Sık kullanılan bazı hücre hatları için kalite kontrol: Sitokrom B ve sitokrom oksidaz alt birim I genlerinin DNA dizi analizlerinin gerçekleştirilmesi
Quality control for some frequently used cell lines: DNA sequence analysis of cytocrome B and cytochrome oxidase subunut I genes
- Tez No: 746590
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞÇE KARADUMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Aksaray Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Bu tez çalışmasında, HeLa, Cervix epithelloid carcinom (İnsan), HL-60, Human peripheral blood promyelocytic leukemia (İnsan), L929, Mouse C3 / An connective tissue (Fare), MDCK, Madin Darby canine kidney (Köpek), Neuro-2a, Mouse neuroblastoma (Fare) hücre hatlarının, kontaminasyon kontrolleri yapılmış, kimlik doğrulamaları gerçekleştirilmiş ve klonaliteleri belirlenmiştir. İlk olarak, kültüre edilen hücrelerin DNA'larından amplifiye edilen mitokondriyal sitokrom b (CYTB) ve sitokrom c oksidaz alt birim I (COI) genlerinin DNA dizi analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu genler evrensel primerler tarafından tanınan stabil dizilere ve aynı zamanda kimliklendirmeyi sağlayacak birtakım dizi çeşitliliklerine sahiptir. Tezde CYTB gen bölgesi için veritabanında yer alan referans dizi ile yapılan karşılaştırma sonuçları“HL-60 için %97; ”HeLa, L929, MDCK, Neuro-2a“ hücre hatları için ise %98 oranında benzerlik bulunmuştur. COI gen bölgesi için ise bu benzerlik oranları sırasıyla %95, %99, %96, %96 ve %98 olarak bulunmuştur. Bu bağlamda, elde edilen DNA dizi analiz sonuçları, pek çok araştırmada kullanılan ”HeLa, HL-60, L929, MDCK, Neuro-2a hücre hatlarının kalitesi konusunda kabul edilebilir bir belirteç ve güven sağlamıştır. Aynı zamanda mikoplazma kontaminasyonu açısından değerlendirme yapılmış ve mikoplazma kontaminasyonuna rastlanılmamıştır. Ulaşılmak istenen hedefler ve beklenen çıktıların bilimsel, teknolojik ve sosyo-ekonomik ne tür katkılarda bulunabileceği, deneysel çalışmalarda kullanılan hücre hatlarının karakterizasyonunun belirlenmesi, bu hücrelerle gerçekleştirilen araştırma sonuçlarının güvenilirliği açısından önem arz etmektedir. Tamamlanan tez ile çalışmaların ana kaynağını oluşturan hücre hatlarının kimliği ortaya konulmuş, bu kimliklendirme, yürütülen hücre kültürü çalışmalarının kesinlik ve güvenilirliğine katkı sağlayacak veriler ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
In this thesis, HeLa, Cervix epithelloid carcinom (Human), HL-60, Human peripheral blood promyelocytic leukemia (Human), L929, Mouse C3 / An connective tissue (Mouse), MDCK, Madin Darby canine kidney (Dog), Neuro-2a, Mouse neuroblastoma (Mouse) cell lines were checked for contamination, their identity was verified and their clonality was determined. Theoretical approach and the outline of the method, in this study, DNA sequence analysis of mitochondrial cytochrome b (CYTB) and cytochrome c oxidase subunit I (COI) genes amplified from the DNA of cultured cells was aimed. These genes have stable sequences recognized by universal primers and a number of sequence variants to provide identification at the same time. In the thesis, the results of the comparison with the reference sequence in the database for the CYTB gene region were found to be 97% similar for“HL-60”and 98% for“HeLa, L929, MDCK, Neuro-2a”cell lines. For the COI gene region, these similarity rates were found to be 95%, 99%, 96%, 96% and 98%, respectively. In this context, DNA sequence analysis results obtained provided an acceptable indicator and confidence in the quality of“HeLa, HL-60, L929, MDCK, NA”cell lines used in many studies. At the same time, an evaluation was made in terms of mycoplasma contamination and no mycoplasma contamination was found. Targets and scientific, technological and socio-economic contributions: The determination of the characterization of cell lines used in experimental studies is important in terms of the reliability of the results of the research carried out with these cells. With the completed thesis, the identity of the cell lines that constitute the main source of the studies has been revealed, and this identification has revealed data that will contribute to the precision and reliability of the cell culture studies.
Benzer Tezler
- Migren tedavisinde kullanılmak üzere farklı bukkal formülasyonların geliştirilmesi ve değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
SİMGE ARARAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SİNEM YAPRAK KARAVANA
- Bazı uçucu yağların çeşitli kanser hücre hatları üzerindeki potansiyel etkilerinin araştırılması
Investigation of the potential effects of some essential oils on various cancer cell lines
GÖKÇE ULUSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN ÇAÇAN
- Hepatosellüler karsinoma hücre hattında SB203580 ve Ginnalin A'nın antikanser etkisinin araştırılması
Investigation of Anticancer Effect SB203580 and Ginnalin A on Hepatocelluler Carcinoma (HCC) Cell Line
PINAR ÖZDEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASİBE VURAL
- Silybum marianum bitkisinin in vitro ortamda karaciğer kanseri hücre hatları üzerine etkisi
Effect of silybum marianum plant on liver cancer cell lines: An in vitro study
DİLEK BAYRAM
Doktora
Türkçe
2011
Histoloji ve EmbriyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERAL ÖNCÜ
- Bazı tıbbi bitkisel aromatik yağların kolorektal kanser hücre hatlarında apoptotik etkilerinin araştırılması ve potansiyel hedef gen ekspresyonlarının belirlenmesi
Investigation of the apoptotic effects of some medicinal herbal aromatic oils on colorectal cancer cell lines and determination of potential target gene expressions
BURCU BAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN ÇAÇAN