Geri Dön

Ankilozan spondilit hastalığının moleküler mekanizmasının çoklu-omik verilerin entegre analizi ile incelenmesi

Investigation of molecular mechanism of ankylosing spondylitis by multi-omics data integration

PDF İndir

  1. Tez No: 730006
  2. Yazar: KEREM UZALA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Omik veri, Sistem biyolojisi, Spondilit-ankilozan, Veri birleştirme, Bioinformatics, Omics data, Systems biology, Spondylitis-ankylosing, Data pooling
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Ankilozan spondilit (AS), aksiyal spondiloartropatiler grubundan; kronik, otoimmün bir inflamatuar artrittir. AS, birincil olarak omurga ve kuyruk sokumu eklemlerini tutarak sırt ağrısı, hareket kısıtlığı ve omurga kaynaşmasına neden olmakla birlikte, vücuttaki diğer eklemleri ve göz, bağırsak ve deri gibi organları da etkilemektedir. Dünyada AS görülme sıklığı yaklaşık %1'dir. HLA-B27 geni, AS oluşumunun %80-90'ından sorumlu olmakla beraber, HLA-B27 genine sahip insanların sadece %5'i AS geliştirmektedir. Ayrıca, HLA-B27 geninin AS oluşumu nasıl başlattığı da bilinmemektedir. Bu çalışma, AS hastalığının moleküler mekanizmasının daha iyi anlaşılabilmesi ile teşhis ve tedaviye yönelik yeni biyobelirteçlerin bulunabilmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu bağlamda, çeşitli seviyelerdeki -omik verilerin entegre analizi gerçekleştirilmiştir. Transkriptomik çalışmalar kapsamında üç ayrı veri seti üzerinde diferansiyel gen ekspresyonu (DEG) ve ağırlıklandırılmış gen birlikte anlatım ağ analizi (WGCNA) gerçekleştirilmiştir. Epigenomik çalışmalar için diferansiyel metile gen (DMG) tespiti yapılmıştır. Regülomik çalışmalar kapsamında difreansiyel metile gen promotörlerine bağlanan transkripsiyon faktörleri (TF) ile bunların hedef genleri tespit edilmiştir. En son aşamada ise promotörü diferansiyel metile olmuş genler, bu genleri kontrol eden TF'ler ve bu TF'lerin hedefleri kullanılarak bağlama özel bir protein-protein etkileşim ağı (PPI) kurulmuş ve transkriptomik veriler bu ağ üzerine haritalanarak epigenetik ve diğer düzenleyici faktörlerin etkisi altında ekspresyon seviyesi değişen genler tespit edilmiştir. Buna göre tespit edilen genler, AS hastalığının moleküler mekanizmasına daha fazla ışık tutabilecek olup, teşhis ve tedavide yeni biyobelirteçler olarak önerilebilir.

Özet (Çeviri)

Ankylosing spondylitis (AS) is a member of axial spondyloarthropathies and it is a chronic, autoimmune inflammatory arthritis. AS primarily affects the spine and sacroiliac joint causing back pain, limitation of movement and vertebral joint fusion. It also affects other joints in the body and organs such as eyes, intestine and skin. The prevalence of AS in the world is approximately 1%. Although the HLA-B27 gene is responsible for 80-90% of AS, only 5% of people with the HLA-B27 gene develop AS. Furthermore, how the HLA-B27 gene initiates AS is still unknown. This study was carried out in order to better understand the molecular mechanism of AS and to find new biomarkers for diagnosis and treatment. In this context, integrated analysis of -omic data at various levels has been conducted. Within the scope of transcriptomic studies, differential gene expression (DEG) and weighted gene co- expression network analysis (WGCNA) were performed on three separate data sets. Differential methylated gene (DMG) detection was performed for epigenomic studies. For regulomic studies, transcription factors (TF) binding to differential methylated gene promoters and their target genes were determined. Lastly, a context- specific protein-protein interaction network (PPI) was established by using differentially methylated genes, the TFs controlling these genes, and the targets of TFs, and transcriptomic data were mapped onto this network to find the genes that are differentially expressed due to control by epigenetic and other regulatory mechanisms. Accordingly, the detected genes may shed more light on the molecular mechanism of AS and may be recommended as new biomarkers in diagnosis and treatment.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    359759

    Türk Ankilozan Spondilitli hastalar için olası genetik faktörlerin ve rollerinin saptanması amacıyla biyolojik örnek havuzu oluşturulması

    Forming a biological sample pool with the aim of determining potential genetic factors and roles for the Turkish patients with Ankylosing Spondylitis

    FERNUR ÇAPA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURULLAH AKKOÇ

    DOÇ. DR. ZEYNEP SERCAN

  2. Tez No

    849248

    Ankilozan spondilit hastalığının tedavisine yönelik hesaplamalı ilaç geliştirme çalışmaları

    Computational drug development studies for the treatment of ankylosing spondylitis disease

    MUHAMMET BAHATTİN ŞIHLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE YALÇIN ÖZKAT

  3. Tez No

    761959

    Ankilozan spondilitli hastalarda serum TRACP5A ve TRACP5B düzeyleri ve hastalık parametreleri ile ilişkilerinin araştırılması

    Investigation of serum TRACP5A and TRACP5B levels and their relationship with disease parameters in patients with ankylosing spondilitis

    MERVE BANU KURTPINAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonErciyes Üniversitesi

    Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET KIRNAP

  4. Tez No

    528966

    Computational dynamical characterization of human major histocompatibility complex proteins

    İnsan büyük doku uygunluk kompleksi proteinlerinin hesaplamalı yöntemler ile dinamik karakterizasyonu

    ONUR SERÇİNOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA

  5. Tez No

    737961

    Expression, purification, and characterization of soluble recombinant TNFR1

    Çözünür rekombinant TNFR1'in üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu

    DERYA HATİPOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

Geri Dön