Geri Dön

Yoğun bakım hastalarının kan kültürlerinden izole edilen çoklu ilaca dirençli acinetobacter baumannii ve klebsiella pneumoniae'nin tüm genom dizileme analizi ile karşılaştırılması

Comparison of multiple drug resistant acinetobacter baumannii and klebsiella pneumoniae isolated from blood cultures of intensive care patients by whole genome sequencing analysis

PDF İndir

  1. Tez No: 715812
  2. Yazar: NOOR ABDULLAH HUSSAIN HUSSAIN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Çoklu ilaca dirençli A.baumannii, Çoklu ilaca dirençli K.pneumoniae, Tüm genom dizileme, ICII, ST2096, Multiple drug Resistant A.baumannii, Multiple drug Resistant K.pneumoniae, Whole Genome Sequencing, ICII, ST2096
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
  10. Enstitü: Cerrahpaşa Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

Amaç: Yoğun bakım ünitesinden gelen kan kültürlerinde üreyen çoklu ilaca dirençli (MDR) A.baumannii ve MDR K.pneumoniae izolatlarında direncin olası nedenlerini araştırmayı amaçladık. Yöntem: Eylül 2020-2021 sürecinde kan kültürlerinden izole edilen 5 MDR A.baumannii ve 6 MDR K.pneumoniae izolatlarının tüm genom dizilemesi ve biyoinformatik analizi yapıldı. Bulgular: A.baumannii izolatlarında ST208(n=2), ST195(n=1) ve ST425(n=2) klonları ve aph(3')-VIa(n=3), aph(3“)-Ib(n=2), aph(6)-Id(n=3), armA(n=5), sul1(n=2), sul2(n=2), tet(B)(n=3), blaADC-25(n=5), blaOXA-23(n=5) ve blaOXA-66(n=5) direnç genleri tespit edildi. Tn2006 transpozonunun blaOXA-23 geni taşıdığı ve ISAba1 insersiyon sekansının blaADC-25 geninin akış aşağısında bulunduğu gözlendi. K.pneumoniae izolatlarının ST2096(n=3), ST15(n=1), ST3227(n=1) ve ST1308(n=1) klonlarına ait oldukları bulundu ve aac(3)-IIa(n=1), aac(3)-IId(n=1), aac(6')-Ib(n=6), aph(3')-Ia(n=1), aph(3')-VI(n=1), aph(3”)-Ib(n=3), aph(6)-Id(n=3), armA(n=3), rmtC(n=1), dfrA(n=6), slu1(n=4), sul2(n=3), qnrB(n=3) blaCTX-M-15(n=5), blaCTX-M8(n=1), blaNDM-1(n=1), blaOKP-B-4(n=1), blaOXA-1(n=4), blaOXA-232(n=2), blaOXA-48(n=3), blaOXA-9(n=2), blaSHV-28(n=2), blaSHV-55(n=2) ve blaTEM-1(n=5) direnç genleri tespit edildi. Mobil genetik elementlerden (MGE); Tn1548(n=3), ISAba125(n=1), IncFIA(n=1), IncFIB(n=5), IncFII(n=2), Col440I(n=2), ColRNAI(n=1), ColpVC(n=1) ve ColKP3(n=1) bulundu. ISAba125 blaNDM-1 genin akış aşağısında tespit edildi. Tn1548, ColRNAI ve ColKP3 sırasıyla; armA, aac(6')-Ib ve blaOXA-232 genleri taşıdıkları tespit edildi. Sonuç: Tüm A.baumannii izolatlarının ICII soyundan gelmesi ve üç K.pneumoniae izolatının ST2096 klonuna ait olması; bu izolatların hastane kaynaklı olabileceklerini düşündürmektedir. A.baumannii izolatların tümünde blaoxa-23 geni taşıyan Tn2006 ile blaADC-25 genin akış aşağısında ISAba1 ve K.pneumoniae izolatların üçünde armA geni taşıyan Tn1548 ile birinde blaNDM-1 genin akış aşağısında ISAba125 MGE'lerin saptanması tür içinde yatay gen transferinin olabileceğini düşündürse de, türler arasında böyle bir bulguya rastlanmadı.

