Molecular dynamics simulations of a cationic thiophene oligomer and a nucleotide complex
Bir katyonik tiyofen oligomeri ve nükleotit kompleksinin moleküler dinamik benzetimleri
- Tez No: 745433
- Danışmanlar: PROF. DR. NURAN ELMACI IRMAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Bu tez çalışmasında, uzun yan zincirli bir katyonik politiyofen için simülasyon veri tabanlarında olmayan kuvvet alanı parametreleri elde edildi. Katyonik politiyofenin farklı ortamlarda (Tuzsuz, NaCl, KCl, MgCl2, CaCl2) DNA ile kompleksleşmesini anlamak amacıyla moleküler dinamik simülasyonlar gerçekleştirilmiştir. Yapılan analizlerin sonucuna göre, DNA'nın sekansı ve uzunluğu CPT'nin baş-son uzunluğunu (Ree) etkilemiştir. CPT yanına 20T ssDNA eklenmesi polimer omurgasını uzatırken 20A ve MIX ssDNAlarının hemen hemen hiç etkisi olmadığı gözlenmiştir. Dublekslerin üzerine tamamlayıcı DNA zinciri eklendiğinde ise oligomerin yapısının kompleksleşmeden önceki haline dönüştüğü izlendi (Ree'leri yaklaşık olarak aynı). CPT-20A kompleksi COPT-20T kompleksine göre daha büzülmüş bir yapıya sahip olduğu görülmüştür (Rg değerine göre). MD simülasyonları sonuçlarına yapılan etkileşim analizlerine göre, CPT-20A hariç tüm CPT-DNA kompleksleri π-katyona göre elektrostatik etkileşimleri tercih etmektedir. DNA'ların çoğunlukla oligomerin iskeleti yerine yan zinciriyle etkileşmeyi seçtikleri gözlenmiştir. 20T'nin eklenmesi F0'ın omurgasını uzatıp daha az kompakt bir hale getirmiştir. 20T'de polimer ile daha fazla π-katyon ve elektrostatik etkileşimlere sahiptir. Dolayısıyla, F0 20T'ye 20A ve MIX e göre daha duyarlıdır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, parametrization of cationic polythiophene (CPT) and molecular dynamics (MD) simulations of CPT with DNA complexes were performed to understand the behaviors of the CPT with DNA complex and CPT DNA complexes in different salt solutions (NaCl, KCl, MgCl2, CaCl2). The results of MD simulations show that the end-to-end distance of CPT is affected by both the type sequences and length of the DNA, and the addition of 20T elongates the backbone of the oligomer while 20A and MIX ssDNAs almost have no significant effect. When the complementary DNA chain is added to the duplex solutions, the backbone structure of the oligomer becomes very similar to its structure without ssDNAs since Ree values in both cases are almost the same. It was observed that the CPT-20A complex has a more random coil form than the CPT-20T complex. According to the interaction analysis of MD simulations, all the CPT-DNA duplexes except CPT-20A prefer electrostatic interaction rather than π-cation interaction. DNAs like to interact with the oligomer's side chain rather than its backbone in all systems. Thus, electrostatic interactions and the side chain of oligomer play an important role in the structure of duplexes with thymine which gets the highest response from the oligomer. The addition of 20T makes backbone of F0 more elongated and less compact. 20T has higher electrostatic and π-cation interactions. Thus, F0 is more sensitive to 20T than 20A and MIX.
Benzer Tezler
- Hedefli kanser tedavisine yönelik kil katkılı nanopartikül üretimi ve modellenmesi
Production and modeling of clay additive nanoparticle for targeted cancer treatment
DENİZ KARATAŞ
Doktora
Türkçe
2017
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiCevher Hazırlama Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SABRİ ÇELİK
DOÇ. DR. ADEM TEKİN
- Molecular dynamics simulation study on the interactions between DNA and a conjugated polyelectrolyte (cationic oligothiophene)
DNA ve bir iletken polielektrolit (katyonik oligotiyofen) arasındaki etkileşimler üzerine moleküler dinamik simülasyon çalışması
NEHİR NALINCI BARBAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN ELMACI IRMAK
- MRNA yüklü iyonize edilebilen katyonik lipitler ile oluşturulan lipozomal nanoyapıların DPD yöntemi ile simülasyonu
Simulation of liposomal nanostructures formed with ionizable cationic lipids loaded with mRNA using the DPD method
BUKET YOLDAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKHAN KAÇAR
- Calculation of interaction energies with different levels of computational chemistry methods
Farklı hesaplamalı kimya yöntemleri ile etkileşim enerjilerinin hesaplanması
NESRİN IŞIL YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Modeling the solvent effect, kinetics,morphology and catalysis in polymerization reactions
Polimerizasyon tepkimelerinde çözücü etkisi, kinetik, morfoloji ve katalizin modellenmesi
TUĞBA ÖZALTIN