Glioblastoma multiforme, menenjiyom (birincil) ve metastaz (ikincil) beyin tümörlerine ait fenotiplerin belirlenmesinde kullanılacak bütünleşik omiks analizler için analitik yöntem geliştirilmesi ve uygulanması
Development and implementation analytical methods for integrated omics analyses to be used to identify phenotypes of glioblastoma multiforme, meningioma (primary) and metastasis (secondary) brain tumors
- Tez No: 740056
- Danışmanlar: PROF. DR. NURSABAH ELİF BAŞCI AKDUMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Moleküler Tıp, Onkoloji, Pharmacy and Pharmacology, Molecular Medicine, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Analitik Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 296
Özet
Genotip ve fenotip arasındaki doğrudan nedensel ve fonksiyonel bağlantıları göstermek için protein, metabolit ve lipit gibi ara moleküler seviyelerin kapsamlı şeklilde incelenmesi çok önemlidir. Kapsamlı metabolomik ve lipidomik analizler için birden çok analitik tekniğe ve analiz koşullarının optimizasyonuna ihtiyaç vardır. Çalışma kapsamında metabolomik analizler eş zamanlı olarak GC-MS ve LC-qTOF-MS ile lipidomik analizler ise LC-qTOF-MS ile gerçekleştirilmiş ve kullanılan analitik yöntemler çeşitli deneysel tasarımlar ile optimize edilmiştir. Plazma örnekleri için metanol:su:kloroform (3:1:3, h/h/h), doku örnekleri için ise metanol:su:diklorometan (2:1:3, h/h/h) metabolitlerin, lipitlerin ve hatta proteinlerin tüketilmesi için optimum çözücü karışımları olarak belirlenmiştir. Doku örneklerinin GC-MS temelli metabolomik analizleri için sililleme reaktifinin inkübasyon süresi ve sıcaklığının, metoksiamin derişimi-metanol hacmi etkileşiminin, plazma örnekleri içinse metoksiamin derişimi ile sililleme reaktifinin inkübasyon süresinin ve metanol-metoksiamin hacmi etkileşiminin analiz sonuçlarını etkileyen önemli parametreler olduğu belirlenmiştir. LC-qTOF-MS temelli metabolomik analizler için uçurulan örneklerin yeniden çözülmesinde kullanılan hareketli faz bileşiminin hem doku hem de plazma örneklerinden yapılan analizlerin sonuçlarını etkilediği tespit edilmiştir. LC-qTOF-MS temelli metabolomik ve lipidomik analizlerin kromatografik koşullarına etki eden parametreler ise Box-Behnken tasarımı ile optimize edilmiştir. Metabolomik ve lipidomik analizler için geliştirilen analitik yöntemler beyin tümörlü hasta grupları ile kontrol grubunu oluşturan bireylerden toplanan doku ve plazma örneklerine uygulanmış ve bu tümörlere ait fenotipler aydınlatılarak sonuçlar klink açıdan bütüncül olarak değerlendirilmiştir.
Özet (Çeviri)
A thorough examination of intermediate molecular levels such as protein, metabolite, and lipid is required to establish direct causal and functional links between genotype and phenotype. Comprehensive metabolomics and lipidomics analysis require the optimization of analysis conditions, as well as the use of multiple analytical techniques. In the thesis, metabolomics analyses were performed with GC-MS and LC-qTOF-MS, and lipidomic analyses were carried out with LC-qTOF-MS. The analytical techniques utilized were optimized with several experimental designs. The optimum solvent combinations for the extraction of metabolites, lipids, and even proteins were determined to be methanol:water:chloroform (3:1:3, v/v/v) for plasma samples and methanol:water:dichloromethane (2:1:3, v/v/v) for tissue samples. For GC-MS based metabolomics analyses performed with tissue samples; incubation time and temperature of silylation reagent, methoxyamine concentration-methanol volume interaction, and for plasma samples; methoxyamine concentration, incubation time of silylation reagent and methanol-methoxyamine volume interaction, were found to be important parameters affecting the analysis results. The mobile phase composition used as reconstitution solution for LC-qTOF-MS based metabolomics analyses was determined to have a significant effect on the analysis results. The Box-Behnken design was used to optimize the parameters affecting the chromatographic conditions of LC-qTOF-MS based metabolomics and lipidomics analyses. The developed analytical methods were applied to tissue and plasma samples of patients and control groups. The phenotypes of the tumors were illuminated by comparing them to the control group, and the results were evaluated in a holistic manner from a clinical point of view.
Benzer Tezler
- İnsan beyin tümörlerinde karnitin ve lipid peroksidasyon düzeyleri
Carnitine and lipid peroxidation levels in human brain tumours
NİLÜFER BAYRAKTAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
BiyokimyaGazi ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HATİCE PAŞAOĞLU
- Gaz kromatografisi ile beyin tümör dokusunda yağ asiti ölçümleri
The fatty acid analysis in brain tumor tissue by gas chromatography
NESLİHAN MECİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
BiyokimyaGazi ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE PAŞAOĞLU
- Metformin hcl/irinotekan yüklü plga nanopartiküllerinin glioblastoma multiforme üzerindeki etkilerinin in vivo ve in vitro olarak değerlendirilmesi
In vitvo and in vivo evaluati̇on of the effect of metformin hcl/irinotecan loaded plga nanoparti̇cles on glioblastoma multi̇forme
ALİ TAGHİZADEHGHALEHJOUGHİ
Doktora
Türkçe
2015
Eczacılık ve FarmakolojiAtatürk ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET HACIMÜFTÜOĞLU
- Glioblastoma multiforme tümörlerinde mirna-21 ekspresyon düzeylerinin etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of mirna-21 expression levels in glioblastoma multiforme tumors
ALİ ZİNNAR KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Moleküler TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ FATİH RAMAZANOĞLU
DR. MUSTAFA UMUT ETLİ
- Glioblastoma multiforme'de konkomitant ve adjuvant Temozolomid'in prognoz ve sağkalıma etkisi
Effect on prognosis and survival on treatment results of glioblastoma multiforme patients treated with concomitant and adjuvant temozolomide
CAN SEZER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
NöroşirürjiÇukurova ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TAHSİN ERMAN