Geri Dön

Primer ve sekonder endodontik enfeksiyonlardaki bakteriyel mikrobiyomun yeni nesil dizileme yöntemi ile metagenomik analizinin yapılması

Metagenomic analysis of bacterial microbiome in primary and secondary endodontic infections by next generation sequencing method

  1. Tez No: 747599
  2. Yazar: BERTAN KESİM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Diş Hekimliği, Mikrobiyoloji, Dentistry, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mersin Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 87

Özet

Bu tez çalışması ile güvenilir bir biyoinformatik algoritma yardımıyla yüksek verimli dizileme kullanarak primer endodontik enfeksiyonların ve nüks eden endodontik enfeksiyonların kök kanal mikrobiyom profillerinin karşılaştırılması amaçlandı. Çalışmaya primer endodontik enfeksiyon (PEE) grubundan 10 ve sekonder endodontik enfeksiyon (SEE) grubundan 10 dişin kök kanal örnekleri olacak şeklide toplam 20 örnek dahil edildi. Örneklerden DNA ekstraksiyonundan sonra Illumina MiSeq platformunda dizileme yapıldı. Çift uçlu Illumina okumaları QIIME 2'ye aktarıldı, DADA2 tarafından oluşturulan amplikon dizi varyantları (ADV'ler) GreenGenes veri tabanına eşlendi. Ağırlıklı UniFrac mesafeleri hesaplandı ve beta çeşitlilik modellerini karşılaştırmak için temel koordinat analizi (PCoA) kullanıldı. Grup farklılıklarını test etmek için çoklu yanıt permütasyon prosedürü (MRPP), benzerlikler analizi (ANOSIM) ve permütasyonlu çok değişkenli varyans analizi (Adonis) gerçekleştirildi. Gruplar arasında farklılık gösteren bol taksonları belirlemek için doğrusal diskriminant analizi etki büyüklüğü (LEfSe) analizleri kullanıldı. Lineer diskriminant analizi (LDA) skor eşiği 4.0 olarak ayarlandı. Gram negatif fakültatif anaerobik Gammaproteobacteria sınıfı içinde; iki takım (Pasteurellales, Vibrionales) ve iki familya (Pasteurellaceae, Vibrionaceae) PEE grubunda önemli ölçüde daha fazla bulunurken, gram pozitif bakteriler; Actinomycetales takımı ve gram pozitif anaerobik taksonlar olarak; bir cins (Olsenella) ve bir tür (Olsenella uli) SEE grubunda önemli ölçüde daha bol olarak tanımlandı. Endodontik enfeksiyonların mikrobiyal profillerini tanımlamak için güvenilir biyoinformatik araçlara ihtiyaç vardır. Sınırlı sayıda numuneden elde edilen sonuçlara dayanarak, her iki enfeksiyon türüne (PEE, SEE) ait mikrobiyotanın bakteri çeşitliliği arasında belirgin bir farklılık saptanmadı.

Özet (Çeviri)

This study objective was to compare the root canal microbiome profiles of primary infections and endodontic retreatments using high throughput sequencing with the help of a reliable bioinformatics algorithm. Root canal samples of 10 teeth in the primary endodontic infection (PEI) group and 10 teeth in the secondary endodontic infection (SEI) group, were included resulting in a total of 20 samples. After DNA extraction from the samples, sequencing was performed on the Illumina MiSeq platform. Pair-end Illumina reads were imported to QIIME 2, amplicon sequence variants (ASVs) generated by DADA2, were mapped to GreenGenes database. Weighted UniFrac distances were calculated and principal coordinates analysis (PCoA) was used to comparing beta diversity patterns. The multiple response permutation procedure (MRPP), the analysis of similarities (ANOSIM) and permutational multivariate analysis of variance (Adonis) were conducted for testing group differences. Linear discriminant analysis effect size (LEfSe) analyses was utilized to identify differentially abundant taxa between the groups. The linear discriminant analysis (LDA) score threshold was set to 4.0. Within the gram negative facultative anaerobic Gammaproteobacteria class outgroup; two orders (Pasteurellales, Vibrionales) and two family (Pasteurellaceae, Vibrionaceae) were significantly more abundant in the PEI group, whereas gram positive bacteria; Actinomycetales order and gram-positive anaerobic taxa; one genus (Olsenella) one species (Olsenella uli) were identified as significantly more abundant in the SEI group. In conclusion, reliable bioinformatic tools are needed to describe the microbial profiles of endodontic infections. Based on the results obtained from a limited number of samples, no significant difference was detected between the bacterial diversity of the microbiota of both infection types (PEE, SEE).

Benzer Tezler

  1. Periodontal-endodontal sorunlu dişlerin pzr analiz yöntemi kullanılarak mikrobiyolojik ve klinik değerlendirilmesi

    Clinical and microbiologic evaluation of teeth with periodontal-endodontic problems using pcr analyze

    ATA DEVRİM ÇAĞLAYAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Diş HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Endodonti Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BADE SONAT

  2. Endodontik infeksiyonların yeni nesil sekanslama metoduyla analizi

    Next generation sequencing analysis of endodontic infections

    CANGÜL KESKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Diş HekimliğiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Endodonti Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU ÖZSEZER DEMİRYÜREK

  3. Endodontik enfeksiyonlu hastalarda moleküler ve konvansiyonel yöntemlerle etyolojik ajanların tespiti

    Identification of etiological agents with molecular and convantional methods in patients with endodontic infections

    ARZU ŞAHAN KİPALEV

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH KÖKSAL

  4. Tip ıı diyabetin farklı tanılara sahip dişlerde endodontik mikrofloraya etkisinin incelenmesi

    Investigation of the effects of type ii diabetes on the endodontic microflora of teeth with different diagnosis

    ALİ GÜRHAN TAÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Diş HekimliğiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Endodonti Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE DİLJİN KEÇECİ

  5. Farklı yaş gruplarından alınan panorramik radyografiler üzerinde periodontal durum ve bunu etkileyen lokal faktörlerin incelenmesi

    Investigation of periodontal status on panoraom radiographs obtained from different age groups and the affecting local factors

    ASLIHAN ALANYALIOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    Diş HekimliğiAnkara Üniversitesi

    PROF.DR. HAMİT S. BOSTANCI