Identification of surface proteome of B cell lymphoblastic leukemia cell line
B hücreli akut lenfoblastik lösemi hücre hattında yüzey proteomunun belirlenmesi
- Tez No: 713235
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE AYAZ GÜNER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abdullah Gül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
B hücreli akut lenfoblastik lösemi, B lenfositlerinin aşırı ve kontrolsüz ifadesi ile karakterizedir. B-ALL, anormal sitozolik sinyal iletimi ve gen mutasyonları, anormal protein etkileşimleri ve durdurulmamış hücre döngüsü gibi moleküler anormalliklerin bir sonucu olarak ortaya çıkabilir. Bu anormallikler nedeniyle, proteomun üçte birini oluşturan yüzey proteinleri, sağlıklı hücrelere kıyasla farklı ifadeler gösterir. Bu farklılıklar günümüzde tanı ve tedavi yaklaşımlarında kullanılmaktadır. Bu çalışmada, iki farklı yüzey protein izolasyon stratejisinin karşılaştırılması ile kütle spektrometrisi tabanlı proteomik yaklaşımı ile yeni, ek olası hedef antijenleri belirlemek için CCRF-SB hücre hattının yüzey proteinlerini izole etmeyi ve tanımlamayı amaçladık. CCRF-SB hücrelerinin yüzey proteinleri, biyotinilasyon yöntemi ve N-bağlı glikoprotein zenginleştirme yöntemleri ile izole edildi. Biyotinilasyon yöntemi ile % 1 FDR oranı ile 782 protein izole ettik. Gene Ontology Cellular Component analizi, bu izole edilmiş proteinlerin 467'sinin 'Membran' ile ilişkili, 263'ünün“Hücre Dışı Boşluk”ile ilişkili olarak tanımlamıştır. Bu izole edilmiş hücre yüzeyi proteinlerinin, HLA protein komplekslerini ve iyi bilinen CD19 yüzey işaretleyicilerini içerdiği gösterilmiştir. N-bağlı glikozillenmiş protein zenginleştirme yöntemi ile %1 FDR oranı ile tanımlanan 229 protein Gene Ontology Cellular Component 155'inin“Membran”olarak, bu proteinlerin 132'sinin“Hücre Dışı Boşluk”ile ilişkili olarak açıklandığını gösterdi. Her iki yöntem de birbirinden farklı proteinleri tanımlamıştır. Bu sonuç, hücre yüzeyini proteomunu haritalamak için bu iki zenginleştirme yöntemini birleştirmenin gerekli olduğunu gösterdi.
Özet (Çeviri)
B-cell acute lymphoblastic leukemia is characterized by over and uncontrolled expression of B lymphocytes. B-ALL may occur as a result of aberrant cytosolic signal transduction and molecular abnormalities such as gene mutations, abnormal protein interactions, and an un-arrested cell cycle. Due to these abnormalities, surface proteins that compromised one-third of the proteome show different expressions compared to the healthy cells. These differences are currently in use for diagnostic and treatment approaches. Here, we aimed to isolate and identify the surface proteins of the CCRF-SB cell line to identify new, additional possible target antigens with the mass spectrometrybased proteomics approach using two different surface protein isolation strategies. The surface proteins of CCRF-SB cells were isolated with the surface biotinylation method and N-linked glycoprotein enrichment methods. With the biotinylation method, we isolated 782 proteins with 1% FDR. Gene Ontology Cellular Compartment analysis showed that 467 of these isolated proteins are annotated as 'Membrane'. 263 of those proteins are annotated as 'Extracellular Space'. These isolated cell surface proteins include HLA protein complexes and well-known CD19 surface markers. With the Nlinked glycosylation enrichment method 229 protein identified with 1% FDR rate. Gene Ontology Cellular Compartment analysis showed that 155 of these isolated proteins are annotated as 'Membrane', 132 of those proteins are annotated as 'Extracellular Space'. Both methods identified different proteins from each other. This result showed that to map the surfaceome of CCRF-SB cell line, it is required to combine these two enrichment methods.
Benzer Tezler
- Analysis of cell surface reorganization during cell division
Hücre bölünmesi sırasında hücre yüzey düzenlenmesinin analizi
NAZLI EZGİ ÖZKAN KÜÇÜK
Doktora
İngilizce
2018
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. NURHAN ÖZLÜ
- Türk toplumunda prostat kanseri proteom profillerinin ve androjen reseptör, PSA, RNASEL gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of proteome profiles and androgen receptor, PSA, RNASEL gene polymorphisms related to prostate cancer in Turkish population
MELTEM YALINAY ÇIRAK
Doktora
Türkçe
2011
GenetikGazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH EKMEKÇİ
- The effect of rhamnolipid production on Pseudomonas aeruginosa physiology
Başlık çevirisi yok
ŞEBNEM BUKAVAZ
- Kütle spektrometresi verilerinin analiziyle prostat ve yumurtalık kanserlerinin belirlenmesi
Prostate and ovarian cancer identification by analyzing mass spectrometry data
VEDAT TAŞKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Biyoistatistikİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER ÖLMEZ