Plant noncoding RNAS and comparative analysis of insect tolerance loci
Bitkilerde kodlanmayan RNA ve böcek toleransı lokuslarının karşılaştırmalı analizi
- Tez No: 721894
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MERAL YÜCE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 134
Özet
Artan dünya nüfusu gıda talebini her geçen yıl artırırken, zorlu çevresel koşullar tarımsal verimliliği tehdit etmeye devam ediyor. Bitkiler kuraklık, tuzluluk, sıcak ve soğuk gibi birçok abiyotik stresle baş etmeye çalışırken, birçok biyotik stres faktörüyle de karşı karşıya gelmektedir. Daha yüksek verimli ve daha dayanıklı gıda ürünleri elde etmek, küresel gıda güvenliğini ve sürdürülebilirliğini sağlamak için bir zorunluluktur. Son 15 yılda genom dizileme tekniklerindeki ilerlemeler, genomları algılama şeklimizde bir devrim yarattı ve karşılaştırmalı genomik çalışmaları, birçok canlıda evrimsel olarak korunan veya korunmayan, türler arası veya tür içi birçok genomik özelliğin analizini mümkün kıldı. Bu tez kapsamında, 54 soyun de novo genom dizisi kullanarak Brachypodium distachyon pangenom miRNomiklerini oluşturduk ve farklı soylardaki agronomik özelliklerin moleküler temelini ortaya çıkarmak için soylar arasındaki mikroRNA ailelerinin koruma düzeylerini ve tahmin edilen mRNA hedef proteinlerini gösterdik. İkinci bölümde, daha önce buğdayda tanımlanan 4 böcek toleransı lokusunun arpa, çavdar, pirinç ve yulaf türlerindeki homologlarında bulunan kodlanan ve kodlanmayan genomik dizilerinin karşılaştırmalı ve evrimsel analizini yaptık ve Buğdaygiller arasında homolog böcek toleransı lokuslarının farklı sinteni seviyeleri gösterdik. Üçüncü bölümde, arpa mRNA-miRNA-lncRNA'larının etkileşim ağını çözmeyi amaçlayarak 3 arpa çeşidinde miRNA ve lncRNA analizi gerçekleştirdik. Bu tezin sonuçları, gıda güvenliği ve sürdürülebilirliği için gelecekteki monokotiledon bitkilerde gen klonlama ve düzenleme çalışmalarına ışık tutacaktır.
Özet (Çeviri)
As the growing world population tremendously increases the demand for food every year, challenging environmental conditions continue to threaten agricultural productivity. While plants try to cope with many abiotic stresses such as drought, salinity, heat, and cold, they also have to cope with many biotic stress factors such as insect pests of plants. Obtaining higher-yielding and more resilient crops thus is a necessity to achieve global food security and sustainability. Advances in genome sequencing techniques over the past 15 years revolutionized the way we perceive genomes and comparative genomics studies enabled the analysis of many conserved and diverged inter/intra-specific genomic features of a wide range of organisms. Within the scope of this thesis, we constructed pangenome miRNomics of Brachypodium using de novo genome assemblies of 54 lineages and presented the conservation levels of microRNA families among lineages and their putative targets to uncover the molecular basis of agronomic traits in different lineages. In the second chapter, we carried out a comparative and evolutionary analysis of coding and non-coding features of 4 insect tolerance loci within wheat among other cereals, barley, rye, rice, and oat, and showed different levels of synteny in homologous insect tolerance loci across Poaceae species. In the third chapter, we have carried out miRNA and lncRNA identification in 3 barley cultivars, aiming to unravel the interaction network of barley mRNA-miRNA-lncRNAs. The results of this thesis will shed a light on future gene cloning and editing studies of monocots for food safety and security.
Benzer Tezler
- Investigation of the effects of long non-coding RNAs under drought stress on tomato (Solanum lycopersicum)
Kuraklık stresi altındaki domateslerde (Solanum lycopersicum) uzun kodlama yapmayan RNA'ların etkilerinin araştırılması
MEHTAP AYDIN
Doktora
İngilizce
2022
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDREW JOHN HARVEY
- miRNA'ların CRISPR sistemi kullanılarak susturulmasıyla kuraklığa tolerant domates bitkisinin geliştirilmesi
Development of drought tolerant tomato plants by knocking-out miRNAs using CRISPR system
NOURAIZ AHMED TANVEER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSA KAVAS
- Investigation of competing endogenous RNA (ceRNA) network role in leaf growth regulation during maize (Zea mays) plant and pathogenic fungus Fusarium verticillioides interactions
Mısır (Zea mays) bitkisi ve patojenik fungus Fusarium verticillioides etkileşimi sırasında yaprak büyümesi regülasyonunda rekabetçi endojen RNA (ceRNA) ağının rolünün araştırılması
ERDEM EMRE DELİGÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA AYDINOĞLU
- Genome-wide microRNA identification in drought tolerant wild emmer wheat: Assesment of antimicrobial activity of surface active antimic agent on raw fruit and vegetable packaging
Kuraklığa dirençli yabani buğday genomunda mikroRNA tesbiti: Yüzey aktif antimikrobiyal antimic ürününün yaş meyve ve sebze paketlemede etkinliğinin değerlendirilmesi
REYYAN FATİMA BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
GenetikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİKMET BUDAK
- Identification and characterization of conserved micrornas in wheat (Triticum monococcum ssp. monococcum) by high-throughput sequencing and computational analysis
Siyez (Triticum monococcum ssp. monococcum) buğdayında korunmuş mi̇kro rnalarin yüksek verimli dizileme ve simulasyon analizleriyle tanımlanarak karakterize edilmeleri
SARA BATAW
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUSRET ZENCİRCİ
DR. ERCAN SELÇUK ÜNLÜ