Geri Dön

Primer antitüberküloz ilaçlara dirençli mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının moleküler yöntemlerle genotiplendirilmesi

Genotyping of mycobacterium tuberculosis complex isolates resistant to primary antituberculosis DRUGS by molecularmethods

PDF İndir

  1. Tez No: 723110
  2. Yazar: İBRAHİM HALİL ŞAHİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NEZAHAT AKPOLAT
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dicle Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 121

Özet

Amaç: Fenotipik olarak primer anti-tüberküloz ilaçlara dirençli olduğu saptanan Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK) izolatlarının spoligotipleme, MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units –Variable Number of Tandem Repeats) yöntemleriyle genotiplendirilmesi ve dirence neden olan mutasyonların tespit edilmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2014-Ağustos 2019 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Hastanesi Laboratuvarı Mikobakteriyoloji biriminde klinik materyallerden izole edilen ve MGIT 960 sistemi ile primer antitüberküloz ilaçlara dirençli olduğu saptanan MTBK izolatları dahil edildi. Toplam 69 izolatın 32'si (%46.4) çoklu ilaç dirençli (ÇİD), 34'ü (%49.3) izoniazid (INH) ile birlikte primer anti-tüberküloz ajanlardan bir veya birkaçına, üçü (%4.3) ise rifampine (RIF) dirençliydi. İzolatlar spoligotipleme ve 15 lokus MIRU-VNTR yöntemleri ile genotipik çeşitlilik ve klonal ilişkiler yönünden değerlendirildi, GenoType MTBDR plus (Hain Lifescience, Almanya) kiti ile dirençle ilişkili gen mutasyonları saptandı. Bulgular: Spoligotipleme sonucu en çok üyeye sahip aileler T1 (%55.4) ile TUR (%13.8) idi. İzolatların yaklaşık üçte biri (%36.92) T1 ailesinin SIT53'ünde, %9.23'ü SIT284, %12.31'i SIT41'de ve %0.77'si herhangi bir aileye dahil olmayan spoligotip SIT2560'ta kümelendi. Yedi izolat SIT2560, birer izolat SIT4, SIT608 ve bir izolat da orphan suş olarak tanımlandı. RIF dirençli izolatların 19'unda (%57.6) saptanan, rpoB geninin 531. Gen bölgesindeki TCG/TTG mutasyonu dirençten sorumlu en yaygın mutasyondu. INH dirençli izolatların 14'ünde (%46.7) katG315 gen bölgesinde AGC/ACC mutasyonu, 8'inde (%26.7) ise inhA gen bölgesinin -15 pozisyonunda C/T mutasyonları saptandı. Sonuç: İzolatlarımızın kümelendiği majör familyaların %55.4 ile T1 ve %13.8 ile TUR olduğu, saptanan kümelerin genellikle farklı illerden gelen hastalara ait karışık izolatlardan oluştuğu ve aralarında klonal ilişki bulunmadığı, dirençli izolatların literatürde belirtilen yaygın mutasyonlar gösterdikleri saptandı.

Özet (Çeviri)

Aim: Genotype determination of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) isolates, which were phenotypically resistant to primary anti-tuberculosis drugs, by spoligotyping and Mycobacterial interspersed repetetive units, (MIRU) - variable number of tandem repeat (VNTR) typing methods was aimed. Materials and Methods: MTBC strains isolated from clinical materials in Dicle University Hospital Laboratory Mycobacteriology unit and found to be resistant to primary antituberculosis drugs with the MGIT 960 system between January 2014 and August 2019 were included. Of the 69 isolates, 32 (46.4%) were multi-drug resistant (MDR), 34 (49.3%) were resistant to one or more of the primary anti-tuberculosis agents in addition to isoniazid (INH), and three (4.3%) were resistant to rifampin (RIF). Isolates were evaluated in terms of genotypic diversity and clonal associations by spoligotyping and 15 loci MIRU-VNTR methods. Resistance genes were determined by GenoType MTBDR plus (Hain Lifescience, Germany). Results: Families with the highest number of members by spoligotyping were T1 (55.4%) and TUR (13.8%). Approximately one-third (36.92%) of the isolates clustered in SIT53 of T1 family, 9.23% in SIT284, 12.31% in SIT41, and 0.77% in the spoligotype SIT2560, which was not included in any family. Seven isolates were identified as SIT2560, one isolate SIT4, SIT608 and orphan strain. TCG/TTG mutation in the 531st gene region of the rpoB gene, found in 19 (57.6%) of the RIF resistant isolates, was the most detected mutation responsible for resistance. AGC/ACC mutations were found in the katG315 gene region in 14 (46.7%) of the INH resistant isolates, and C/T mutations were detected in the -15 position of the inhA gene region in 8 (26.7%) of the INH resistant isolates. Conclusion: The major families in which our isolates clustered were T1 with 55.4% and TUR with 13.8%, the clusters determined were generally mixed isolates from patients from different provinces and there was no clonal relationship between them, and resistant isolates showed common mutations stated in the literature.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    310194

    Klinik örneklerden izole edilen mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının sekonder antitüberküloz ilaçlara direncinin agar proporsiyon yöntemi ile araştırılması.

    Investigation the resistance of mycobacterium tuberculosis complex strains isolated from clinical specimens against secondary antituberculosis drugs by using agar proportion method

    ŞİNASİ SAĞIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FARUK AYDIN

  2. Tez No

    694111

    Primer anti-tüberküloz ilaçlara dirençli ve duyarlı mycobacterium tuberculosis kompleksi izolatlarında ethambutol direnci ile ilişkili EMBA, EMBB ve EMBC gen mutasyonlarının araştırılması

    Investigation of EMBA, EMBB and EMBC gene mutations related to ethambutol resistance in mycobacterium tuberculosis complex isolates resistant and susceptible to primary anti-tuberculosis drugs

    NURBANU YAŞAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiMersin Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER

    PROF. DR. GÖNÜL ASLAN

  3. Tez No

    386477

    Mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının BACTEC MGIT 960 sistemiyle primer antitüberküloz ilaçlara direncinin araştırılması

    Invastigation of primary antituberculosis drug resistance using BACTEC MGIT 960 system in Mycobacterium tuberculosis complex strains

    YUSUF SAĞLAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Mikrobiyolojiİzmir Katip Çelebi Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İLHAN AFŞAR

  4. Tez No

    304500

    Mycobacterıum tuberculosıs suşlarında primer antitüberküloz ilaç direncinin BACTEC MGIT 960 sistemi ile araştırılması

    Invastigation of primary antitüberculosis drug resistance using BACTEC MGIT 960 system in mycobacterium tuberculosis strains

    MEVLİYE ZEKİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiHarran Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FADİLE YILDIZ ZEYREK

  5. Tez No

    118429

    Tüberküloz basilleri kompleks'inin izoniazid ve rifampisin duyarlılıklarının real-time PCR floresans rezonans enerji transferi) yöntemi ile araştırılması

    Identification of susceptibilities isoniazid and rifampicin by real-time PCR (fluorescence resonance energy transfer) in tuberculosis bacilli complex

    MERYEM ÇETİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    MikrobiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT GÜNAYDIN

Geri Dön