Sağlıklı ve Salmonella ile enfekte ratlarda yeni nesil sekanslama yöntemi ile mikrobiyota analizi
Microbiota analysis by next generation sequencing method in healthy and Salmonella-infected rats
- Tez No: 721973
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Mikrobiyota, Salmonella typhimurium, Sıralama, Sıçanlar, Microbiota, Salmonella typhimurium, Ordering, Rats
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma kapsamında Salmonella Typhimurium 14028 suşu ve onun dam ve seqA geni delesyonlu iki mutantının, rat kalın bağırsak mikrobiyotası üzerine etkinliği araştırıldı. Bakteriyal suşların oral dozlama yolu ile ratlara verilmesinden sonra 3 günlük aralıklarla 9 gün boyunca alınan rektal swap örneklerinde tanımlayıcı RNA-dizileme çalışmaları yürütüldü. Biyoinformatik ve istatistiki analizler sonucunda, S. Typhimurium 14028 uygulanan rat gruplarında, kontrol grubuna oranla filum düzeyinde firmikutların nispi oranında düşme (p<0.05) klamidyaların nispi oranında ise artış (p<0.05) tanımlandı. S. Typhimurium 14028 uygulamasının tipik bir diğer sonucu ise, aktinobakterlerin nispi oranında artış olarak tespit edildi (p<0.05). Ancak, S. Typhimurium 14028 suşunun rat kalınbağırsak mikrobiyotasında patojenlerin lehine yarattığı disbiyozun, büyük oranda dam ve seqA mutantlarında gerçekleşmediği saptandı. Filum düzeyindeki bu gözlem genellemeleri, analizi yapılan tüm taksonomik gruplarda devam etti. Tür seviyesinde ise S. Typhimurium 14028 suşunun, rat kalınbağırsak florasında; özellikle Acinetobacter lwoffii, Jeotgalicoccus psychrophylus, Corynebacterium mastitis ve Corynebacterium stationi (seqA mutantı da bu tür üzerinde aynı etkiyi gösterdi) türlerini teşvik ettiği belirlendi. Diğer yandan S. Typhimurium 14028 tipik olarak Blautia producta türünün eliminasyonuna yol açtı. Bu bulgular, S. Typhimurium 14028 suşunun fare kalın bağırsak mikrobiyotasında disbiyoza neden olduğunu ve ayrıca bu suşun dam ve seqA mutantlarında bu yeteneğin kaybolduğunu kanıtladı.
Özet (Çeviri)
In this study, the effectiveness of Salmonella Typhimurium 14028 strain and its two mutants with dam and seqA gene deletion on rat large intestine microbiota was investigated. Descriptive RNA-sequencing studies were conducted on rectal swap samples taken at 3-day intervals for 9 days after oral dosing of bacterial strains to rats. As a result of bioinformatics and statistical analyzes, a decrease in the relative ratio of Firmicutes at the phylum level (p<0.05) and an increase in the relative ratio of Chlamydiae (p<0.05) were determined in the rat groups treated with S. Typhimurium 14028 compared to the control group. Another typical result of S. Typhimurium 14028 application was an increase in the relative ratio of Actinobacteria (p<0.05). However, it was qualified that the dysbiosis caused by S. Typhimurium 14028 strain in favor of pathogens in the rat colon microbiota did not occur mostly in dam and seqA mutants. These generalizations of observation at the phylum level persisted in all taxonomic groups analyzed. At the species level, it was determined that S. Typhimurium 14028 strain promoted especially Acinetobacter lwoffii, Jeotgalicoccus psychrophylus, Corynebacterium mastitis and Corynebacterium stationi (seqA mutant also showed the same effect on this species) in the rat colon flora. S. Typhimurium 14028, on the other hand, typically led to the elimination of Blautia producta. These findings proved that S. Typhimurium 14028 strain causes dysbiosis in mouse colon microbiota and also this ability is lost in dam and seqA mutants of this strain.
Benzer Tezler
- Endotoksemik koyunlarda marbofloksasinin farmakokinetiğinin belirlenmesi
Determination of pharmacokinetics of marbofloxacin in endotoxemic sheep
DEVRAN COŞKUN
Doktora
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiSelçuk ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENVER YAZAR
DOÇ. DR. ORHAN ÇORUM
- Salmonella enterica türlerinin CRISPR interference (CRISPRi) sisteminin yapısal analizi
Structural analysis of CRISPR interference (CRISPRi) system of Salmonella enterica species
NAZENİN EFTEKHARİ
- Sağlıklı ve diareli kedi dışkılarında salmonella spp. varlığının bakteriyolojik ve moleküler yöntemler (PCR) ile saptanması
Investigation of salmonella spp. in healthy and diarrheic cat feces by bacteriologic and polimerase chain reactions (PCR)
AHMET ZENGİNER
Doktora
Türkçe
2018
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiVeterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU FUNDA BAĞCIGİL
- Kasaplık koyun karkas, yenilebilir iç organ ve fekal örneklerinde salmonella prevalansının ISO 6579 ile belirlenmesi ve antimikrobiyal direnç profillerinin saptanması
Determination of salmonella prevalence with ISO 6579 and antimicrobial resistance profiles in slaughter sheep carcass, edible offal and fecal samples
TALHA ŞERBETCİOĞLU
Doktora
Türkçe
2021
Besin Hijyeni ve TeknolojisiBursa Uludağ ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAN TEMELLİ
- Salmonella ve jenerik Escherichia coli kontaminasyonu ve tüketici risk faktörlerinin soğan (Allium cepa l.) için değerlendirilmesi
Assessment of salmonella and generic Escherichia coli contamination and consumer risk factors for onions (Allium cepa l.)
HASAN IŞIK
Doktora
Türkçe
2025
Gıda MühendisliğiMuş Alparslan ÜniversitesiGıda Güvenliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNAL TOPALCENGİZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ HARUN ÖNLÜ