Geri Dön

Identification of surface proteome of B cell lymphoblastic leukemia cell line

B hücreli akut lenfoblastik lösemi hücre hattında yüzey proteomunun belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 713235
  2. Yazar: DUDU BOYVAT
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE AYAZ GÜNER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Abdullah Gül Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 72

Özet

B hücreli akut lenfoblastik lösemi, B lenfositlerinin aşırı ve kontrolsüz ifadesi ile karakterizedir. B-ALL, anormal sitozolik sinyal iletimi ve gen mutasyonları, anormal protein etkileşimleri ve durdurulmamış hücre döngüsü gibi moleküler anormalliklerin bir sonucu olarak ortaya çıkabilir. Bu anormallikler nedeniyle, proteomun üçte birini oluşturan yüzey proteinleri, sağlıklı hücrelere kıyasla farklı ifadeler gösterir. Bu farklılıklar günümüzde tanı ve tedavi yaklaşımlarında kullanılmaktadır. Bu çalışmada, iki farklı yüzey protein izolasyon stratejisinin karşılaştırılması ile kütle spektrometrisi tabanlı proteomik yaklaşımı ile yeni, ek olası hedef antijenleri belirlemek için CCRF-SB hücre hattının yüzey proteinlerini izole etmeyi ve tanımlamayı amaçladık. CCRF-SB hücrelerinin yüzey proteinleri, biyotinilasyon yöntemi ve N-bağlı glikoprotein zenginleştirme yöntemleri ile izole edildi. Biyotinilasyon yöntemi ile % 1 FDR oranı ile 782 protein izole ettik. Gene Ontology Cellular Component analizi, bu izole edilmiş proteinlerin 467'sinin 'Membran' ile ilişkili, 263'ünün“Hücre Dışı Boşluk”ile ilişkili olarak tanımlamıştır. Bu izole edilmiş hücre yüzeyi proteinlerinin, HLA protein komplekslerini ve iyi bilinen CD19 yüzey işaretleyicilerini içerdiği gösterilmiştir. N-bağlı glikozillenmiş protein zenginleştirme yöntemi ile %1 FDR oranı ile tanımlanan 229 protein Gene Ontology Cellular Component 155'inin“Membran”olarak, bu proteinlerin 132'sinin“Hücre Dışı Boşluk”ile ilişkili olarak açıklandığını gösterdi. Her iki yöntem de birbirinden farklı proteinleri tanımlamıştır. Bu sonuç, hücre yüzeyini proteomunu haritalamak için bu iki zenginleştirme yöntemini birleştirmenin gerekli olduğunu gösterdi.

Özet (Çeviri)

B-cell acute lymphoblastic leukemia is characterized by over and uncontrolled expression of B lymphocytes. B-ALL may occur as a result of aberrant cytosolic signal transduction and molecular abnormalities such as gene mutations, abnormal protein interactions, and an un-arrested cell cycle. Due to these abnormalities, surface proteins that compromised one-third of the proteome show different expressions compared to the healthy cells. These differences are currently in use for diagnostic and treatment approaches. Here, we aimed to isolate and identify the surface proteins of the CCRF-SB cell line to identify new, additional possible target antigens with the mass spectrometrybased proteomics approach using two different surface protein isolation strategies. The surface proteins of CCRF-SB cells were isolated with the surface biotinylation method and N-linked glycoprotein enrichment methods. With the biotinylation method, we isolated 782 proteins with 1% FDR. Gene Ontology Cellular Compartment analysis showed that 467 of these isolated proteins are annotated as 'Membrane'. 263 of those proteins are annotated as 'Extracellular Space'. These isolated cell surface proteins include HLA protein complexes and well-known CD19 surface markers. With the Nlinked glycosylation enrichment method 229 protein identified with 1% FDR rate. Gene Ontology Cellular Compartment analysis showed that 155 of these isolated proteins are annotated as 'Membrane', 132 of those proteins are annotated as 'Extracellular Space'. Both methods identified different proteins from each other. This result showed that to map the surfaceome of CCRF-SB cell line, it is required to combine these two enrichment methods.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    520357

    Analysis of cell surface reorganization during cell division

    Hücre bölünmesi sırasında hücre yüzey düzenlenmesinin analizi

    NAZLI EZGİ ÖZKAN KÜÇÜK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. NURHAN ÖZLÜ

  2. Tez No

    597098

    Development and application of methods for mass spectrometric analysis of acute myeloid leukemia derived cell lines to identify receptor tyrosine kinase inhibitor resistance mechanisms and serum biomarkers

    Başlık çevirisi yok

    ALPEREN ÇAĞATAY SERDAROĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    AnatomiTechnische Universität München

    DR. PEER-HENDRIK KUHN

  3. Tez No

    288685

    Türk toplumunda prostat kanseri proteom profillerinin ve androjen reseptör, PSA, RNASEL gen polimorfizmlerinin incelenmesi

    Investigation of proteome profiles and androgen receptor, PSA, RNASEL gene polymorphisms related to prostate cancer in Turkish population

    MELTEM YALINAY ÇIRAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    GenetikGazi Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDULLAH EKMEKÇİ

  4. Tez No

    402935

    The effect of rhamnolipid production on Pseudomonas aeruginosa physiology

    Başlık çevirisi yok

    ŞEBNEM BUKAVAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Moleküler TıpUlm University

    DR. FRANK ROSENAU

  5. Tez No

    333014

    Kütle spektrometresi verilerinin analiziyle prostat ve yumurtalık kanserlerinin belirlenmesi

    Prostate and ovarian cancer identification by analyzing mass spectrometry data

    VEDAT TAŞKIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Biyoistatistikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TAMER ÖLMEZ

Geri Dön