Primer ve sekonder endodontik enfeksiyonlardaki bakteriyel mikrobiyomun yeni nesil dizileme yöntemi ile metagenomik analizinin yapılması
Metagenomic analysis of bacterial microbiome in primary and secondary endodontic infections by next generation sequencing method
- Tez No: 747599
- Danışmanlar: PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Diş Hekimliği, Mikrobiyoloji, Dentistry, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mersin Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
Bu tez çalışması ile güvenilir bir biyoinformatik algoritma yardımıyla yüksek verimli dizileme kullanarak primer endodontik enfeksiyonların ve nüks eden endodontik enfeksiyonların kök kanal mikrobiyom profillerinin karşılaştırılması amaçlandı. Çalışmaya primer endodontik enfeksiyon (PEE) grubundan 10 ve sekonder endodontik enfeksiyon (SEE) grubundan 10 dişin kök kanal örnekleri olacak şeklide toplam 20 örnek dahil edildi. Örneklerden DNA ekstraksiyonundan sonra Illumina MiSeq platformunda dizileme yapıldı. Çift uçlu Illumina okumaları QIIME 2'ye aktarıldı, DADA2 tarafından oluşturulan amplikon dizi varyantları (ADV'ler) GreenGenes veri tabanına eşlendi. Ağırlıklı UniFrac mesafeleri hesaplandı ve beta çeşitlilik modellerini karşılaştırmak için temel koordinat analizi (PCoA) kullanıldı. Grup farklılıklarını test etmek için çoklu yanıt permütasyon prosedürü (MRPP), benzerlikler analizi (ANOSIM) ve permütasyonlu çok değişkenli varyans analizi (Adonis) gerçekleştirildi. Gruplar arasında farklılık gösteren bol taksonları belirlemek için doğrusal diskriminant analizi etki büyüklüğü (LEfSe) analizleri kullanıldı. Lineer diskriminant analizi (LDA) skor eşiği 4.0 olarak ayarlandı. Gram negatif fakültatif anaerobik Gammaproteobacteria sınıfı içinde; iki takım (Pasteurellales, Vibrionales) ve iki familya (Pasteurellaceae, Vibrionaceae) PEE grubunda önemli ölçüde daha fazla bulunurken, gram pozitif bakteriler; Actinomycetales takımı ve gram pozitif anaerobik taksonlar olarak; bir cins (Olsenella) ve bir tür (Olsenella uli) SEE grubunda önemli ölçüde daha bol olarak tanımlandı. Endodontik enfeksiyonların mikrobiyal profillerini tanımlamak için güvenilir biyoinformatik araçlara ihtiyaç vardır. Sınırlı sayıda numuneden elde edilen sonuçlara dayanarak, her iki enfeksiyon türüne (PEE, SEE) ait mikrobiyotanın bakteri çeşitliliği arasında belirgin bir farklılık saptanmadı.
Özet (Çeviri)
This study objective was to compare the root canal microbiome profiles of primary infections and endodontic retreatments using high throughput sequencing with the help of a reliable bioinformatics algorithm. Root canal samples of 10 teeth in the primary endodontic infection (PEI) group and 10 teeth in the secondary endodontic infection (SEI) group, were included resulting in a total of 20 samples. After DNA extraction from the samples, sequencing was performed on the Illumina MiSeq platform. Pair-end Illumina reads were imported to QIIME 2, amplicon sequence variants (ASVs) generated by DADA2, were mapped to GreenGenes database. Weighted UniFrac distances were calculated and principal coordinates analysis (PCoA) was used to comparing beta diversity patterns. The multiple response permutation procedure (MRPP), the analysis of similarities (ANOSIM) and permutational multivariate analysis of variance (Adonis) were conducted for testing group differences. Linear discriminant analysis effect size (LEfSe) analyses was utilized to identify differentially abundant taxa between the groups. The linear discriminant analysis (LDA) score threshold was set to 4.0. Within the gram negative facultative anaerobic Gammaproteobacteria class outgroup; two orders (Pasteurellales, Vibrionales) and two family (Pasteurellaceae, Vibrionaceae) were significantly more abundant in the PEI group, whereas gram positive bacteria; Actinomycetales order and gram-positive anaerobic taxa; one genus (Olsenella) one species (Olsenella uli) were identified as significantly more abundant in the SEI group. In conclusion, reliable bioinformatic tools are needed to describe the microbial profiles of endodontic infections. Based on the results obtained from a limited number of samples, no significant difference was detected between the bacterial diversity of the microbiota of both infection types (PEE, SEE).
Benzer Tezler
- Periodontal-endodontal sorunlu dişlerin pzr analiz yöntemi kullanılarak mikrobiyolojik ve klinik değerlendirilmesi
Clinical and microbiologic evaluation of teeth with periodontal-endodontic problems using pcr analyze
ATA DEVRİM ÇAĞLAYAN
- Endodontik infeksiyonların yeni nesil sekanslama metoduyla analizi
Next generation sequencing analysis of endodontic infections
CANGÜL KESKİN
Doktora
Türkçe
2016
Diş HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiEndodonti Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU ÖZSEZER DEMİRYÜREK
- Endodontik enfeksiyonlu hastalarda moleküler ve konvansiyonel yöntemlerle etyolojik ajanların tespiti
Identification of etiological agents with molecular and convantional methods in patients with endodontic infections
ARZU ŞAHAN KİPALEV
Doktora
Türkçe
2011
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tip ıı diyabetin farklı tanılara sahip dişlerde endodontik mikrofloraya etkisinin incelenmesi
Investigation of the effects of type ii diabetes on the endodontic microflora of teeth with different diagnosis
ALİ GÜRHAN TAÇ
Doktora
Türkçe
2008
Diş HekimliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiEndodonti Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE DİLJİN KEÇECİ
- Farklı yaş gruplarından alınan panorramik radyografiler üzerinde periodontal durum ve bunu etkileyen lokal faktörlerin incelenmesi
Investigation of periodontal status on panoraom radiographs obtained from different age groups and the affecting local factors
ASLIHAN ALANYALIOĞLU