Özet (Çeviri)

Objective: We aimed to investigate possible causes of resistance in ICU MDR A. baumannii and K.pneumoniae blood culture isolates. Method: We performed whole genome sequencing of 5 MDRA.baumannii and 6 MDRK.pneumoniae isolates during September 2020-2021. Results: A.baumannii isolates clones were ST208(n=2), ST195(n=1) and ST425(n=2) and aph(3')-VIa(n=3), aph(3“)-Ib(n=2), aph(6)-Id(n=3), armA(n=5), sul1(n=2), sul2(n=2), tet(B)(n=3), blaADC-25(n=5), blaOXA-23(n=5) and blaOXA-66(n=5) resistance genes detected. blaOXA-23 was harbored in Tn2006 and ISAba1 was located downstream of blaADC-25. K.pneumoniae isolates clones were ST2096(n=3), ST15(n=1), ST3227(n=1) and ST1308(n=1) and aac(3)-IIa(n=1), aac(3)-IId(n=1), aac(6')-Ib(n=6), aph(3')-Ia(n=1), aph(3')-VI(n=1), aph(3”)-Ib(n=3), aph(6)-Id(n=3), armA(n=3), rmtC(n=1), dfrA(n=6), slu1(n=4), sul2(n=3), qnrB(n=3) blaCTX-M-15(n=5), blaCTX-M-8(n=1), blaNDM-1(n=1), blaOKP-B-4(n=1), blaOXA-1(n=4), blaOXA-232(n=2), blaOXA-48(n=3), blaOXA-9(n=2), blaSHV28(n=2), blaSHV-55(n=2) and blaTEM-1(n=5) resistance genes were detected. Tn1548(n=3), ISAba125(n=1), IncFIA(n=1), IncFIB(n=5), IncFII(n=2), Col440I(n=2), ColRNAI(n=1), ColpVC (n=1) and ColKP3(n=1) mobile genetic elements (MGE) were detected. ISAba125 was detected downstream of the blaNDM-1 gene. armA, aac(6')-Ib and blaOXA232 genes were harbored in Tn1548, ColRNAI and ColKP3 respectively Conclusion: All the A.baumannii isolates were ICII, and three of K.pneumoniae isolates were ST2096. These findings suggest the nosocomial possibility of these isolates. Our MGE observations in A.baumannii (ISAba1 downstream the blaADC-25 gene and blaoxa-23 harboring Tn2006) and K.pneumoniae isolates (ISAba125 downstream the blaNDM-1 gene and armA harboring Tn1548) highlight the potential horizontal gene transfer within species, however; such a finding was not found between species.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    782443

    Yoğun bakım hastalarından izole edilen çoklu ilaca dirençli pseudomonas aeruginosa izolatlarında amikasin, tigesiklin ve meropenemin seftolozan/tazobaktam ile kombinasyonlarının in vitro etkinliğinin araştırılması

    Investigation of in vitro efficacy of combinations of amikacin, tigecycline and meropenem with ceftolozane/tazobactam in multidrug-resistant pseudomonas aeruginosa strains isolated from intensive care patients

    ESRA YARTAŞI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEDİA DİNÇ

  2. Tez No

    782832

    Investigation of antibiotic susceptibility rateof Acinetobacter baumannii isolates identified from blood cultures

    N kültürlerinde üreyen acinetobacter baumannii izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması

    ZAID FARIS HASAN KHOSHNAW

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    MikrobiyolojiTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UMUT SAFİYE ŞAY COŞKUN

  3. Tez No

    301241

    Kan ve solunum yolu örneklerinden izole edilenacınetobacter baumannıı suşlarının fenotipik vegenotipik yöntemlerle karşılaştırılması

    Comparison of acinetobacter baumannii strains isolated from blood and respiratory tract samples with phenotypic and genotypic methods

    PINAR BEKDEMİR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞEGÜL KARAHASAN

  4. Tez No

    347827

    Türkiye'deki yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonlar: Tek günlük nokta prevalans çalışması

    To determine the prevalance of healthcare-associated infections, a major cause of morbidity and mortality in newborn intensive care unit patients.

    EREN ÇAĞAN

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMarmara Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET SOYSAL

  5. Tez No

    484601

    Yoğun bakım'da yatan hastalarda candidemi açısından risk faktörlerinin değerlendirilmesi

    Assessment of risk factors for candidemia in icu settings

    ASLIHAN ÖZEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Anestezi ve Reanimasyonİzmir Katip Çelebi Üniversitesi

    Anesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KAAN KATIRCIOĞLU

Geri Dön