Protein labeling based on native chemical ligation and on non-covalent interaction
Doğal kimyasal ligasyon ve akovalent etkileşim tabanlı protein etiketleme yöntemi
- Tez No: 742186
- Danışmanlar: PROF. DR. KAZUYA KIKUCHI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Osaka University
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 30
Özet
Proteinleri floroforlarla etiketleme yöntemi, in vivo ve in vitro protein araştırmaları için en uygun tekniklerden bir tanesidir. Eksprese edilmiş protein ligasyonu (EPL), N-terminal sistein ve α-tioester içeren proteinlerin biyosentezlenmesi ile rekombinant protein yapısına doğal olmayan işlevselliğin kazandırılmasını kolaylaştıran bir tekniktir. Bu kavram in vitro kimyasal modifikasyon gerçekleştirmek ve daha sonra kimyasal olarak modifiye edilmiş proteini istenen biyolojik yapıyı oluşturmak üzere kullanılmaktadır. Ancak kimyasal ligasyon için yüksek konsantrasyonda reaktan gereklidir, bu nedenle doğrudan canlı hücrelerde veya hücre lizatında kimyasal modifikasyon gerçekleştirmek için etkili bir yöntem değildir. Bu tezde, EPL yönteminin dezavantajlarının üstesinden gelmek için, sarımlı sarım etiketi ve inteinden esinlenen bir teknik kullanarak protein etiketlemesi için yeni bir sistem geliştirilmiştir. Kovalent olmayan bir etkileşim ile bir kovalent ligasyon kombinasyonu, proteinlerin verimli ve stabil modifikasyonu için etkili bir stratejidir. Küçük afinite etiketleri olan Acid-al ve Base-al, düşük konsantrasyonlu bileşenler kullanılarak protein ligasyonu gerçekleştirmek için reaktanlara eklenmiştir. Bu yöntem memeli hücre lizatında spesifik etiketlemeyi mümkün kılmaktadır ancak bu yöntemin de bazı sınırlamaları mevcuttur. Stratejimizi geliştirmek için, inteinden esinlerek kovalent etkileşimler yerine akovalent etkileşimleri kullanan yeni sönümlendirici peptit florofor ile konjuge bir reaktan prob tasarladık. Bu çalışmada, protein etiketlemesi için kovalent olmayan etkileşim ile desteklenen yeni ligasyon stratejisi ve deneysel sonuçlar açıklanmaktadır.
Özet (Çeviri)
Labeling proteins with fluorophores is a convenient technique for protein researches in vivo and in vitro. Expressed protein ligation (EPL) readily provides the addition of unnatural functionality to a recombinant protein framework, by taking advantage of the biosynthesis of N-terminal cysteine and α- thioester protein fragments. A conceptually method is to carry out chemical modification in vitro and then to deliver the modified protein to the desired biological construction. However, for chemical ligation high concentration of reactants required, therefore, chemical modification directly in living cells or cell lysate is inefficient. In this thesis, to overcome these obstacles, we constructed a novel system for protein labeling by utilizing a coiled-coil tag and intein. The combination of a noncovalent interaction with a covalent ligation is an effective strategy for efficient and stable modification of proteins .[1] The small affinity tags, Acid-a1 and Base-a1, were attached to the reactants to obtain low concentration ligation. This method enables specific labeling in mammalian cell lysate yet, this also has some limitations. In order to develop our strategy, we designed new quencher conjugated peptide fluorophore probe without intein. Herein, new strategy of noncovalent interaction promoted ligation for protein labeling and experimental results will be explained.
Benzer Tezler
- The synthesis, SLIC based labeling, and characterization of microbial rhodopsins by using custom build spectroscopic methods
Mikrobiyal rodopsin membran proteinlerin sentezi, SLIC yöntemiyle etiketlenmesi, ve spektroskopik yöntemlerle karazterizasyonu
CANSU ÇAVDAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİL BAYRAKTAR
- Labeling and optimization of organelle marker for co-localization with yeast GPCR dimers
Maya GPKR dimerlerinin ko-lokalizasyonu için organel işaretleyicilerin hazırlanması ve optimizasyonu
İLKE SÜDER
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
DOÇ. DR. CAN ÖZEN
- Poli (metil metakrilat) tabanlı mikroçip kullanarak yüzeyde güçlendirilmiş Raman spektroskopisi ölçümüne dayalı luteinizan hormon tayini
Luteinizing hormone detection with poly (methyl methacrylate) microchip based on surface-enhanced Raman spectroscopy
BELMA GJERGJIZI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NECDET SAĞLAM
- Kanser tümörlerinin erken tanı ve derecelendirmesinde kemometrik veri analiz yaklaşımına dayalı ATR-FTIR spektroskopi tekniklerinin analitik ve klinik yöntem olarak değerlendirilmesi
Evaluation of ATR-FTIR spectroscopy techniques based on chemometric data analysis approach in early diagnosis and rating of cancer tumors as analytical and clinical methods
GÖNÜL AKİN GEYİK
Doktora
Türkçe
2022
BiyokimyaKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM YILMAZ
DOÇ. DR. FATMA NUR ARSLAN
- Design of biopolymer-based advanced functional materials
Biyopolimer esaslı gelişmiş fonksiyonel malzemelerin tasarımı
SENA ÇİFTBUDAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN ORAKDÖĞEN