Identification of TF-mediated dynamics of signalling pathways in stem cell reprogramming and differentiation using NGS data
Kök hücrelerin farklılaşmasında ve geri programlanmasında sinyal yollarının TF-aracılı dinamiklerinin NGS verileri kullanılarak tanımlanması
- Tez No: 731289
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biostatistics, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Uyarılmış pluripotent kök hücreler (iPS hücreleri), bir organizmadan somatik hücrelerdeki kök hücrelerin özelliklerinin geri kazandırılmasıyla oluşturulur. Uyarılmış pluripotent kök hücrelerin kullanımı tıpta, özellikle rejeneratif ve kişiselleştirilmiş tıpta büyük umutlar vaat etmektedir. iPSC'ler, spesifik transkripsiyon faktörlerinin ekspresyonunun arttırılması gibi metotlarla pluripotensiteye yeniden programlanabilen somatik hücrelerden oluşturulmaktadırlar. iPSC kullanımına dayanan teknikler, hastalık mekanizmalarını anlamak, ilaç içeriklerini keşfetmek ve yeni terapötik müdahaleler geliştirmek için araçlar sağlar. iPSC'nin somatik hücrelerden yeniden programlanması ve somatik hücrelerin iPSC'den farklılaşması, yeniden programlama mekanizmalarının ve sinyal yollarının aktivasyonu ile gerçekleşir. Transkripsiyon faktörlerinin (TF'ler) ifadesinin artması veya baskılanması bu düzenleyici ağları etkiler. Sinyal yollarını etkileyen transkripsiyon faktörlerinin ve spesifik genlerin tanımlanması, hücre farklılaşma mekanizmalarını ortaya çıkarmak için önemli bir adımdır ve bu yolların zamana bağlı değişimleri incelenerek hücre farklılaşma mekanizmaları hakkında daha fazla bilgi elde etmek mümkündür. Epigenetik işaretlerde, TF'lerde ve spesifik genlerin ifade seviyelerindeki zamana bağlı değişiklikler, RNA-Seq ve ChIP-Seq gibi omik teknolojileri kullanılarak ortaya konabilir. Bu çalışmanın temel amacı, farklılaşma ve yeniden programlama süreçlerinin karşılaştırılması ve bu iki sürecin transkriptom ve epigenomik veri setleri kullanılarak tersinirliğinin incelenmesidir. Amacım verimli hücre farklılaşması için yeni stratejiler önermek, farklılaşma süreçlerinin tersine çevrilebilirliğini test etmek ve ayrıca bu süreçlerin arkasındaki mekanizmalara ışık tutmaktır.
Özet (Çeviri)
Induced pluripotent stem cells (iPSCs) are formed by restoring features of the stem cells in somatic cells from an organism. Use of induced pluripotent stem cells holds great promise in medicine, especially regenerative and personalized medicine. iPSCs originate from somatic cells which are reprogrammed into pluripotency via directed methods such as expression of specific transcription factors. iPSC-associated techniques provide tools to understand disease mechanisms, discover drug contents and develop new therapeutic interventions. Reprogramming of iPSC from somatic cells and differentiation of somatic cells from iPSC takes place by activation of reprogramming mechanisms and their signaling pathways. Expression or repression of transcription factors (TFs) regulate these pathways. The identification of transcription factors and specific genes affecting signaling pathways is an important step in revealing cell differentiation mechanisms. Further insights about cell differentiation mechanisms can be obtained by studying the time-dependent activities of these pathways. Time dependent change in the epigenetic marks, TFs and expression of the specific genes can be profiled using omics technologies such as RNA-Seq and ChIPSeq. The main target of this study is a comparison of the differentiation and reprogramming processes and examining the reversibility of these two processes using transcriptome and epigenomics datasets. My aim is to propose new strategies for efficient cell differentiation, test the reversibility of differentiation processes, in addition, to shed light on mechanisms behind these processes.
Benzer Tezler
- Identification of modulatory functions of TP53, estrogen signaling, and 14q32.31 mirna cluster on chrna5 knock-down expression profile and development of syneRgy APP
Tp53, östrojen sinyal yolaği, ve 14q32.31 miRNA grubu'nun CHRNA5 deplesyon ifade profili üzerine etkilerinin belirlenmesi ve syneRgy uygulamasının geliştirilmesi
AYŞE GÖKÇE KEŞKÜŞ
Doktora
İngilizce
2021
Biyoistatistikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiDisiplinlerarası Sinir Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- The use of different statistical tools in the identification of perturbation-responsive transcription factors in yeast
Değişimlere yanıt veren transkripsiyonel faktörlerin belirlenmesinde istatistiksel araçların kullanımı
NİL ÇINAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
BiyoistatistikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Sparsity and convex programming in time-frequency processing
Seyreklik ve konveks programlama ile zaman-frekans işleme
ZEYNEL DEPREM
Doktora
İngilizce
2014
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ENİS ÇETİN
- Yerel Mavidil virusu izolatlarının Plak Redüksiyon Nötralizasyon (PRN) ve Reverz Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PZR) teknikleri ile serotipik identifikasyonu
Serotypic identification of local Bluetongue virus isolates using Plaque Reduction Neutralization (PRN) and Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Techniques
VOLKAN YILMAZ
