Protein labeling based on native chemical ligation and on non-covalent interaction
Doğal kimyasal ligasyon ve akovalent etkileşim tabanlı protein etiketleme yöntemi
- Tez No: 742186
- Danışmanlar: PROF. DR. KAZUYA KIKUCHI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Nanobiyoteknoloji, Nanobiotechnology
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Osaka Unıversıty
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Proteinleri floroforlarla etiketleme yöntemi, in vivo ve in vitro protein araştırmaları için en uygun tekniklerden bir tanesidir. Eksprese edilmiş protein ligasyonu (EPL), N-terminal sistein ve α-tioester içeren proteinlerin biyosentezlenmesi ile rekombinant protein yapısına doğal olmayan işlevselliğin kazandırılmasını kolaylaştıran bir tekniktir. Bu kavram in vitro kimyasal modifikasyon gerçekleştirmek ve daha sonra kimyasal olarak modifiye edilmiş proteini istenen biyolojik yapıyı oluşturmak üzere kullanılmaktadır. Ancak kimyasal ligasyon için yüksek konsantrasyonda reaktan gereklidir, bu nedenle doğrudan canlı hücrelerde veya hücre lizatında kimyasal modifikasyon gerçekleştirmek için etkili bir yöntem değildir. Bu tezde, EPL yönteminin dezavantajlarının üstesinden gelmek için, sarımlı sarım etiketi ve inteinden esinlenen bir teknik kullanarak protein etiketlemesi için yeni bir sistem geliştirilmiştir. Kovalent olmayan bir etkileşim ile bir kovalent ligasyon kombinasyonu, proteinlerin verimli ve stabil modifikasyonu için etkili bir stratejidir. Küçük afinite etiketleri olan Acid-al ve Base-al, düşük konsantrasyonlu bileşenler kullanılarak protein ligasyonu gerçekleştirmek için reaktanlara eklenmiştir. Bu yöntem memeli hücre lizatında spesifik etiketlemeyi mümkün kılmaktadır ancak bu yöntemin de bazı sınırlamaları mevcuttur. Stratejimizi geliştirmek için, inteinden esinlerek kovalent etkileşimler yerine akovalent etkileşimleri kullanan yeni sönümlendirici peptit florofor ile konjuge bir reaktan prob tasarladık. Bu çalışmada, protein etiketlemesi için kovalent olmayan etkileşim ile desteklenen yeni ligasyon stratejisi ve deneysel sonuçlar açıklanmaktadır.
Özet (Çeviri)
Labeling proteins with fluorophores is a convenient technique for protein researches in vivo and in vitro. Expressed protein ligation (EPL) readily provides the addition of unnatural functionality to a recombinant protein framework, by taking advantage of the biosynthesis of N-terminal cysteine and α- thioester protein fragments. A conceptually method is to carry out chemical modification in vitro and then to deliver the modified protein to the desired biological construction. However, for chemical ligation high concentration of reactants required, therefore, chemical modification directly in living cells or cell lysate is inefficient. In this thesis, to overcome these obstacles, we constructed a novel system for protein labeling by utilizing a coiled-coil tag and intein. The combination of a noncovalent interaction with a covalent ligation is an effective strategy for efficient and stable modification of proteins .[1] The small affinity tags, Acid-a1 and Base-a1, were attached to the reactants to obtain low concentration ligation. This method enables specific labeling in mammalian cell lysate yet, this also has some limitations. In order to develop our strategy, we designed new quencher conjugated peptide fluorophore probe without intein. Herein, new strategy of noncovalent interaction promoted ligation for protein labeling and experimental results will be explained.
Benzer Tezler
- Sıçanlarda STZ ile oluşturulan Alzheimer hastalığı modelinde immün modülasyonun nörogenez üzerine etkisi
The effect of immune modulation on neurogenesis in STZ-Induced Alzheimer's disease in rats
ERTAN ÇELİK
- Effect of chymotrypsin on M1 type pyruvate kinase from rabbit muscle and L-type from sheep liver
Başlık çevirisi yok
NİLAY BAŞARAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MERAL YÜCEL
- Purification of bacteriorhodopsin from halobacterium halobium and reconstitution studies in liposomes
Başlık çevirisi yok
M.BAKER ZABUT
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MERAL YÜCEL
- Farklı derecelerde ısıtılmış süte farklı oranlarda katılan CaCl2'ün sütün pıhtılaşma süresine ve peynir randımanına etkisi üzerine araştırmalar
Başlık çevirisi yok
B.DİLARA ÖZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiSüt Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SIDDIK GÖNÇ