Ankilozan spondilit hastalığının moleküler mekanizmasının çoklu-omik verilerin entegre analizi ile incelenmesi
Investigation of molecular mechanism of ankylosing spondylitis by multi-omics data integration
- Tez No: 730006
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyolojik Veri Bilimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 184
Özet
Ankilozan spondilit (AS), aksiyal spondiloartropatiler grubundan; kronik, otoimmün bir inflamatuar artrittir. AS, birincil olarak omurga ve kuyruk sokumu eklemlerini tutarak sırt ağrısı, hareket kısıtlığı ve omurga kaynaşmasına neden olmakla birlikte, vücuttaki diğer eklemleri ve göz, bağırsak ve deri gibi organları da etkilemektedir. Dünyada AS görülme sıklığı yaklaşık %1'dir. HLA-B27 geni, AS oluşumunun %80-90'ından sorumlu olmakla beraber, HLA-B27 genine sahip insanların sadece %5'i AS geliştirmektedir. Ayrıca, HLA-B27 geninin AS oluşumu nasıl başlattığı da bilinmemektedir. Bu çalışma, AS hastalığının moleküler mekanizmasının daha iyi anlaşılabilmesi ile teşhis ve tedaviye yönelik yeni biyobelirteçlerin bulunabilmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu bağlamda, çeşitli seviyelerdeki -omik verilerin entegre analizi gerçekleştirilmiştir. Transkriptomik çalışmalar kapsamında üç ayrı veri seti üzerinde diferansiyel gen ekspresyonu (DEG) ve ağırlıklandırılmış gen birlikte anlatım ağ analizi (WGCNA) gerçekleştirilmiştir. Epigenomik çalışmalar için diferansiyel metile gen (DMG) tespiti yapılmıştır. Regülomik çalışmalar kapsamında difreansiyel metile gen promotörlerine bağlanan transkripsiyon faktörleri (TF) ile bunların hedef genleri tespit edilmiştir. En son aşamada ise promotörü diferansiyel metile olmuş genler, bu genleri kontrol eden TF'ler ve bu TF'lerin hedefleri kullanılarak bağlama özel bir protein-protein etkileşim ağı (PPI) kurulmuş ve transkriptomik veriler bu ağ üzerine haritalanarak epigenetik ve diğer düzenleyici faktörlerin etkisi altında ekspresyon seviyesi değişen genler tespit edilmiştir. Buna göre tespit edilen genler, AS hastalığının moleküler mekanizmasına daha fazla ışık tutabilecek olup, teşhis ve tedavide yeni biyobelirteçler olarak önerilebilir.
Özet (Çeviri)
Ankylosing spondylitis (AS) is a member of axial spondyloarthropathies and it is a chronic, autoimmune inflammatory arthritis. AS primarily affects the spine and sacroiliac joint causing back pain, limitation of movement and vertebral joint fusion. It also affects other joints in the body and organs such as eyes, intestine and skin. The prevalence of AS in the world is approximately 1%. Although the HLA-B27 gene is responsible for 80-90% of AS, only 5% of people with the HLA-B27 gene develop AS. Furthermore, how the HLA-B27 gene initiates AS is still unknown. This study was carried out in order to better understand the molecular mechanism of AS and to find new biomarkers for diagnosis and treatment. In this context, integrated analysis of -omic data at various levels has been conducted. Within the scope of transcriptomic studies, differential gene expression (DEG) and weighted gene co- expression network analysis (WGCNA) were performed on three separate data sets. Differential methylated gene (DMG) detection was performed for epigenomic studies. For regulomic studies, transcription factors (TF) binding to differential methylated gene promoters and their target genes were determined. Lastly, a context- specific protein-protein interaction network (PPI) was established by using differentially methylated genes, the TFs controlling these genes, and the targets of TFs, and transcriptomic data were mapped onto this network to find the genes that are differentially expressed due to control by epigenetic and other regulatory mechanisms. Accordingly, the detected genes may shed more light on the molecular mechanism of AS and may be recommended as new biomarkers in diagnosis and treatment.
Benzer Tezler
- Türk Ankilozan Spondilitli hastalar için olası genetik faktörlerin ve rollerinin saptanması amacıyla biyolojik örnek havuzu oluşturulması
Forming a biological sample pool with the aim of determining potential genetic factors and roles for the Turkish patients with Ankylosing Spondylitis
FERNUR ÇAPA
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURULLAH AKKOÇ
DOÇ. DR. ZEYNEP SERCAN
- Ankilozan spondilit hastalığının tedavisine yönelik hesaplamalı ilaç geliştirme çalışmaları
Computational drug development studies for the treatment of ankylosing spondylitis disease
MUHAMMET BAHATTİN ŞIHLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE YALÇIN ÖZKAT
- Toplumumuzda ankilozan spondilit hastalığına genetik yatkınlığın kütle spektroskopisi ile belirlenmesi
Determination of genetic susceptibility to ankylosing spondylitis disease by mass spectroscopy in our society
EKREM AKBULUT
Doktora
Türkçe
2015
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- Ankilozan spondilit'in moleküler ve immün patogenezinin incelenmesi
Investigation of molecular and immune pathogenesis of ankylosing spondylitis
ŞEYMA ÇOLAKOĞLU ÖZKAYA
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CAN ERZİK
- Association of HLA-B27 with ankylosing spondylitis in the population of Duhok/Iraqi patients
Duhok, Irak hasta popülasyonunda HLA-B27'nin ankilozan spondilit ile ilişkisi
OMAR MOHAMMED YOUNUS ALASAADI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Moleküler TıpKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SABAHATTİN CÖMERTPAY