Üç farklı durumdaki G proteini alfa altbiriminin üçüncül yapısının benzeşim modellemesi ve moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi
Investigating the tertiary structure of ALPHA subunit of the G protein in three different states using homology modelling and molecular dynamics simulation
- Tez No: 747195
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ CEVDET NACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: G proteinleri, benzeşim modellemesi, moleküler dinamik simülasyon, protein üçüncül yapısı, R178A mutasyonu, G proteins, homology modelling, molecular dynamics simulation, tertiary structure, Mutation of R178A
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
GTP nükleotidi bağlayan proteinler (G proteinleri) hücre sinyal ileti sisteminin önemli bileşenleridir. Bu proteinler G Proteini Eşlikli Reseptörlerle (GPCR) etkileşmektedir. Çok büyük çeşitliliğe sahip ligandlardan birinin bağlanmasıyla uyarılan GPCR, G proteinini etkinleştirmektedir. Büyük bir çeşitliliğe sahip G proteinleri ve GPCR'lar hücre bölünmesi, duyu sistemleri, hormonal süreçler, nörolojik işlevler gibi çok sayıda fizyolojik süreçlerde görev almakta ve bu süreçlerle ilgili hastalıklarla doğrudan ilişkisi bulunmaktadır. Bundan dolayı sinyal ileti sistemi bileşenleri, özellikle GPCR'lar çok sayıda ilacın hedefi konumundadır. G proteini α, β ve γ olarak adlandırılan 3 alt birimden oluşmaktadır. G proteini alfa alt birimi aktif durumdayken GTP, inaktif durumdayken GDP nükleotidi bağlamaktadır. Çeşitli mutasyonlar Go proteininin etkinliğini değiştirmektedir. Go proteini G protein ailesinin bir üyesi olup yaygın olarak merkezi sinir sisteminde bulunmaktadır. Ancak işlevi henüz tam olarak bilinmemektedir. Bu tez çalışması kapsamında R178A mutasyonunun Go proteininin alfa alt biriminin etkinliğini nasıl değiştirdiği incelendi. R178 amino asidine ilişkin mutasyonun çeşitli hastalıklarda görev aldığı bilinmektedir. Dört farklı durumdaki Go alfa alt birimi benzeşim modellemesi ile modellendi. Elde edilen modeller sulu ortamda 100 µs'ye karşılık gelecek uzunlukta moleküler dinamik simülasyona tabi tutuldu. Simülasyonalar sonucunda R178A mutasyonunun GDP bağlı inaktif proteini daha kararsız hale getirdiği ancak paradoksal şekilde GTP bağlı aktif formu daha kararlı hale getirdiği belirlendi.
Özet (Çeviri)
GTP nucleotide binding proteins (G proteins) are important components of the cell signal transduction system. These proteins interact with G Protein Coupled Receptors (GPCR). GPCR induced by the binding of one of a wide variety of ligands activates the G protein. A wide variety of G proteins and GPCRs are involved in many physiological processes such as cell division, sensory systems, hormonal processes, and neurological functions, and are directly related to diseases related to these processes. Therefore, signal transduction system components, especially GPCRs, are targets of many drugs. The G protein consists of 3 subunits called α, β and γ. In active form, G protein alpha subunit binds GTP while in inactive form, it binds GDP. Various mutations alter the activity of the Go protein. The Go protein is a member of the G protein family and is commonly found in the central nervous system. However, its function is not yet fully known. In this thesis, how the R178A mutation changes the activity of the alpha subunit of the Go protein was investigated. It is known that the mutation of the R178 amino acid is involved in various diseases. The Go alpha subunit in four different states was modeled by homology modelling. The resulting models were subjected to molecular dynamics simulation with a length corresponding to 100 µs in aqueous. As a result of the simulations, it was determined that the R178A mutation made the GDP-bound inactive protein more unstable, but paradoxically made the GTP-bound active form more stable.
Benzer Tezler
- Narda bulunan antosiyaninlerin biyoyararlılığına gıda matrisi ve bileşenlerinin etkisi
Effects of food matrix and food components on bioavailability of anthocyanins in pomegranate
HAFİZENUR ŞENGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DİLARA NİLÜFER ERDİL
- Analysis of total ada activity in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) of DADA2 patients
DADA2 hastalarının periferik kan mononükleer hücrelerinde total ada aktivitesinin analizi
TURNA DEMİRCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Farklı diabet tiplerinin vasküler reaktivitede oluşturduğu değişimler üzerinde endotel hücrelerinin rolü
The Role of endothelial cells on the alterations of vascular reactivity in duced by different models of diabetes mellitus
ÇİMEN KARASU
Doktora
Türkçe
1992
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. V. MELİH ALTAN
- A transferable coarse-grained model for peptides that display environment driven conformational transition
Çevresel etkiler altında konformasyon değişikliği gösteren peptiler için aktarılabilir düşük çözünürlüklü model geliştirilmesi
FARHAD RAMEZANGHORBANİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyofizikKoç ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET SAYAR
- İnsan kollajen dizi mutasyonlarının osteogenezis imperfekta hastalığı üzerindeki ilişkisinin python programlama dili kullanılarak analiz edilmesi
Analysis of the relationship of human collagen sequence mutations on osteogenesis imperfectal disease using python programming language
GÜLSÜM TİRAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Mühendislik BilimleriSelçuk ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ESMA ERYILMAZ DOĞAN