Yabani kuşlardan izole edilen esherichia coli izolatlarının antibiyotik direnç patternlerinin ve genotiplerinin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance patterns and genotypes of escherichia coli isolates isolated from wild birds
- Tez No: 745888
- Danışmanlar: PROF. DR. TİMUR GÜLHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Mikrobiyoloji, Veteriner Hekimliği, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Microbiology, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Çağımızın artan küresel halk sağlığı tehditlerinden biri olan antibiyotik direncinin potansiyel olumsuz etkisini önlemek, direnç genlerinin rezervuarı dâhil olmak üzere direnç durumlarının düzenli olarak izlenmesini gerektirmektedir. Antibiyotik direncinin olası bir biyolojik göstergesi olan yabani kuşların, antimikrobiyal dirençli bakterilerin yayılmasında rol oynadıkları öne sürülmüştür. Bu tez çalışması martı (Larus armenicus) ve güvercin (Columba livia) kökenli 100 Escherichia coli izolatının Kirby-Bauer disk difüzyon metodu kullanılarak fenotipik antibiyotik direnç profili ve dirence sebep olan genlerin PCR ile moleküler araştırılması amacıyla yapıldı. Ayrıca izolatların genetik yakınlıkları RAPD-PCR ile belirlendi. Fenotipik antibiyotik duyarlılık testi sonucunda, izolatların %63'ünün (63/100) en az bir antibiyotiğe dirençli olduğu ve %29'unda (29/100) ise çoklu antibiyotik direnci olduğu tespit edildi. İzolatların tamamının sefalotine duyarlı olduğu, tetrasiklin (%52), kanamisin (%38), streptomisin (%37), ampisilin (%28), kloramfenikol (%21), trimetoprim/sulfametoksazol (%19), gentamisin (%13), enrofloksasin (%12) ve siprofloksasine (%12) dirençli olduğu belirlendi. İzolatların %66'sının tet(B), %63'ünün tet(A), %48'inin apha1, %34'ünün sul3, %26'sının sul2, %24'ünün strA/strB ve %16'sının ise sul1 genlerine sahip olduğu belirlendi. Ayrıca izolatların tet(C), qnr(A), qnr(B), qnr(s), aphA2, aadB ve aac(3) IV genlerine sahip olmadığı tespit edildi. İzolatların genetik çeşitliliği ile ilgili olarak, RAPD-PCR tabanlı dendrogramlar hem güvercin ve hem de martı kökenli izolatları %70 benzerlik eşik değeri temelinde 5 kümeye ayrıldı. Dendrogramın sonucunda, güvercin orijinli E.coli suşlarının %47-100, martı orijinli suşlarıın ise %40-100 oranında benzerlik gösterdiği belirlendi. Tez çalışması sonucunda, martı ve güvercinlerin genetik olarak benzerliği olan aynı zamanda çeşitli antibiyotiklere dirençli E. coli izolatlarını taşıdıkları ve dışkıları ile çevreyi kontamine ederek insan ve hayvan sağlığı için risk oluşturabileceği düşünülmektedir. Ayrıca yabani kuşlar, çevre, insan ve diğer konaklar arasındaki olası bulaşma paternlerinin belirlenmesi için“tek sağlık yaklaşımı”açışından izolatların genetik yakınlarının araştırıldığı büyük ölçekli epidemiyolojik çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Özet (Çeviri)
Curbing the potential negative impact of antibiotic resistance, one of our era's growing global public health crises, requires regular monitoring of the resistance situations, including the reservoir of resistance genes. Wild birds, a possible bioindicator of antibiotic resistance, have been suggested to play a role in the dissemination of antimicrobial-resistant bacteria. Therefore, this study was conducted with the objective of determining phenotypic antibiotic resistance profile and antibiotic resistance genes in 100 Escherichia coli isolates of gull (Larus armenicus) and pigeon (Columba livia) origin by using the Kirby-Bauer disc diffusion method and PCR, respectively. Furthermore, the genetic relationships of the isolates were determined by RAPD-PCR. Phenotypic antibiotic susceptibility testing revealed that 63% (63/100) of E. coli isolates were resistant to at least one antibiotic and 29 % (29/100) were multi-drug resistant (MDR). With the exception of cephalothin, to which the E. coli isolates were 100% susceptible, tetracycline (52%), kanamycin (38%), streptomycin (37%), ampicillin (28%), chloramphenicol (21%), trimethoprim/sulfamethoxazole (19%), gentamicin (13%), enrofloxacin (12%) and ciprofloxacin (12%) resistances were detected at varying degrees. Among the investigated antibiotic resistance genes, tet(B) (66%), tet(A) (63%), aphA1 (48%), sul3 (34%), sul2 (26%), strA/strB (24%) and sul1 (16%) were frequently detected. However, tet(C), qnr(A), qnr(B), qnr(s), aphA2, aadB and aac(3) IV genes were not detected in any of the isolates. Regarding the genetic diversity of the isolates, the RAPD-PCR-based dendrograms divided both pigeon and gull isolates into five different clusters based on a 70% similarity threshold. Dendrogram analysis revealed 47-100% similarities among pigeon-origin strains and 40-100% similarities among gull-origin E.coli strains. In general, this study revealed that gulls and pigeons carry genetically related E. coli isolates that are resistant to various antibiotics, and thus may pose a risk to human and animal health by contaminating the environment with their feces. However, a large-scale epidemiological study investigating the genetic relationship of the strains from a“one health”point of view is warranted to determine the possible transmission patterns between wild birds, the environment, humans, and other hosts.
Benzer Tezler
- Yabani kuş dışkılarından izole edilen escherichia coli izolatlarında beta laktam direnç varlığının araştırılması
Investigation of beta lactam resistance in E. coli isolated from wild bird feces
BARIŞ HALAÇ
Doktora
Türkçe
2022
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEYYAL AK
- Aras havzası ve Kars platosu sivrisineklerinde batı nil virusu varlığının moleküler yöntemlerle araştırılması
The research of the existence of west nile virus in mosquitoes of Aras basin and Kars plateau by molecular methods.
ÖZGE KUÇLU
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiKafkas ÜniversitesiZooloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATİLA AKÇA
YRD. DOÇ. DR. CEM ÖZİÇ
- Güvercin dışkılarında chlamydophila psittaci varlığının pcr metodu ile araştırılması
The assets of chlamydophila psittaci in pigeon feces investigate by pcr method
ÖZLEM ALTINTAŞ
Doktora
Türkçe
2018
MikrobiyolojiKırıkkale ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLGÜN ÜNAL
- Akut myeloid lösemi hastalarında MDM2 gen polimorfizmleri
Investigation of the MDM2 gene polymorphism in patients with acute myeloid leukemia
CEREN TEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZASLAN
YRD. DOÇ. DR. SİBEL BAYIL OĞUZKAN
- Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
NİLÜFER DÜZ
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER