Geri Dön

Akciğer kanseri tedavisinde biyobelirteç adayları olarak circular RNA'ların tanımlanması

Identification of circular RNAS as biomarker candidates in LUNG cancer treatment

  1. Tez No: 714303
  2. Yazar: BÜŞRA APAYDIN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE CANER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Onkoloji, Biotechnology, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

Akciğer kanseri, dünya çapında en sık görülen malignite olup, kanser ölümlerinin en önde gelen nedenleri arasında yer almaktadır. Günümüzde akciğer kanseri tedavisinde cerrahi, radyoterapi ve kemoterapi rejimlerinin çeşitli kombinasyonlarıyla multimodal bir yaklaşım uygulanmaktadır. Kanserin kompleks bir mekanizmaya sahip olması hem hastalığın tanısında hem de tedavi yönetiminde yetersizliklere ve zorluklara neden olmaktadır. Bu nedenle hastalığın erken tanısında ve tedavi takibinde kullanılabilecek biyobelirteçlere önemli bir oranda gereksinim bulunmaktadır. Halkasal RNA (circRNA)'lar gen ekspresyon düzenlenmesinde ve biyolojik mekanizmaların gelişiminde önemli rol oynamaktadır. Aynı zamanda circRNA'ların, 3′ ve 5′ polar uçları olmayan kovalent olarak kapalı dairesel ve RNAaz enzimlerine dirençli bir yapıları bulunmaktadır. Bu özellikleri nedeniyle vücut dokularında ve sıvılarında stabil olarak bulunabilirler. Bu nedenle kanserin teşhisinde, terapötik yanıtın izlenmesinde ve prognoz takibinde potansiyel biyobelirteçlerdir. Tez çalışmamızda, akciğer kanseri tedavisinde circRNA moleküllerinin ekspresyon düzeylerini araştırarak biyobelirteç olma potansiyeli taşıyanların tanımlanması amaçlanmıştır. Bunun için küçük hücreli olmayan akciğer kanseri hücre hattı olan A549 hücreleri kullanılmıştır. Bu hücre hattında karboplatin ve pemetrekset ilaç tedavisi uygulanarak 169 circRNA'nın ekspresyon seviyeleri ve bu seviyelerdeki değişiklikler araştırılmıştır. Öncelikle bu ilaçların sitotoksite testleri yapılarak IC50 değerleri tespit edilmiş ve A549 hücre hattında tek tek ve kombine tedavi uygulanmıştır. İlaç uygulaması sonrası elde edilen hücrelerden total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirilmiştir. Tasarlanan primer dizileri ile RT-qPCR yöntemiyle hedef circRNA genlerinin ekspresyon miktarları belirlenmiştir. Sonuç olarak karboplatin, pemektekset ve kombine ilaç uygulamaları akciğer kanser hücrelerinde bulunan bazı circRNA'ların ekspresyon seviyelerinde değişiklik yaparken, bazı circRNA'lar tedavi sonrası eksprese olmuşlardır. Özellikle tedavi takibinde ve yönetiminde bazı circRNA'ların biyobelirteç adayları olabilme potansiyelleri tespit edilmiştir. Bu circRNA adayları üzerinde detaylı incelemeler yapılması, in vivo ve insan örnekleri ile desteklenmesi gerekmektedir. Anahtar Kelimeler; Akciğer Kanseri; Biyobelirteç; circRNA; Karboplatin; Pemetrekset

Özet (Çeviri)

Lung cancer is the most common malignancy and among the leading cause of cancer death worldwide. Currently, a multimodal approach is used in the treatment of lung cancer with combinations of surgery, radiotherapy and chemotherapy regimens. The fact that cancer has a complex mechanism causes inadequacies and difficulties both in the diagnosis of the disease and the management of treatment. Therefore, there is an important need for biomarkers that can be used in the early diagnosis of the disease and in the follow-up of treatment. Circular RNAs (circRNAs) play an important role in regulation of gene expression and development of biological mechanism. In addition, circRNAs have a covalently closed circular structure that lacks 3′ and 5′ polar ends and is resistant to RNAase enzymes. Due to these properties, they can be found stably in body tissues and fluids. Therefore, they can be potential biomarkers in the diagnosis, monitoring of therapeutic response and prognosis of cancer. In our thesis study, it was aimed to investigate the expression levels of circRNA molecules in the treatment of lung cancer and to determine those that have the potential to be biomarkers. For this, non-small cell lung cancer cell line, A549 cells, were used. The expression levels of 169 circRNAs and the changes in these levels were investigated by applying carboplatin and pemetrexed treatment in this cell line. First, cytotoxicity tests of these drugs were performed and IC50 values were determined, and individual and combined treatments were applied in the A549 cell line. Total RNA isolation and cDNA synthesis were performed from the cells obtained after drug administration. Expression levels of circRNA genes were determined by RT-qPCR method with the designed primer sequences. As a result, while carboplatin, pemetrexed, and combined drug applications changed the expression levels of some circRNAs in lung cancer cells, some circRNAs were expressed only after treatment. In treatment follow-up and management, some circRNAs have been identified as potential biomarker candidates. Further studies on these circRNA candidates need to be performed and supported by in vivo and human studies. Keywords; Lung Cancer, Biomarker, CircRNA, Carboplatin, Pemetrexed

Benzer Tezler

  1. Baş-boyun kanser hücrelerinde biyobelirteç olarak circRNA'ların tanımlanması ve radyoterapi'nin bu biyobelirteçler üzerindeki etkilerinin araştırılması

    Identification of circular RNAs as biomarkers in head and neck cancer cells and investigation of the effects of radiotherapy on these biomarkers

    SIRRI CAN MÜFTÜOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE CANER

  2. Akciğer kanseri radyoterapisinde eksozom kaynaklı circRNA ekspresyon paternlerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of exosome derived circRNA expression patterns in LUNG cancer radiotherapy

    SAINA RAHIMI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    OnkolojiEge Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE CANER

  3. Akciğer kanserli hastalarda asprosin ve klotho seviyelerinin incelenmesi

    Examination of asprosin and klotho hormone levels in patients with lung cancer

    HASAN SAYAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyokimyaHarran Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL KOYUNCU

  4. Akciğer kanserli hastalarda sisplatin'in akut nefrotoksisitesinin hücre döngüsü duraklaması biyobelirteçleriyle değerlendirilmesi

    Evaluation of the cisplatin nephrotoxicity with the cell-cycle arrest biomarkers in patients with lung cancer

    ZEKİ TOPRAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    NefrolojiSağlık Bakanlığı

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    UZMAN EGEMEN CEBECİ

  5. Kronik obstrüktif akciğer hastalığında hastalık şiddeti, alevlenme ve sürfaktan protein B ilişkisi

    Relationship between serum surfactant protein B and disease intensity and exacerbation in chronic obstructive lung disease

    BUĞRA GÜZELBABA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Göğüs HastalıklarıÇukurova Üniversitesi

    Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDAT KULECİ