Matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile tüberküloz dışı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması
Identification of nontuberculous mycobacteria at species level by matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry
- Tez No: 713493
- Danışmanlar: PROF. DR. NURAN ESEN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Tüberküloz dışı mikobakteri, tür düzeyinde tanımlama, kütle spektrometresi, MALDI-TOF MS, Nontuberculous mycobacteria, identification at species level, mass spectrometry, MALDI-TOF MS
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), genelde çevresel kaynaklarla bulaşan, kronik enfeksiyonlara yol açan mikroorganizmalardır. Günümüzde 190'dan fazla mikobakteri türü tanımlanmıştır. Bunların çoğunluğu henüz enfeksiyon etkeni olarak gösterilmemiştir. TDM'lerin tedavisi türe göre değişkenlik göstermektedir. Tür düzeyinde tanımlama yapmak için uygulaması kolay, ucuz ve hızlı bir yönteme ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda kullanılan matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) bu özelliklere sahiptir. Bu amaçla, çalışmada Dokuz Eylül Üniversitesi Merkez Laboratuvarı'na 2013-2019 yılları arasında gönderilen hasta örneklerinden yapılan kültürlerde üremiş ve nükleik asit hibridizasyon yöntemiyle tür düzeyinde tanımlanmış olan 22 Mycobacterium abscessus, 4 Mycobacterium chelonae, 37 Mycobacterium fortuitum, 5 Mycobacterium gordonae, 9 Mycobacterium intracellulare, 4 Mycobacterium kansasii, 1 Mycobacterium lentiflavum, 3 Mycobacterium szulgai izolatı MALDI-TOF MS yöntemi ile çalışıldı. 83/85 (%97.6) izolat MALDI-TOF MS ile tür düzeyinde tanımlandı. 81/85 (%95.2) izolat için iki testin sonuçları uyumlu kabul edildi. Gerek doğru epidemiyolojik veri elde etmek, gerekse uygun antimikrobiyal yönetimi sağlamak için TDM'lerin tür düzeyinde tanımlaması büyük önem taşımaktadır. MALDI-TOF MS, TDM tür tayini için kullanılması uygun bir yöntem olarak görünmektedir. Çalışmamızda moleküler bir yöntemle yüksek uyum gösterdiği saptanmıştır. Uygulaması kolay, maliyet etkin ve yaklaşık 90 dakikada sonuç veren bir yöntemdir. Bununla beraber kütüphanesinde bazı iyileştirmelerin yapılmasıyla daha iyi sonuçlar alınacağı düşünülmüştür.
Özet (Çeviri)
Nontuberculous mycobacteria (NTM) are the microorganisms that is transmitted from environmental sources and leads to chronic infections. Nowadays more than 190 mycobacteria species are identified. Most of them have not been shown as an agent of infection yet. Treatment protocols of NTM show difference according to species. It is needed that an easy to perform, cheap and fast method for identification at species level. Matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) used in recent years have this features. With this aim, 22 Mycobacterium abscessus, 4 Mycobacterium chelonae, 37 Mycobacterium fortuitum, 5 Mycobacterium gordonae, 9 Mycobacterium intracellulare, 4 Mycobacterium kansasii, 1 Mycobacterium lentiflavum, 3 Mycobacterium szulgai isolates that are grown by cultures of patient samples sent to Dokuz Eylül University Central Laboratory between 2013-2019 and identified at species level by nucleic acid hybridization method are studied with MALDI-TOF MS in the study. 83/85 (%97.6) isolates are identified at species level by MALDI-TOF MS. The results of two tests are accepted as concordant for 81/85 (%95.2) isolates. Identification of NTM carries great importance for both acquiring true epidemiologic data and provide suitable antimicrobial management. MALDI-TOF MS appears as a suitable method for species identification of NTM. It is detected that it has high concordance with a molecular method in our study. It is a method that is easy to use, cost effective and gives result about 90 minutes. All of that, it is considered that better results will be taken by doing some improvements in its library.
Benzer Tezler
- Bir eğitim ve araştırma hastanesi yoğun bakım ünitesi hastalarının kan kültürlerinden izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında beta laktam direnç genlerinin ve klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of beta-lactam resistance genes and clonal relationships in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates from blood cultures of patients in an education and research hospital intensive care unit
CANSET NUR AYDOGAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TEVFİK YAVUZ
- Ph-responsive rotaxanes and polypseudorotaxanes
Ph-duyarlı rotaksanlar ve polipsödorotaksanlar
HASAN BURAK TİFTİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Kimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DÖNÜŞ TUNCEL
- Tüberküloz dışı mikobakteri türlerinin matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile sıvı besiyerinden tanımlanmasında üç farklı protokolün karşılaştırılması
Comparison of three di̇fferent protocols for matrixassisted laser desorption/ionization-time of flight massspectrometry identification of non-tuberculous mycobacteri̇aisolated from liquid culture
NEZİHAT DESEN BÜYÜKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN ESEN
DOÇ. DR. ÖZGÜR APPAK
- Kan kültürlerinde üreyen klebsıella pneumonıae suşlarında, karbapenemaz direncinin matriks destekli lazer desorpsiyon/ iyonizasyonu-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile belirlenmesi
Determination of carbapenemase profiles of klebsiella pneumoniae isolated from blood cultures using matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry
ABDULLAH YÜCEL BABA
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. METİN DOĞAN
- Beyaz peynir ve süt işleme tesisinden izole edilen mikrobiyotanın karakterizasyonu
Characterization of microbiota isolated from white cheese and milk processing facility
ZEYNEP GÖRKEM CERİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU