An oncogenic isoform switch leads to hnrnpa1 overexpression in triple negative breast cancer
Üçlü negatif meme kanserinde onkojenik izoform değişimi hnrnpa1'in aşırı anlatımına yol açar
- Tez No: 747113
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
HNRNPA1, en fazla bulunan ve her yerde eksprese edilen nükleer proteinlerden biridir ve RNA biyolojisinde önemli bir rol oynar. mRNA taşınması, miRNA olgunlaşması ve telomer bakımı dahil olmak üzere hücresel nükleik asit metabolizmalarında birçok farklı işlevi vardır. Ortaya çıkan kanıtlar, kanser hücrelerinde HNRNPA1'in RNA ile ilgili çeşitli süreçleri düzenlenmesinde önemli bir RNA bağlayıcı protein (RBP) olduğunu göstermektedir. Bununla birlikte, meme kanserlerinde HNRNPA1 anlatımının deregülasyonu ve bunun etki mekanizmaları belirsizdir. Bu çalışma, meme kanseri modellerinde HNRNPA1'in izoform düzeyinde anlatımını ve HNRNPA1'in rolünü araştırmayı amaçlamaktadır. GTEx ve TCGA veri tabanlarını ve mikroarray data seti kullanarak meme kanserlerinde HNRNPA1'in 3'UTR izoformları arasında bir izoform geçişi keşfedildi. Normal meme dokusunda kısa yarı ömre sahip olan bir izoforumun baskın olarak ifade edilmiş olduğunu gösterildi. Öte yandan, bu izoform meme kanserlerinde çok daha az ifade edilir ve çok daha stabil bir izoformun ifade edilmesini destekler. Bu kararlı izoformun aşırı ifadesinin, artan HNRNPA1 protein seviyesine yol açtığını ortaya koyuldu. Buna karşılık, yüksek HNRNPA1 protein seviyeleri, hastalarda zayıf sağkalım ile ilişkilidir. Buna destek olarak HNRNPA1'in susturulması, proliferasyon, klonojenik potansiyel, göç ve istila dahil olmak üzere neoplastik fenotiplerde bir tersine dönüşe neden olur. Ek olarak, HNRNPA1'in susturulması, intragenik bölgelerde yer alan mikroRNA'ların aşağı regülasyonu ile sonuçlanır. Aşağı regüle edilmiş miRNA'lar arasında pri-miR-27b ve onun konakçı geninin (C9ORF3) ifadeleri azalmıştır. Bu da pri-miR-27b ve C9ORF3 anlatımlarının MDA-MB-231 hücrelerinde transkripsiyonel seviyede HNRNPA1 tarafından birlikte düzenlendiğini düşündürmektedir. Özetle, HNRNPA1 için kansere özgü bir izoform geçişi belirlenmiş ve meme kanserlerinde HNRNPA1 işlevine yeni bir bakış açısı sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
HNRNPA1 is one of the most abundant and ubiquitously expressed nuclear proteins and plays a significant role in RNA biology. It has many diverse functions in cellular nucleic acid metabolisms, including mRNA transport, miRNA maturation, and telomere maintenance. Emerging evidence suggest HNRNPA1 to be an important RNA binding protein (RBP) to regulate various RNA related processes in cancer cells. However, deregulation of HNRNPA1 expression and its action mechanisms are unclear in breast cancers. The study aims to investigate the isoform level expression of HNRNPA1 and the role of HNRNPA1 in breast cancer models. Using expression data in GTEx and TCGA databases, and microarray data set, an isoform switch between the 3'UTR isoforms of HNRNPA1 was discovered in breast cancers. It is shown that the mammary tissue has a dominantly expressed isoform with a short half-life. On the other hand, this isoform is downregulated in breast cancers, favoring a much more stable isoform. It is shown that the overexpression of this stable isoform leads to increased HNRNPA1 protein levels. In turn, high HNRNPA1 protein levels correlate with poor survival in patients. In support of this, silencing of HNRNPA1 causes a reversal in neoplastic phenotypes, including proliferation, clonogenic potential, migration, and invasion. In addition, silencing of HNRNPA1 results in the downregulation of microRNAs that map to intragenic regions. Among the downregulated miRNAs, pri-miR-27b and its host gene (C9ORF3) expression were decreased, suggesting that pri-miR-27b and C9ORF3 expressions were co-regulated by HNRNPA1 at the transcriptional level in MDA-MB-231 cells. In summary, a cancer-specific isoform switch was identified for HNRNPA1 and a novel insight was provided on the function of HNRNPA1 in breast cancers.
Benzer Tezler
- Estrogen-induced upregulation and 3'-UTR shortening of CDC6
Östrojen etkisiyle CDC6 ifadesinin artışı ve 3'UTR'sinin kısalması
H. BEGÜM AKMAN
Doktora
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. ELİF ERSON BENSAN
- Turning the spotlight on a long-overlooked pathway: molecular dynamics investigation of ras family members with RalGDS
Başlık çevirisi yok
KAYRA KÖSOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyofizikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Understanding Rho GTPase interactions with scaffolding proteins and Ras protein shuttling mechanisms
Rho GTPazlarin iskele proteinlerle etkileşimlerinin ve Ras proteinlerinin nakil mekanizmasinin anlaşilmasi
EMİNE SILA ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2018
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Ras proteininin G12D izoformu oluşturularak terapötik moleküller ile hedeflenmesi ve ras aktivitesinin in vitro incelenmesi
Targeting ras protein with therapeutic molecules by engineering G12D isoform and in vitro examination of ras activity
RAMAZAN KAŞMER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİHAL KARAKAŞ
- Studying the role of an anti-apoptotic Bag-1 protein in healthy & tumor tissues in patients with breast carcinoma
Meme kanserli hastalardan alınan sağlıklı ve tümörlü dokularda anti-apoptotik Bag-1 proteinin rolünün çalışılması
EMİNE ARZU BAŞKALE
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY