates of Escherichia coli ve Klebsiella spp.

    SİBEL AK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BURÇİN ŞENER

  5. Tez No

    784245

    Yenidoğan yoğunbakım ünitesinden gönderilen örneklerden izole edilen bakteriyel ve fungal etkenlerin tanımlanması, antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi ve olası direnç genlerinin moleküler analizi

    Description of bacterial and fungal agents isolated from the samples sent from the newborn intensive care unit, determination of their antimicrobial sensitivity, and molecular analysis of possible resistance genes

    ERGİN KARACAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiKafkas Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH BÜYÜK

    PROF. DR. YASEMİN BAYRAM

Geri Dön