Determination and verification of new targets in liver cancer
Karaciğer kanserinde yeni hedeflerin belirlenmesi ve doğrulanması
- Tez No: 713551
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY, PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Tıbbi Biyoloji, Biochemistry, Biology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 165
Özet
Hepatosellüler karsinom (HSK), kötü prognoz ve yüksek ölüm oranları ile dünya çapında en yaygın kanserlerden biridir. HSK'nın erken evrelerde teşhisi ve etkili tedavisi zor olup cerrahi rezeksiyon veya karaciğer transplantasyonu dahil olmak üzere birkaç tedavi seçeneği ile sınırlıdır. İleri seviyelerde, sınırlı kemoterapi seçenekleri, hastanın sağkalımını sadece birkaç ay artırabilmesine rağmen, ilerlemiş hepatoselüler karsinom için en önemli tedavi yöntemlerinden biri haline gelmektedir. Bu nedenle, hastalığın ilerlemesindeki mekanizmaları anlamak, HSK'da hasta sağ kalımını artırmak için acilen ihtiyaç duyulan yeni terapötik yaklaşımlara ışık tutacaktır. Çalışmalarımızda karaciğer kanserinde yeni hedefleri belirleyerek potansiyel terapötik hedefler olarak değerlendirmeyi amaçladık.. İlk olarak senesensten kaçışta artış gösteren hepatoselüler imza genlerinden ATAD2 geni terapötik bir hedef olarak değerlendirildi. Topladığımız klinik data ile yaptığımız biyoinformatik analiz, hastaların tümör dokularında, tümör olmayanlara göre daha çok ATAD2 ekspresyonu olduğunu ve aynı artış korelasyonunun iyi bilinen proliferasyon belirteci Ki-67 için de geçerli olduğunu gördük. Bu anlamlı korelasyon sadece HSK hasta örneklerinde olmayıp, zamana bağlı sıçan karaciğeri yenilenmesi sürecinde de olduğunu gözlemledik. Ek olarak, ATAD2, ilaç ile muameleye, özellikle Tunikamisin kaynaklı apoptoza yanıt olarak inhibisyon göstermiştir. Yaptığımız ATAD2 silinmesine bağlı in vitro çalışmalar, ATAD2'nin inactive edilmesinin HSK hücrelerinde hetorejen yanıtlara yol açtığını göstermiştir. İkincisi, senesens öncesi ve ölümsüz fenotip gösteren HSK hücre klonlarından daha önce elde ettiğimiz bilgileri kullanarak yeni ilaç adayı genler aradık. Ölümsüz fenotipte artış gösteren genlerle hasta sağkalım datalarını entegre ederek aday genler ortaya koyduk ve bu genlerden GPR133/ADGRD1 genini sonraki fonksiyonel analizlerde kullanmak üzere belirledik. Kötü prognozla ilişkili olarak, HSK hücre hatlarında ve hasta numunelerinde transkripsiyonel seviyede GPR133 seviyesinin yükseldiğini gösterdik. HepG2 hücre hatlarında GPR133ün ektopik ifadesiyle yaptığımız öncül çalışmalar neticesinde hücrelerin küresel yapı oluşturarak büyümesinde azalma ve oluşan kürelerin morfolojisinde değişiklikler gösterilmiştir. Son olarak, p53 ailesinin bir üyesi olan p73 transkripsiyon faktörüne odaklandık. Bu genin sahip olduğu karmaşık yapı nedeniyle alternatif promotör kullanımı ve alternatif C-ucu birleştirmesi birçok farklı izoform oluşturmasını sağlamaktadır. Bu alternatif izoformların HSK'daki ekspresyonları ve özgün hedefleri tam olarak aydınlatılmamıştır. Çalışmamızın bu bölümünde, HSK'nın farklı hücre hatlarında, alternatif izoformların değişken ekspresyonlarını transkript ve protein seviyesinde inceledik. Özellikle bazı HSK hücre hatlarında TAp73beta izoformuyla yaptığımız çalışmalar, hücre hattına bağlı olarak hücre döngüsünde durma ve koloni oluşturabilme yeteneklerinde azalma olduğunu göstermiştir. Biyoinformatik analizlerle TAp73beta'nın Hep3B hücrelerindeki ektopik ekspresyonundan elde ettiğimiz bulgular, TAp73beta ekspresyonunun hücre döngüsü, gelişim, büyüme sinyali, metabolizma, bağışıklık yanıtı ve stres yanıtı yolaklarıyla ilişki içinde olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, HSK tedavi sürecinde kullanılabilecek yeni aday genler belirlemeye çalıştık. Yapılacak ek çalışmalarla, bu aday genlerin HSK gelişiminde aldıkları roller belirlenebilir ve tedavi uygulamalarındaki potansiyelleri ortaya çıkartılabilir.