Computational determination of potential CK2 inhibitors
CK2 (kasein kinase II) potansiyel inhibitörlerinin hesapsal olarak belirlenmesi
- Tez No: 739246
- Danışmanlar: PROF. DR. NİHAN ÇELEBİ ÖLÇÜM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Kazeinler, Protein kinaz C, İnhibitör, Caseins, Protein kinase C, Inhibitor
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Protein kinaz CK2 (kazein kinaz II), hücrenin hayatta kalmasını desteklemedeki fizyolojik rolü ve birçok kanser hücresindeki düzensizliği nedeniyle son yıllarda kimyasal inhibitörlerin gelişimi için önemli bir fizyopatolojik hedef olmuştur. Klinik çalışmalarında bir CK2 inhibitörü olan Silmitasertib olarak da bilinen (5-(3chlorophenylamino) benzo[c][2,6] naphthyridine-8-carboxylic acid) CX-4945'e benzer etkili ilaç adayları geliştirmek için çok çaba sarf edilmiş olup klinik çalışmalarda faz 2 aşamasına geçirilen tek potansiyel CK2 inhibitörüdür. Tiyenobenzokarbazoller, piridokarbazollerin biyoizosteri nedeniyle çok yüksek biyolojik potensiyel sergilemelerine ve CK2 inhibitörleri olarak büyük potansiyele sahip olmalarına rağmen, aktiviteleri hesaplamalı veya deneysel olarak araştırılmamıştır. Bu çalışmada, tiyenobenzokarbazoller, CX-4945 ile yapısal benzerlik gösterdikleri için CK2 inhibitörleri olarak hesaplamalı araştırılmıştır. Tiyenobenzokarbazol türevlerinin CK2'ye bağlanma modelleri, hesaplama yöntemleri kullanılarak incelenmiştir. Çalışmanın ilk aşamasında, CX-4945'e kıyasla nispeten daha düşük docking skorlarına sahip olduğu bulunan 33 AK molekülünün bağlanma afinitelerini geliştirmek amacıyla seçilen bileşikler, hesaplamalı türevlendirme araçları kullanılarak yapısal olarak modifiye edildi. Bu yeni türevler CK2 aktif bölgesine kenetlenerek, geliştirilmiş afinitelere sahip inhibitör adayları tanımlandı. İkinci adımda, CK2 ve seçilen inhibitör adayları arasındaki potansiyel etkileşimler, dinamik ve çözülmüş bir ortamda moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırıldı. Sonuçlarımıza göre, tiyenobenzokarbazol türevi olan K93'ün, CK2 inhibitörü adayı olabileceği gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Protein kinase CK2 (casein kinase II) has been an important physiopathological target for the development of chemical inhibitors in recent years due to its physiological role in supporting the survival of the cell and its irregularity in many cancer cells. CX-4945, also known as Silmitasertib, (5-(3chlorophenylamino) benzo[c][2,6] naphthyridine-8-carboxylic acid), is so far the only drug candidate targeting CK2 that is in phase 2 human clinical trials. Therefore, there is significant interest in developing efficient CK2 inhibitors for cancer treatment. Although thienobenzocarbazoles, bioisosteres of pyridocarbazoles that display very high biological potency, have great potential for CK2 inhibition, their activities have not been explored computationally, nor experimentally. In this thesis, thienobenzocarbazoles were computationally explored as potent CK2 inhibitors. The binding patterns and affinities of thienobenzocarbazole derivatives to CK2 were investigated using docking studies and molecular dynamics simulations. With the aim of improving the binding affinities of the 33 parent thienobenzocarbazoles that were found to have relatively lower docking scores compared to CX-4945, selected compounds were further structurally modified using computational derivatization tools generating a new library of thienobenzocarbazole derivatives. Docking of these new derivatives to CK2 active site identified inhibitor candidates with improved affinities. Potential interactions between CK2 and selected inhibitor candidates were then investigated using molecular dynamics simulations in a dynamic and solvated environment. Our results suggest that thienobenzocarbazole derivative“K93”can be a promising candidate for additional development targeting CK2 inhibition.
Benzer Tezler
- Determination of computational domain boundaries for viscous flow around two dimensional bodies
2 boyutlu cisimler etrafındaki vizkoz akım için hesaplama alanı sınırlarının bulunması
MUSTAFA MAZHAR BASA
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Havacılık ve Uzay MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. İSMAİL AYDIN
- Synthesis and characterization of silica aerogels as novel thermal insulation materials – experimental and computational determination of thermal conductivity
Yenilikçi bir yalıtım malzemesi olarak silika aerojellerin üretilmesi ve karakterizasyonu – ısıl iletkenlik katsayılarının deneysel ve hesaplamalı belirlenmesi
SELAY SERT ÇOK
Doktora
İngilizce
2021
Kimya MühendisliğiEge ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLAY GİZLİ
- Analytical determination of N-acetylneuraminic acid and serotonin using various techniques and computational insights into their selective interaction
N-asetilnöraminik asit ve serotoninin çeşitli yöntemler kullanılarak analitik belirlenmesi ve seçici ilişkilerine hesaplamalı bakış açısı
BEGÜM AVCI
Doktora
İngilizce
2025
KimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜRVET VOLKAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ EROL YILDIRIM
- Eskişehir'de uçucu organik bileşiklerin (VOC) emisyon potansiyelinin belirlenmesi
Determination of emission potential of volatile organic compounds (VOCs) in Eskişehir
A. ELİF ATASOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Çevre MühendisliğiAnadolu ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TUNCAY DÖĞEROĞLU
PROF. DR. SERAP KARA
- Bazı piridazin türevi bileşiklerin yapılarının deneysel ve hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi
Determination of some pyridazine derivative structures with experimental and computational methods
EMİNE BERRİN ÇINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Fizik ve Fizik MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NECMİ DEGE