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma (HCC) is one of the most common cancers around the world, with poor prognosis and high mortality rates. The diagnosis and effective treatment of HCC at early stages is challenging with few treatment options including surgical resection or liver transplantation. At late stages, restricted options of chemotherapy become one of the most important treatment modalities for advanced hepatocellular carcinoma, although patient survival can be enhanced by just several months. Thus, understanding the mechanisms in progression will shed light on novel therapeutic approaches that are urgently needed to increase patient survival in HCC. In our studies, we aimed to determine and identify new targets in liver cancer and evaluate them as potential therapeutic targets. Firstly, we evaluated ATAD2 (ATPase Family AAA Domain Containing 2) which was found one of the hepatocellular immortality signature gene increases in senescence escape, as a therapeutic target in HCC. The bioinformatics analysis from clinical data demonstrated the elevation of ATAD2 in HCC patients' tumors compared to non-tumors and in correlation with well-known proliferation marker Ki-67. This significant correlation was not only in HCC patient samples but also observed in the time course of rat liver regeneration. Additionally, ATAD2 was dysregulated in response to drug treatments, especially inhibition with Tunicamycin-induced apoptosis. Our in vitro findings with ATAD2 knockdown demonstrated that gene expression responses to ATAD2 inactivation in different HCC cell lines were highly heterogeneous. Secondly, the information previously gained from pre-senescent and immortal phenotypes of the HCC cell clones was used to find new therapeutic candidate genes. The integration of patient survival data with previously collected data of the genes overexpressed in immortal phenotype of the HCC cell clones revealed some candidate genes, and GPR133 (G-protein coupled receptor 133) was selected for further functional analysis. In line with poor prognosis, we showed the elevation of GPR133 in HCC cell lines and patient samples at the transcriptional level. Our preliminary functional studies with ectopic expression of GPR133 in HepG2 cell line showed decreased spheroid formation with altered morphology. Lastly, we focused on transcription factor p73, which is the member of the tumor suppressor p53 family. The complex structure of the p73 gene generates different isoforms with its alternative promoters and C-terminal splicing variants. These alternative isoforms were not fully elucidated in terms of their expression and specific targets in HCC. At this part of our studies, we determined the differential expression of varying isoforms at transcriptional and protein levels in different HCC cell lines. Our findings showed that overexpression of TAp73beta caused cell cycle arrest and inhibition of colony formation abilities in a cell line-dependent manner. Our findings by bioinformatics analysis with the ectopic expression of TAp73beta in Hep3B cells revealed that TAp73beta expression is in association with cell cycle, development, growth signaling, metabolism, immune response, and stress response pathways. In conclusion, we tried to find new candidate genes that may be targeted for HCC treatment. With additional studies, the exact mechanisms of candidate genes in HCC progression can be identified and their potentials can be revealed for therapeutic applications.
Benzer Tezler
- Kritik organ için doz tayini ve absorblanmış doz için yeni geometri faktörün saptanması
Dose determination for critical organ and ascertain of new geometry factor for absorbed dose
DOĞAN YAŞAR
Doktora
Türkçe
1999
Nükleer Mühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiNükleer Uygulamalar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. BERİL TUĞRUL
- Kamu özel iş birliği projelerinde etkin risk yönetimi için nitel risk değerlendirme modeli
Qualitative risk assessment model for effective risk management in public-private partnerships
KADİR KURU
Doktora
Türkçe
2024
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DENİZ ARTAN
- Türkiye'nin enerji verimliliğinin değerlendirilmesi: Beyaz Sertifikalar Sistemi'nin Türkiye'ye uygulanabilirliğinin incelenmesi
Turkey's energy efficiency assessment: White Certificates Systems and their applicability in Turkey
BİLAL DÜZGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜVEN KÖMÜRGÖZ KIRIŞ
- Gama ışın spektroskopisi ile 51V(18O,16O)53V reaksiyonunda 53Vçekirdeğinin gama geçişlerinin belirlenmesi
Determination of gamma transitions of 53V nuclei in 51V(18O,16O)53Vreaction by gamma ray spectroscopy
LAMAN SEYFIYEVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LATİFE ŞAHİN YALÇIN